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万見
- PDB-4p11: Native crystal structure of MltF Pseudomonas aeruginosa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p11
タイトルNative crystal structure of MltF Pseudomonas aeruginosa
要素Membrane-bound lytic murein transglycosylase F
キーワードLYASE / Lytic transglycosylase / glycosyltransferase / ABC substrate binding-like domain / peptidoglycan
機能・相同性
機能・相同性情報


: / lytic transglycosylase activity / peptidoglycan catabolic process / cell outer membrane / cell wall organization / cell wall macromolecule catabolic process
類似検索 - 分子機能
Membrane-bound lytic murein transglycosylase F / Prokaryotic transglycosylase, active site / Prokaryotic transglycosylases signature. / Transglycosylase SLT domain 1 / Transglycosylase SLT domain / Bacterial periplasmic substrate-binding proteins / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 ...Membrane-bound lytic murein transglycosylase F / Prokaryotic transglycosylase, active site / Prokaryotic transglycosylases signature. / Transglycosylase SLT domain 1 / Transglycosylase SLT domain / Bacterial periplasmic substrate-binding proteins / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Lysozyme-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Membrane-bound lytic murein transglycosylase F
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.891 Å
データ登録者Reddem, E. / Thunnissen, A.M.W.H.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Native crystal structure of MltF Pseudomonas aeruginosa
著者: Reddem, E. / Thunnissen, A.M.W.H.
履歴
登録2014年2月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.22017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Membrane-bound lytic murein transglycosylase F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3714
ポリマ－49,2861
非ポリマー843
水8,845491
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, gel filtration, light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.258, 82.473, 96.921
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Based on SAXS, Gel filtration and DLS, protein is monomer in solution

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要素

#1: タンパク質 Membrane-bound lytic murein transglycosylase F / Murein lyase F


分子量: 49286.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: mltF, PA3764 / プラスミド: pBADnLic / 詳細 (発現宿主): pBADnLic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS
参照: UniProt: Q9HXN1, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 491 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.05 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.0, 0.2 M MgCl2, 20% (w/v) PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray / 波長: 0.873
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→48.46 Å / Num. obs: 43654 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 18.08 Å2 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.103 / Rsym value: 0.092 / Net I/av σ(I): 7.043 / Net I/σ(I): 12 / Num. measured all: 209480
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3.1 % / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.15データスケーリング
SHARP位相決定
WARPモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.891→41.781 Å / FOM work R set: 0.9002 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1852 1871 5.02 %
Rwork0.1506 35404 -
obs0.1524 37275 97.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 136.02 Å2 / Biso mean: 24.08 Å2 / Biso min: 7.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.891→41.781 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3425 0 3 491 3919
Biso mean--29.48 31.11 -
残基数----428
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053523
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8514753
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032504
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004628
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9721328
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8906-1.94170.22721310.18592296242783
1.9417-1.99880.21071290.17732703283299
1.9988-2.06330.24261390.1642735287499
2.0633-2.13710.21151320.153127282860100
2.1371-2.22260.19121490.142527452894100
2.2226-2.32380.1621430.146427392882100
2.3238-2.44630.19811510.14852737288899
2.4463-2.59950.18561540.14662739289399
2.5995-2.80020.17471480.15842759290799
2.8002-3.08190.23751500.16042753290399
3.0819-3.52770.17041440.15182768291299
3.5277-4.44370.15051550.12582798295399
4.4437-41.79170.17161460.15492904305097
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1489-0.0308-0.46131.77140.57791.88750.020.06790.0963-0.13560.0434-0.2418-0.11340.1631-0.03790.08470.00130.01370.09610.00840.127829.8932-2.1408-27.0846
23.95250.81780.04961.30.26961.0317-0.00310.1044-0.1965-0.02870.0036-0.02150.0824-0.1027-0.00080.1168-0.0096-0.00060.1146-0.00780.06171.1884-20.4596-22.2559
31.30110.0961-0.45251.2375-0.90672.34210.0301-0.2334-0.03760.2077-0.08070.0347-0.03750.13990.06670.1111-0.01720.00510.1407-0.0160.08081.7127-18.2351-4.1089
41.34380.3508-0.00823.47490.27141.01960.0757-0.16120.15920.2263-0.06680.06270.013-0.02330.00180.082-0.00060.00580.1233-0.00850.097418.978910.0475-8.9209
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 125 through 229 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 273 through 351 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 352 through 459 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 32 through 124 ) or chain 'A' and (resid 230 through 272 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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