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- PDB-4p2t: Crystal structure of Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p2t
タイトルCrystal structure of Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) protease in complex with a dimer disruptor
要素KSHV Protease
キーワードHYDROLASE / protein-protein interaction inhibition / serine protease / inhibitor complex / beta barrel and alpha helices
機能・相同性
機能・相同性情報


assemblin / nuclear capsid assembly / viral release from host cell / host cell cytoplasm / serine-type endopeptidase activity / host cell nucleus / proteolysis / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Serine Protease, Human Cytomegalovirus Protease; Chain A / Herpesvirus/Caudovirus protease domain / Peptidase S21 / Herpesvirus protease superfamily / Assemblin (Peptidase family S21) / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-24Q / Capsid scaffolding protein / Capsid scaffolding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Human herpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Gable, J.E.
資金援助 米国, 7件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01-AI090592 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P50-GM08250 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM008284 米国
National Institutes of Health/National Center for Advancing Translational Sciences (NIH/NCATS)UL1 TR000004 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)UL1 RR024131 米国
NCI and the Helen Diller Family Comprehensive Cancer CenterP30 CA 82103-13 米国
National Science Foundation (NSF, United States)GRFP1144247 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Broad-spectrum allosteric inhibition of herpesvirus proteases.
著者: Gable, J.E. / Lee, G.M. / Jaishankar, P. / Hearn, B.R. / Waddling, C.A. / Renslo, A.R. / Craik, C.S.
履歴
登録2014年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月1日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification / _struct_keywords.text
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KSHV Protease
B: KSHV Protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2376
ポリマ－42,6422
非ポリマー1,5954
水3,441191
1
A: KSHV Protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9053
ポリマ－21,3211
非ポリマー5842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: KSHV Protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3323
ポリマ－21,3211
非ポリマー1,0112
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: KSHV Protease
ヘテロ分子

A: KSHV Protease
ヘテロ分子

B: KSHV Protease
ヘテロ分子

B: KSHV Protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,47512
ポリマ－85,2854
非ポリマー3,1908
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_454-x-1,y,-z-11
crystal symmetry operation6_444-x-1/2,-y-1/2,z-1/21
crystal symmetry operation8_444x-1/2,-y-1/2,-z-1/21
Buried area10440 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area31620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.737, 95.947, 119.245
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
詳細The biological unit is a monomer. There are 2 biological units in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 KSHV Protease


分子量: 21321.240 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-194 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O36607, UniProt: Q2HRB6*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-24Q / 6-(cyclohexylmethyl)-N-[4-(methylsulfonylcarbamoyl)-2-(phenylmethyl)phenyl]pyridine-2-carboxamide


分子量: 505.628 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H31N3O4S
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.41 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 0.1M sodium acetate pH 7.8, 0.88 M NaH2PO4, 1.32 M K2HPO4, 0.2 M KCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月17日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→74.753 Å / Num. all: 150688 / Num. obs: 22809 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rsym value: 0.118 / Net I/av σ(I): 6.026 / Net I/σ(I): 18.1 / Num. measured all: 150688
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.09-2.24.70.7081.11177624910.7081.772.6
2.2-2.345.60.5911.31682729960.5912.391.4
2.34-2.57.20.4811.62214330820.4813.499.9
2.5-2.77.20.3342.32088228900.3345.399.9
2.7-2.967.20.2173.41916426590.2178.799.9
2.96-3.37.10.1285.71728024210.12816.8100
3.3-3.827.10.0759.51516821470.07532.3100
3.82-4.676.80.05811.71253118360.05849.7100
4.67-6.616.40.05212.8922814380.05253100
6.61-74.7536.70.03219.156898490.03287.9100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.2.5データスケーリング
PHASER2.1位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化開始モデル: 3NJQ

3njq


解像度: 2.15→74.753 Å / FOM work R set: 0.8 / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2523 1886 8.77 %
Rwork0.1852 19612 -
obs0.1911 21498 97.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 202.94 Å2 / Biso mean: 42.73 Å2 / Biso min: 6.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→74.753 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2960 0 208 191 3359
Biso mean--31.83 38.12 -
残基数----382
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033249
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7884467
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.029507
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003568
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.251210
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.15-2.20820.37111150.26961188130378
2.2082-2.27310.32931300.25751352148288
2.2731-2.34650.31651410.23761464160596
2.3465-2.43040.28951460.222215181664100
2.4304-2.52770.27431480.208215411689100
2.5277-2.64280.29391480.216715431691100
2.6428-2.78210.31491470.211515331680100
2.7821-2.95640.27591500.204315541704100
2.9564-3.18470.27931480.190215421690100
3.1847-3.50520.231510.17215661717100
3.5052-4.01230.22421500.160715651715100
4.0123-5.0550.22171520.134915791731100
5.055-74.79840.20261600.183616671827100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.24380.17250.15620.14030.11930.4211-0.05190.09020.10640.1078-0.0282-0.1761-0.2548-0.34480.00290.35290.0767-0.06660.2832-0.0250.2997-20.7115-5.3127-27.4247
20.12220.04470.05740.1107-0.12340.2197-0.1301-0.0457-0.07050.05070.104-0.05-0.15870.1044-0.01310.2323-0.0276-0.04130.2457-0.00350.1957-16.8475-9.6504-32.6916
30.30320.06640.38650.31260.07950.455-0.17540.01060.0849-0.03640.05790.0119-0.28650.1191-0.01870.21280.0157-0.04010.1675-0.00110.187-22.368-10.6486-39.4062
41.2704-0.1992-0.19930.2540.00680.0349-0.34330.3268-0.2004-0.1570.1094-0.0046-0.72260.4668-0.32740.4318-0.2501-0.06980.43920.04610.2721-7.9683-1.2813-39.271
50.39810.0081-0.16560.0397-0.08970.8988-0.2375-0.42840.0980.05110.3293-0.05430.24620.27390.06670.18590.0501-0.03720.3079-0.040.2834-12.6721-22.5286-35.7915
60.01-0.00560.0570.0065-0.04490.1758-0.17060.13260.18130.14680.17280.1686-0.0693-0.09880.00510.15270.0029-0.05840.20940.01420.2087-6.699-17.7264-6.5075
70.1909-0.13410.07970.6608-0.31420.3685-0.08270.10370.0108-0.02710.05060.0003-0.0255-0.2097-0.0050.1483-0.0019-0.03180.1779-0.01550.1627-12.8244-21.3843-10.5282
80.4911-0.3666-0.85120.27430.63411.4820.0719-0.14390.3648-0.16410.28820.26110.10960.01750.15810.224-0.00290.03940.13030.02190.2614-4.2168-43.673-8.5244
90.11950.1509-0.22580.1422-0.20960.6295-0.07380.0670.0246-0.0464-0.0091-0.0576-0.0665-0.0382-0.00020.1374-0.0104-0.02840.08170.00560.1387-10.6848-23.3847-6.7706
100.0729-0.13560.00270.2564-0.01750.1424-0.0497-0.0458-0.0035-0.1695-0.01230.0795-0.0779-0.113500.20690.0235-0.05090.2995-0.0290.2273-19.6632-24.7212-12.9502
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 40 )A3 - 40
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 41 through 73 )A41 - 73
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 74 through 148 )A74 - 148
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 149 through 176 )A149 - 176
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 177 through 196 )A177 - 196
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 4 through 22 )B4 - 22
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 23 through 86 )B23 - 86
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 87 through 100 )B87 - 100
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 101 through 160 )B101 - 160
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 161 through 196 )B161 - 196

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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