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万見
- PDB-4p1g: Crystal structure of the Bateman domain of murine magnesium trans... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p1g
タイトルCrystal structure of the Bateman domain of murine magnesium transporter CNNM2 bound to AMP
要素Metal transporter CNNM2
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / magnesium homeostasis / transport / hypomagnesemia / rare diseases / ACDP / Cyclin M
機能・相同性
機能・相同性情報


magnesium ion transport / magnesium ion homeostasis / magnesium ion transmembrane transporter activity / basolateral plasma membrane / ATP binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Ancient conserved domain protein family / Ion transporter-like, CBS domain / Cyclin M transmembrane N-terminal domain / CNNM, transmembrane domain / CNNM transmembrane domain profile. / CBS-domain / CBS-domain / CBS domain superfamily / CBSドメイン / CBSドメイン ...Ancient conserved domain protein family / Ion transporter-like, CBS domain / Cyclin M transmembrane N-terminal domain / CNNM, transmembrane domain / CNNM transmembrane domain profile. / CBS-domain / CBS-domain / CBS domain superfamily / CBSドメイン / CBSドメイン / CBS domain profile. / RmlC-like jelly roll fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
アデニル酸 / Metal transporter CNNM2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.603 Å
データ登録者Corral-Rodriguez, M.A. / Stuiver, M. / Abascal-Palacios, G. / Diercks, T. / Oyenarte, I. / Ereno-Orbea, J. / Encinar, J.A. / Spiwok, V. / Terashima, H. / Accardi, A. ...Corral-Rodriguez, M.A. / Stuiver, M. / Abascal-Palacios, G. / Diercks, T. / Oyenarte, I. / Ereno-Orbea, J. / Encinar, J.A. / Spiwok, V. / Terashima, H. / Accardi, A. / Muller, D. / Martinez-Cruz, L.A.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural and ligand binding properties of the Bateman domain of human magnesium transporters CNNM2 and CNNM4
著者: Corral-Rodriguez, M.A. / Stuiver, M. / Abascal-Palacios, G. / Diercks, T. / Oyenarte, I. / Ereno-Orbea, J. / Encinar, J.A. / Spiwok, V. / Terashima, H. / Accardi, A. / Muller, D. / Martinez-Cruz, L.A.
履歴
登録2014年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metal transporter CNNM2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7432
ポリマ－17,3961
非ポリマー3471
水0
1
A: Metal transporter CNNM2
ヘテロ分子

A: Metal transporter CNNM2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4864
ポリマ－34,7922
非ポリマー6942
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation15_555y,x,-z1
Buried area3810 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area15620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.579, 105.579, 102.202
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 Metal transporter CNNM2 / Ancient conserved domain-containing protein 2 / mACDP2 / Cyclin-M2


分子量: 17395.861 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 430-580 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cnnm2, Acdp2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3TWN3
#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP / アデニル酸


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M Na acetate pH 4.6, 3 M ammonium acetate, 10 mM AMP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→28.15 Å / Num. obs: 8072 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13.71 % / Biso Wilson estimate: 86.87 Å2 / Net I/σ(I): 53.58

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.603→28.15 Å / FOM work R set: 0.7828 / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2543 901 10.02 %
Rwork0.2116 15182 -
obs0.2159 8072 99.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.962 Å2 / ksol: 0.324 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 179.98 Å2 / Biso mean: 90.97 Å2 / Biso min: 49.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.8468 Å2-0 Å20 Å2
2---3.8468 Å20 Å2
3---7.6936 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.603→28.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1213 0 23 0 1236
Biso mean--89.48 --
残基数----152
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071259
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1531707
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073199
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004217
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.209472
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.603-2.67940.49411310.43151214134596
2.6794-2.76580.44111660.331712581424100
2.7658-2.86450.3851330.329212671400100
2.8645-2.97910.42751350.339212681403100
2.9791-3.11450.33261500.310512861436100
3.1145-3.27850.27281370.263412571394100
3.2785-3.48360.33571400.249912721412100
3.4836-3.7520.28071440.245612691413100
3.752-4.12850.22991350.192812671402100
4.1285-4.72350.19521320.160112831415100
4.7235-5.94190.21181410.178712571398100
5.9419-28.15140.22261460.185312841430100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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