[日本語] English
万見
- PDB-4p31: Crystal structure of a selenomethionine derivative of E. coli Lpt... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p31
タイトルCrystal structure of a selenomethionine derivative of E. coli LptB in complex with ADP-Magensium
要素Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB
キーワードHYDROLASE / ABC transporter / nucleotide-binding domain / ATPase / ATP binding
機能・相同性
機能・相同性情報


トランスロカーゼ; 炭水化物とその誘導体の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解を伴う / transporter complex / lipopolysaccharide transport / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Branched-chain amino acid ATP-binding cassette transporter, C-terminal / Branched-chain amino acid ATP-binding cassette transporter / LPS export ABC transporter, ATP-binding protein LptB / : / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases ...Branched-chain amino acid ATP-binding cassette transporter, C-terminal / Branched-chain amino acid ATP-binding cassette transporter / LPS export ABC transporter, ATP-binding protein LptB / : / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Sherman, D.J. / Lazarus, M.B. / Murphy, L. / Liu, C. / Walker, S. / Ruiz, N. / Kahne, D.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI081059 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM066174 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM094263 米国
Harvard University 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Decoupling catalytic activity from biological function of the ATPase that powers lipopolysaccharide transport.
著者: Sherman, D.J. / Lazarus, M.B. / Murphy, L. / Liu, C. / Walker, S. / Ruiz, N. / Kahne, D.
履歴
登録2014年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月1日Group: Database references
改定 1.22015年2月4日Group: Derived calculations
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.62024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB
B: Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1606
ポリマ－56,2572
非ポリマー9034
水1,910106
1
A: Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5803
ポリマ－28,1281
非ポリマー4522
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5803
ポリマ－28,1281
非ポリマー4522
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)192.600, 35.880, 64.340
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.830, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細Comparison to nucleotide-binding domain structures deposited in the PDB and biochemical characterization of this class of proteins, we believe that the biologically relevant unit is a monomer (one polypeptide from the asymmetric unit).

