PDB-4p0x: Human farnesyl diphosphate synthase in complex with Taxodione

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4p0x

タイトル

Human farnesyl diphosphate synthase in complex with Taxodione

要素

Farnesyl pyrophosphate synthase

キーワード

transferase/transferase inhibitor / FPPS / Inhibitor / Complex / transferase-transferase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

geranyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / Cholesterol biosynthesis / farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase activity / cholesterol biosynthetic process / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / peroxisome ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Liu, Y.L. / Oldfield, E.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	CA158191	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM065307	米国

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Taxodione and arenarone inhibit farnesyl diphosphate synthase by binding to the isopentenyl diphosphate site.
著者: Liu, Y.L. / Lindert, S. / Zhu, W. / Wang, K. / McCammon, J.A. / Oldfield, E.

履歴

登録	2014年2月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年7月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年10月1日	Group: Database references
改定 2.0	2017年9月6日	Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy カテゴリ: atom_site_anisotrop / citation ...atom_site_anisotrop / citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_ref Item: _atom_site_anisotrop.pdbx_PDB_model_num / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id ..._atom_site_anisotrop.pdbx_PDB_model_num / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ref.biol_id
改定 2.1	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.2	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4p0x.cif.gz	153.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4p0x.ent.gz	122.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4p0x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4p0x_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4p0x_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	4p0x_validation.xml.gz	16.2 KB	表示
CIF形式データ	4p0x_validation.cif.gz	21.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/4p0x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/4p0x	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4p0vC 4p0wC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4xqt-1 4qxs-1 3n5h-1 5ksx-1 5djr-1 2f7m-1 6ezs-2 6irv-2 4jyx-6 5jv1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (8) #96 - 2007年12月酸化スクアレン環化酵素 (Oxidosqualene Cyclase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Farnesyl pyrophosphate synthase

ヘテロ分子

40.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Farnesyl pyrophosphate synthase

ヘテロ分子

A: Farnesyl pyrophosphate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
81.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.623, 110.623, 78.443
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Farnesyl pyrophosphate synthase / FPS / (2E / 6E)-farnesyl diphosphate synthase / Dimethylallyltranstransferase / Farnesyl ...FPS / (2E / 6E)-farnesyl diphosphate synthase / Dimethylallyltranstransferase / Farnesyl diphosphate synthase / Geranyltranstransferase 分子量: 40029.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FDPS, FPS, KIAA1293 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P14324, (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase, dimethylallyltranstransferase
#2: 化合物	ChemComp-1WO / (5beta)-11-hydroxyabieta-7,9(11),13-triene-6,12-dione / taxodione / タキソジオン分子量: 314.419 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₆O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.97 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 1.2M sodium potassium phosphate, 25% glycerol, 1mM GPP PH範囲: 5.0-5.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→55.31 Å / Num. obs: 22231 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11 % / Net I/σ(I): 44.04

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類	NB
REFMAC	5.8.0049	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→55.31 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.884 / SU B: 19.155 / SU ML: 0.208 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.378 / ESU R Free: 0.291 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2791	880	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2074	16446	-	-
obs	0.2109	17326	99.65 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 100.87 Å² / B_iso mean: 19.467 Å² / B_iso min: 5.33 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.11 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.11 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.5→55.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2657	0	46	61	2764
B_iso mean	-	-	67.46	42.9	-
残基数	-	-	-	-	330

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.02	2760
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	2640
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.76	1.986	3747
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.965	3.006	6061
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	413
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3083
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	625
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.957	1.769	1315
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.956	1.768	1314
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.479	2.65	1635

