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- PDB-4p3d: MT1-MMP:Fab complex (Form II) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p3d
タイトルMT1-MMP:Fab complex (Form II)
要素
  • Heavy Chain Fab fragment of antibody LEM-2/15
  • Light Chain Fab fragment of antibody LEM-2/15
  • Matrix metalloproteinase-14
キーワードIMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane-type matrix metalloproteinase-1 / negative regulation of GDF15-GFRAL signaling pathway / craniofacial suture morphogenesis / positive regulation of macrophage migration / macropinosome / response to odorant / chondrocyte proliferation / head development / TGFBR3 PTM regulation / astrocyte cell migration ...membrane-type matrix metalloproteinase-1 / negative regulation of GDF15-GFRAL signaling pathway / craniofacial suture morphogenesis / positive regulation of macrophage migration / macropinosome / response to odorant / chondrocyte proliferation / head development / TGFBR3 PTM regulation / astrocyte cell migration / tissue remodeling / negative regulation of focal adhesion assembly / positive regulation of protein processing / endochondral ossification / intermediate filament cytoskeleton / embryonic cranial skeleton morphogenesis / endothelial cell proliferation / zymogen activation / positive regulation of B cell differentiation / branching morphogenesis of an epithelial tube / positive regulation of myotube differentiation / Activation of Matrix Metalloproteinases / endodermal cell differentiation / metalloaminopeptidase activity / Collagen degradation / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly / negative regulation of Notch signaling pathway / regulation of protein localization to plasma membrane / response to mechanical stimulus / ovarian follicle development / Degradation of the extracellular matrix / extracellular matrix organization / extracellular matrix / skeletal system development / cell motility / lung development / protein catabolic process / : / protein processing / metalloendopeptidase activity / Golgi lumen / response to estrogen / male gonad development / integrin binding / melanosome / positive regulation of cell growth / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / cytoplasmic vesicle / angiogenesis / endopeptidase activity / response to oxidative stress / response to hypoxia / positive regulation of cell migration / serine-type endopeptidase activity / focal adhesion / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / metal ion binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Peptidase M10A, matrix metallopeptidase, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3377) / PGBD superfamily / Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Peptidoglycan binding-like / Peptidase M10A, cysteine switch, zinc binding site / Matrixins cysteine switch. / Hemopexin-like repeats ...Peptidase M10A, matrix metallopeptidase, C-terminal / Domain of unknown function (DUF3377) / PGBD superfamily / Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Peptidoglycan binding-like / Peptidase M10A, cysteine switch, zinc binding site / Matrixins cysteine switch. / Hemopexin-like repeats / Hemopexin-like domain superfamily / Hemopexin / Putative peptidoglycan binding domain / Hemopexin repeat profile. / Hemopexin-like repeats. / Peptidase M10A / Peptidase M10A, catalytic domain / Peptidase M10, metallopeptidase / Matrixin / PGBD-like superfamily / Peptidase, metallopeptidase / Zinc-dependent metalloprotease / : / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
If kappa light chain / Matrix metalloproteinase-14
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.949 Å
データ登録者Rozenberg, H. / Udi, Y. / Sagi, I.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Inhibition mechanism of membrane metalloprotease by an exosite-swiveling conformational antibody.
著者: Udi, Y. / Grossman, M. / Solomonov, I. / Dym, O. / Rozenberg, H. / Moreno, V. / Cuniasse, P. / Dive, V. / Arroyo, A.G. / Sagi, I.
履歴
登録2014年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月14日Group: Database references
改定 1.22015年1月21日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heavy Chain Fab fragment of antibody LEM-2/15
B: Light Chain Fab fragment of antibody LEM-2/15
C: Matrix metalloproteinase-14
H: Heavy Chain Fab fragment of antibody LEM-2/15
L: Light Chain Fab fragment of antibody LEM-2/15
M: Matrix metalloproteinase-14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,98716
ポリマ－98,0456
非ポリマー94210
水11,854658
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14170 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area37320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.898, 96.226, 81.521
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.360, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CM

