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- PDB-4p1t: Crystal structure of the DBL3X-DBL4epsilon double domain from the... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p1t
タイトルCrystal structure of the DBL3X-DBL4epsilon double domain from the extracellular part of VAR2CSA PfEMP1 from Plasmodium falciparum
要素Erythrocyte membrane protein 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / PfEMP1 / CSA / DBL fold
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell surface receptor binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein 1, N-terminal / N-terminal segments of P. falciparum erythrocyte membrane protein / Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein 1, acidic terminal segment superfamily / Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein 1, acidic terminal segment / acidic terminal segments, variant surface antigen of PfEMP1 / Duffy-antigen binding / Duffy-antigen binding superfamily / Duffy binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Erythrocyte membrane protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Gangnard, S. / Dechavanne, S. / Srivastava, A. / Amirat, F. / Gamain, B. / Lewit-Bentley, A. / Bentley, G.A.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: Structure of the DBL3X-DBL4 epsilon region of the VAR2CSA placental malaria vaccine candidate: insight into DBL domain interactions.
著者: Gangnard, S. / Lewit-Bentley, A. / Dechavanne, S. / Srivastava, A. / Amirat, F. / Bentley, G.A. / Gamain, B.
履歴
登録2014年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月18日Group: Database references
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Erythrocyte membrane protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,4401
ポリマ－86,4401
非ポリマー00
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.794, 129.336, 64.065
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Erythrocyte membrane protein 1


分子量: 86439.617 Da / 分子数: 1
断片: DBL3X-DBL4epsilon double domain (UNP residues 1215-1950)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: FCR-3 / 遺伝子: var2csa / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SHuffle / 参照: UniProt: Q6UDW7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.294 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.4 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 18% PEG 3000, 100 mM Bis-Tris buffer, 300 mM sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98011 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 1 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月27日 / 詳細: KB-MIRRORS
放射モノクロメーター: CHANNEL-CUT SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→28.16 Å / Num. obs: 17568 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 56.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.263 / Rsym value: 0.243 / Net I/av σ(I): 3.1 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.936 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / % possible all: 92.1

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解析

ソフトウェア名称: BUSTER / バージョン: 2.11.4 / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.9→28.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.879 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.821 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.436
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 903 5.16 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.207 17510 92.21 %-
原子変位パラメータBiso mean: 60.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-15.8807 Å20 Å20 Å2
2--12.2196 Å20 Å2
3----28.1003 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.361 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→28.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5076 0 0 14 5090
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015200HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.247037HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1777SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes149HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes739HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5200HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.5
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion24.71
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion685SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6146SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2607 102 5.67 %
Rwork0.2265 1697 -
all0.2285 1799 -
obs--92.21 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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