-
要素

#1: タンパク質 Lipopolysaccharide export system ATP-binding protein LptB


分子量: 28128.342 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: lptB, yhbG, b3201, JW3168 / プラスミド: pET22/42 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P0A9V1, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.42 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 31% PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97917 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月29日
放射モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97917 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→95.802 Å / Num. obs: 27803 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 27.63 Å2 / Rpim(I) all: 0.065 / Rrim(I) all: 0.12 / Rsym value: 0.074 / Net I/av σ(I): 7.417 / Net I/σ(I): 8.7 / Num. measured all: 90833
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.05-2.163.20.4981.21276239780.3980.4982.397.8
2.16-2.293.30.31221237737710.2480.3123.598.7
2.29-2.453.30.2113.11186335660.170.2114.799.2
2.45-2.653.30.1464.61116433400.120.1466.199.5
2.65-2.93.30.09771034930970.0810.0978.499.6
2.9-3.243.30.06510.5934628280.0570.06511.499.8
3.24-3.743.30.04213.3820124800.0390.04215.499.8
3.74-4.583.20.04113.1678721410.0380.04118.199.9
4.58-6.4830.04412.2495916530.0470.04417.199.6
6.48-32.0043.20.02619.430259490.0350.02618.798.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
iMOSFLMデータ削減
ADSC Quantumデータ収集
SCALA3.3.16データスケーリング
SHARP位相決定
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHENIX1.7_650精密化
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.05→32.004 Å / FOM work R set: 0.8391 / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2375 1392 5.01 %Random selection
Rwork0.1845 26394 --
obs0.1873 27786 99.09 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.91 Å2 / ksol: 0.395 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 146.02 Å2 / Biso mean: 35.8 Å2 / Biso min: 9.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.2994 Å20 Å2-4.2869 Å2
2--6.4716 Å20 Å2
3----2.1721 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→32.004 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3612 0 56 106 3774
Biso mean--31.34 36.47 -
残基数----464
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063750
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9155102
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053590
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003657
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5851422
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.05-2.12330.28851300.23982570270097
2.1233-2.20830.25181190.20092593271299
2.2083-2.30870.27561140.19342621273599
2.3087-2.43040.29111360.18852606274299
2.4304-2.58260.24991450.18722632277799
2.5826-2.78190.26791320.183526412773100
2.7819-3.06170.24151460.181426612807100
3.0617-3.50430.23461470.177926562803100
3.5043-4.41320.21641680.164226542822100
4.4132-32.00750.21721550.19182760291599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.24990.07830.05430.0638-0.19120.6052-0.0340.18990.0191-0.09870.0510.25870.0513-0.6774-0.10460.02810.0537-0.03640.38750.03060.104451.791928.00915.2189
20.10280.0938-0.07740.0934-0.07370.0667-0.13510.1195-0.0441-0.0153-0.13830.0553-0.0010.02290.13170.3807-0.1361-0.06720.52420.05420.543752.513911.163614.7525
30.305-0.3965-0.0540.55790.12330.0807-0.0092-0.34660.03350.02840.1129-0.10430.0201-0.19470.05980.1618-0.0188-0.01480.34190.07140.067960.77522.315722.7037
40.2216-0.18430.04840.2835-0.42661.10990.0415-0.018-0.15580.3002-0.00030.0407-0.2371-0.11150.0340.088-0.0206-0.0090.05990.0310.224777.466420.794127.8245
50.77260.5099-0.22780.4105-0.18540.51480.04860.1147-0.1137-0.1727-0.044-0.2099-0.048-0.0192-0.01210.1615-0.0104-0.01590.11050.00970.165480.043427.334619.8471
60.33440.12770.18020.11870.01780.3815-0.05490.1815-0.03130.0753-0.0231-0.0376-0.09080.0380.02050.17670.0054-0.03290.27560.02420.149269.038429.33339.2133
70.5334-0.3121-0.12250.3690.13010.06810.1510.42230.4442-0.4096-0.0001-0.188-0.0428-0.31480.04080.23210.1197-0.06250.55870.08930.049655.263232.99620.8958
80.1736-0.1735-0.0390.17480.03840.00830.1210.0491-0.0135-0.34280.1436-0.10070.26830.4009-0.08380.34380.0876-0.07480.68310.05340.201750.592243.4505-0.5371
90.4982-0.18250.13860.0584-0.01310.1268-0.0123-0.02270.18460.0682-0.0133-0.1197-0.08480.0234-0.00550.17820.0120.00130.0760.0130.196984.67834.173747.2524
100.14990.02430.16370.2806-0.01190.240.1403-0.005-0.23090.02310.1021-0.02970.07810.0303-0.10660.19180.00860.00550.0832-0.01040.167891.724328.964443.5703
110.3547-0.0885-0.07770.35530.08780.030.1682-0.1338-0.18660.22340.064-0.24290.1997-0.07050.03760.2095-0.0279-0.1020.11780.13550.408288.977917.866947.6277
120.9213-0.27460.03780.57690.14250.267-0.02140.42770.12440.1930.05560.00960.0333-0.0845-0.01610.19830.01230.00890.18650.00810.204279.164625.16439.4962
130.9776-0.19660.30820.31520.3250.6540.0718-0.1783-0.26070.0723-0.17480.1904-0.035-0.49570.07690.1752-0.0380.01270.4143-0.03610.240560.123122.74839.0309
140.3104-0.10360.05930.48230.21740.6319-0.0202-0.0543-0.0211-0.02140.04530.1485-0.0359-0.5639-0.01010.15890.02080.02910.28480.02630.209768.484830.350352.3229
150.459-0.09280.0820.5133-0.09760.1667-0.0043-0.36730.090.36470.09890.1115-0.2696-0.0864-0.05280.26030.00610.01510.2678-0.04110.159680.305436.453158.9439
160.17770.0691-0.03750.09210.06360.10490.2425-0.15230.00050.27990.1121-0.0764-0.01790.1978-0.10760.5402-0.17270.02160.6646-0.23520.381282.664941.944966.3369
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:61)A2 - 61
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 62:66)A62 - 66
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 67:89)A67 - 89
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 90:114)A90 - 114
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 115:154)A115 - 154
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 155:198)A155 - 198
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 199:230)A199 - 230
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 231:235)A231 - 235
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 2:54)B2 - 54
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 55:61)B55 - 61
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 62:66)B62 - 66
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 67:88)B67 - 88
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 89:153)B89 - 153
14X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 154:198)B154 - 198
15X-RAY DIFFRACTION15(chain B and resid 199:222)B199 - 222
16X-RAY DIFFRACTION16(chain B and resid 223:231)B223 - 231

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る