#3: タンパク質・ペプチド Matrix metalloproteinase-14 / MMP-14 / MMP-X1 / Membrane-type matrix metalloproteinase 1 / MTMMP1 / Membrane-type-1 matrix ...MMP-14 / MMP-X1 / Membrane-type matrix metalloproteinase 1 / MTMMP1 / Membrane-type-1 matrix metalloproteinase / MT1MMP


分子量: 1566.604 Da / 分子数: 2 / Fragment: MT1-MMP V-B loop / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MMP14 / プラスミド: pETR3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P50281, membrane-type matrix metalloproteinase-1

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抗体 , 2種, 4分子 AHBL

#1: 抗体 Heavy Chain Fab fragment of antibody LEM-2/15


分子量: 23492.480 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 Light Chain Fab fragment of antibody LEM-2/15


分子量: 23963.545 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A2NHM3

-
非ポリマー , 6種, 668分子

#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 658 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 25% PEG 3350, 0.2M MgCl.hexahydrate, 0.1M Hepes

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.949→40 Å / Num. obs: 59340 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 14.85 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Χ2: 1.033 / Net I/av σ(I): 17.96 / Net I/σ(I): 8.5 / Num. measured all: 365316
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.95-1.984.90.3828290.92395.8
1.98-2.025.70.33229450.9299.5
2.02-2.066.20.30329590.965100
2.06-2.16.30.27329610.945100
2.1-2.156.30.22929550.972100
2.15-2.26.20.20530021.021100
2.2-2.256.30.19129301.026100
2.25-2.316.20.17829591.027100
2.31-2.386.30.16629901.063100
2.38-2.466.30.15429411.066100
2.46-2.546.30.13929741.092100
2.54-2.656.30.12329861.13100
2.65-2.776.30.10629521.063100
2.77-2.916.30.09129881.1100
2.91-3.16.30.07729791.087100
3.1-3.336.30.06629741.017100
3.33-3.676.30.06329751.037100
3.67-4.26.10.06329851.051100
4.2-5.296.20.05430191.07100
5.29-406.10.04730371.02999.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1603)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YEC