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.329	68	-
R_work	0.264	1192	-
all	-	1260	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	28.5575	10.7718	11.2905	7.2064	1.2823	23.0476	-0.2015	0.4345	0.5233	-1.1069	-0.0851	-1.0506	-0.7736	2.8708	0.2867	0.5825	-0.2067	0.4356	0.5577	0.0056	0.7068	2.7485	34.863	-23.9758
2	27.8922	18.9505	6.3778	35.1912	0.8666	11.9039	-0.3262	1.0583	-0.542	-1.2801	0.1702	-0.6427	-0.466	1.1019	0.156	0.2479	-0.0398	0.1038	0.3613	0.0606	0.1073	-6.0671	27.2188	-32.8539
3	20.82	18.7824	-19.8257	16.9711	-17.913	18.9364	-0.6962	0.925	0.3323	-0.7794	0.8668	0.2151	0.9175	-0.7694	-0.1707	1.2714	0.4318	0.2459	0.8654	-0.2332	1.5355	-16.4588	19.0727	-41.6163
4	1.1834	3.5805	2.632	14.6811	10.9074	14.3921	-0.5078	0.4928	0.3475	-1.2436	0.5234	0.2576	-0.7279	1.5389	-0.0156	0.2334	-0.2365	-0.1996	0.6616	0.3102	0.273	-15.6111	31.6638	-31.0739
5	17.865	-6.1792	7.3128	12.7187	-6.9481	6.6639	0.6075	0.8406	-0.0336	-0.7321	-0.7014	-1.0444	0.0205	1.0953	0.094	0.1708	-0.0889	0.0964	0.2985	-0.0328	0.282	3.9458	27.3694	-16.1919
6	50.4965	-9.3738	-22.1646	14.1365	6.4839	10.1932	0.285	-0.8156	1.2101	-0.4399	0.4173	-1.4194	-0.1822	0.4636	-0.7023	0.209	-0.0644	0.0586	0.7635	0.1655	0.4843	6.3772	22.119	-25.2692
7	13.6609	-2.4596	-1.2705	2.2519	0.3026	0.3669	-0.1652	-0.6088	0.7497	0.145	0.1763	-0.1611	-0.1572	0.2114	-0.0111	0.1529	-0.0849	-0.0455	0.1351	0.0088	0.0595	-14.7541	29.5257	-18.3791
8	5.1557	-0.0507	3.9787	17.5201	8.68	17.6527	-0.2604	0.2722	0.7097	-0.7364	0.3973	-1.0364	-1.0111	0.6496	-0.1368	0.2274	-0.0364	-0.0496	0.0436	0.0321	0.2267	-21.929	39.3083	-22.9651
9	6.9319	-2.5424	2.6924	5.2963	0.4856	2.5054	0.212	0.7492	-0.6127	-0.3662	-0.0376	-0.2535	0.1719	0.4905	-0.1743	0.0774	0.0074	0.0537	0.143	-0.0599	0.1595	-10.3452	18.1416	-23.3966
10	19.9709	-8.1968	-13.4409	8.6598	10.0394	13.6079	0.1705	-0.8274	0.241	0.3112	-0.2615	0.0354	0.2353	-0.2164	0.0911	0.0568	-0.0731	-0.0104	0.218	-0.0545	0.0647	-19.5969	23.8192	-7.9625
11	7.6592	-6.0315	1.4225	5.8713	-1.1361	0.2645	0.1521	0.0617	0.1985	-0.6737	-0.1756	0.9224	0.0416	0.0088	0.0235	0.8478	-0.0879	-0.3105	0.819	-0.1475	1.1275	-29.2719	34.4407	2.9774
12	9.3091	-2.2687	-2.3	4.5669	2.3128	3.0533	-0.0834	-0.4557	-0.3954	0.7014	0.0364	-0.0865	0.3806	0.0409	0.047	0.1489	-0.0506	-0.0714	0.2077	0.0373	0.1078	-7.8246	23.0887	-5.0391
13	7.2831	-10.4388	0.5219	25.7412	2.1859	2.267	-0.0168	-0.2407	0.5052	0.0677	0.0804	-0.1877	-0.1389	-0.2972	-0.0635	0.1612	-0.0206	-0.04	0.2783	0.0087	0.1358	-7.5832	34.7582	-1.2529
14	28.8784	9.1967	18.6397	9.0613	13.1016	20.4103	0.2164	0.0288	-0.7155	0.7089	0.1399	-0.0993	0.9387	0.1938	-0.3562	0.8803	0.0942	0.0471	0.6568	0.0822	0.862	-9.3969	49.3693	-10.1191
15	11.4071	-8.7949	4.1603	6.8689	-3.6136	9.4489	0.0845	0.5778	0.324	-0.1024	-0.5488	-0.0311	-0.956	-0.2087	0.4643	0.3607	0.0795	-0.3367	0.4831	-0.3838	0.9456	-20.7561	42.0196	-2.723
16	25.7229	-6.4079	-20.1888	16.4907	0.2038	17.452	-0.6048	-0.1893	0.2964	1.9819	0.8671	0.5645	-0.0902	-0.3449	-0.2623	0.4416	0.0482	0.0864	1.3079	-0.8371	0.6516	-22.283	41.5824	11.8062
17	11.5337	6.4206	-2.4298	10.0159	3.0231	14.6722	0.1215	-0.594	1.1735	0.5037	0.3617	2.2831	-0.4281	-1.0346	-0.4832	0.4809	0.2245	0.0386	0.9793	-0.2767	1.2556	-29.8714	45.957	3.6258
18	4.449	-0.8391	0.614	2.0206	4.3289	10.7229	0.1459	1.2416	-1.2278	-0.7998	0.0101	0.2685	-1.9602	0.6245	-0.156	0.9742	0.5502	0.1138	0.9531	-0.1969	1.336	-26.6695	52.4852	0.1983
19	19.168	-14.0716	-0.3294	14.4108	1.0638	2.2352	-0.0449	-0.6289	0.8553	0.4491	0.0053	0.0408	-0.3315	-0.1798	0.0395	0.3398	0.0113	-0.0592	0.3484	-0.1449	0.3256	-7.745	41.7311	7.5743
20	10.8027	-1.8675	0.1661	15.051	-3.1424	4.3621	0.091	-0.1414	0.1704	0.3968	0.1333	-0.5055	-0.2325	-0.2669	-0.2243	0.1194	0.0296	-0.1577	0.1915	-0.0312	0.2981	5.0722	27.7264	-1.7857

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	11 - 20
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	21 - 29
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	30 - 38
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	39 - 56
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	57 - 76
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	77 - 86
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	87 - 108
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	109 - 125
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	126 - 159
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	160 - 179
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	180 - 187
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	188 - 225
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	226 - 251
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	252 - 257
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	258 - 269
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	270 - 283
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	284 - 293
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	294 - 301
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	302 - 327
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	328 - 349

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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