1yec


解像度: 1.949→39.657 Å / FOM work R set: 0.8669 / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2096 3001 5.06 %
Rwork0.1584 56302 -
obs0.161 59303 99.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 73.76 Å2 / Biso mean: 16.69 Å2 / Biso min: 0.82 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.949→39.657 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6800 0 57 662 7519
Biso mean--27.54 24.04 -
残基数----898
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0097457
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.18710215
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0531138
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061327
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8552692
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9488-1.98080.29051190.20192489260893
1.9808-2.01490.25641530.18082649280299
2.0149-2.05160.22461450.168326872832100
2.0516-2.0910.20121370.166826862823100
2.091-2.13370.23931390.165326992838100
2.1337-2.18010.21791460.154626512797100
2.1801-2.23080.22141520.156426732825100
2.2308-2.28660.21271350.163527102845100
2.2866-2.34840.25581470.164526832830100
2.3484-2.41750.2511350.168227082843100
2.4175-2.49550.21881450.159426642809100
2.4955-2.58470.2291510.171726552806100
2.5847-2.68820.26091430.176226942837100
2.6882-2.81050.25051430.172827242867100
2.8105-2.95860.21331470.168826682815100
2.9586-3.14390.18241500.161327032853100
3.1439-3.38650.20541350.152926812816100
3.3865-3.72710.17661410.145127092850100
3.7271-4.26590.20331440.135827002844100
4.2659-5.37240.15751420.131327272869100
5.3724-39.6650.17971520.164327422894100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8316-0.0734-0.0730.43090.40860.5950.12950.01760.0197-0.1062-0.12450.0916-0.1244-0.03930.02780.08080.03150.00050.0528-0.00310.079715.386226.007127.3523
20.2346-0.0898-0.29960.43030.31620.67770.0654-0.0360.0422-0.255-0.13570.0629-0.3204-0.19770.01760.11680.1187-0.05130.06710.00920.06511.496715.799815.6744
30.70260.14340.39671.05540.46130.2660.0437-0.4175-0.13290.2369-0.1613-0.2202-0.0561-0.2654-0.46750.14190.0932-0.00130.2210.01610.06383.26130.8878.1557
40.7398-0.44530.05860.60650.33770.45520.10030.01420.0436-0.0463-0.0458-0.0184-0.050.08460.14890.07970.00860.01550.06950.00850.04433.942715.142416.4691
50.5293-0.05420.0640.07130.18090.4231-0.0634-0.0295-0.03570.00690.0079-0.01-0.1039-0.0396-0.03150.10710.0205-0.01930.11660.0170.09929.27671.587-7.1539
60.4784-0.335-0.64610.27370.39320.8864-0.1191-0.310.22220.3670.0226-0.1379-0.0180.29350.01220.1786-0.02250.02190.0963-0.01960.155931.329130.519633.895
70.6236-0.1845-0.21970.2930.0360.2378-0.03450.0280.0148-0.01350.00190.04930.0265-0.018100.059-0.0136-0.00570.0758-0.01250.064515.652-25.603614.8104
80.01530.02090.01550.1267-0.03980.0760.0911-0.14390.30540.2897-0.0309-0.0722-0.1194-0.0921-0.02650.1899-0.01610.0660.0716-0.1070.2030.4426.348339.8488
90.48180.27910.25750.60860.48870.1892-0.03150.01840.0575-0.23570.041-0.1327-0.0576-0.0054-0.03270.0729-0.02080.02370.0478-0.00260.07941.9305-1.759730.3897
100.39690.06780.09040.40210.2550.73420.02240.015-0.0401-0.00960.0030.05840.0133-0.003300.05650.00760.00440.0745-0.01140.075534.3642-17.986322.8975
110.20950.1104-0.24011.2469-0.18450.2153-0.0313-0.1529-0.1367-0.0848-0.006-0.3613-0.01620.0647-0.01170.0506-0.0144-0.01290.06780.00650.099641.2118-18.490625.3274
120.465-0.2862-0.22570.12260.24050.24720.0123-0.05810.03840.01230.0167-0.01710.01520.01340.11740.0526-0.01010.01680.08270.0020.086417.684-7.487836.1027
130.2301-0.15350.14790.1726-0.02790.1084-0.16240.1074-0.1848-0.0147-0.001-0.05990.1706-0.0284-0.00090.15010.01620.02970.14830.01140.174413.3175-6.091342.3137
140.16020.30330.06610.4970.06860.3351-0.0341-0.1624-0.27130.3177-0.0309-0.13820.17780.13030.1610.1378-0.04120.05290.09760.02640.0963-2.885-7.070148.4115
150.39450.22270.02240.7702-0.35340.3023-0.1145-0.34190.3090.27670.24730.085-0.06210.1760.17940.0706-0.0092-0.030.234-0.0740.07236.91142.0152.3278
160.0423-0.00880.0514-0.0006-0.00840.0155-0.00310.2042-0.0426-0.1175-0.009-0.02510.03690.1199-0.00210.1273-0.0019-0.00410.1095-0.01820.11132.6209-31.64187.4586
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 83 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 84 through 139 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 140 through 218 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 119 )B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 120 through 218 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 215 through 227 )C0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'H' and (resid 1 through 124 )H0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H' and (resid 125 through 139 )H0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'H' and (resid 140 through 218 )H0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'L' and (resid 1 through 66 )L0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'L' and (resid 67 through 80 )L0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'L' and (resid 81 through 156 )L0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'L' and (resid 157 through 179 )L0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'L' and (resid 180 through 194 )L0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'L' and (resid 195 through 218 )L0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'M' and (resid 215 through 227 )M0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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