PDB-4p0t: Crystal structure of human centromere protein M

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4p0t

タイトル

Crystal structure of human centromere protein M

要素

Centromere protein M

キーワード

CELL CYCLE / Mitosis / Kinetochore / CCAN / G-protein

機能・相同性

機能・相同性情報

inner kinetochore / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / chromosome segregation / RHO GTPases Activate Formins / Separation of Sister Chromatids / nucleoplasm ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.493 Å

データ登録者

Basilico, F. / Pasqualato, S. / Musacchio, A.

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2014
タイトル: The pseudo GTPase CENP-M drives human kinetochore assembly.
著者: Basilico, F. / Maffini, S. / Weir, J.R. / Prumbaum, D. / Rojas, A.M. / Zimniak, T. / De Antoni, A. / Jeganathan, S. / Voss, B. / van Gerwen, S. / Krenn, V. / Massimiliano, L. / Valencia, A. / ...

履歴

登録	2014年2月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年7月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年7月23日	Group: Database references
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4p0t.cif.gz	136.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4p0t.ent.gz	107.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4p0t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4p0t_validation.pdf.gz	442.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4p0t_full_validation.pdf.gz	444 KB	表示
XML形式データ	4p0t_validation.xml.gz	15.9 KB	表示
CIF形式データ	4p0t_validation.cif.gz	23.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/4p0t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/4p0t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4n0p-1 2b7k-1 5rue-1 7kxb-d 5rsy-1 5rt7-1 2b7k-3 5s3m-1 3q85-1 5ru8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (5) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (5)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Centromere protein M

B: Centromere protein M

ヘテロ分子

38.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Centromere protein M

ソフトウェアが定義した集合体
19.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Centromere protein M

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
19.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.030, 104.030, 33.560
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	143
Space group name H-M	P3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-206- HOH

#1: タンパク質	Centromere protein M / CENP-M / Interphase centromere complex protein 39 / Proliferation-associated nuclear element protein 1 分子量: 19245.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPM, C22orf18, ICEN39, PANE1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NSP4
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.84 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM bicine pH 8.5, 11 % MPD, 8 mM spermidine

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray / 波長: 0.92 / 波長: 0.92 Å
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
Reflection twin	Operator: -h,-k,l / Fraction: 0.489
反射	解像度: 1.49→52.25 Å / Num. obs: 64606 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 9.4 % / Net I/σ(I): 26.3
反射シェル	解像度: 1.49→1.54 Å / 冗長度: 8.8 % / R_merge(I) obs: 0.361 / Mean I/σ(I) obs: 6.4 / % possible all: 96.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
PHENIX		位相決定
Coot		モデル構築
xia2	0.3.3.1	データ削減

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.493→52.015 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.03 / 位相誤差: 15.82 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1636	4808	7.44 %
R_work	0.1243	-	-
obs	0.1268	64606	97.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 59.848 Å² / k_sol: 0.369 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.493→52.015 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2280	0	6	297	2583

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2354
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.854	3197
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.857	850
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	398
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	397

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4937-1.5195	0.2303	214	0.2055	2771	X-RAY DIFFRACTION	83
1.5195-1.5471	0.2018	252	0.194	2982	X-RAY DIFFRACTION	91
1.5471-1.5768	0.2055	244	0.1824	2952	X-RAY DIFFRACTION	90
1.5768-1.609	0.212	248	0.1764	3004	X-RAY DIFFRACTION	89
1.609-1.644	0.1671	242	0.1735	2971	X-RAY DIFFRACTION	92
1.644-1.6822	0.1873	236	0.1812	2992	X-RAY DIFFRACTION	89
1.6822-1.7242	0.1932	234	0.1743	3003	X-RAY DIFFRACTION	93
1.7242-1.7708	0.1762	236	0.1614	2979	X-RAY DIFFRACTION	89
1.7708-1.8229	0.1497	242	0.1619	3038	X-RAY DIFFRACTION	93
1.8229-1.8817	0.1807	240	0.1588	2940	X-RAY DIFFRACTION	90
1.8817-1.9489	0.1568	236	0.1527	3039	X-RAY DIFFRACTION	93
1.9489-2.0269	0.1529	245	0.1536	3016	X-RAY DIFFRACTION	91
2.0269-2.119	0.1743	236	0.1479	3011	X-RAY DIFFRACTION	91
2.119-2.2306	0.1468	254	0.136	3035	X-RAY DIFFRACTION	92
2.2306-2.3702	0.1708	240	0.1305	3026	X-RAY DIFFRACTION	92
2.3702-2.5529	0.1571	242	0.1272	3007	X-RAY DIFFRACTION	92
2.5529-2.8092	0.1723	240	0.1189	3048	X-RAY DIFFRACTION	92
2.8092-3.2144	0.176	227	0.1058	3044	X-RAY DIFFRACTION	93
3.2144-4.0447	0.142	244	0.0722	3053	X-RAY DIFFRACTION	92
4.0447-20.5591	0.1474	248	0.0798	2875	X-RAY DIFFRACTION	88

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8924	0.5815	0.3647	4.0042	1.8529	4.425	-0.0028	0.2175	0.176	-0.1607	0.01	0.2423	-0.1227	-0.2327	-0.0672	0.0509	0.0206	-0.0097	0.1243	0.0168	0.0879	60.8336	81.0864	-0.0726
2	3.1381	-0.2337	-0.3367	4.8651	0.9825	4.805	0.0118	-0.0883	-0.2704	0.1446	-0.014	0.4452	0.3093	-0.0778	0.0582	0.0693	0.0061	-0.0064	0.0997	0.0344	0.1297	61.4376	77.8614	7.0353
3	1.2768	-0.4973	-0.1403	2.0167	-0.3528	2.7393	0.0716	0.04	0.0303	-0.033	0.0111	-0.0632	-0.1924	-0.0173	-0.0676	0.1025	0.0313	0.0024	0.0866	-0.0083	0.0699	69.3081	91.2735	2.3042
4	1.9646	-0.0208	0.5771	2.847	0.1605	4.9332	0.0055	-0.0807	0.1553	-0.0735	-0.0019	-0.2877	-0.2753	0.1361	-0.0632	0.0874	0.0252	0.0103	0.0921	-0.0284	0.1118	74.8028	91.4827	-1.7983
5	2.8797	-1.9675	2.8998	2.4676	-2.6689	7.0857	-0.0087	0.1862	-0.1278	-0.008	-0.0553	-0.043	0.0488	0.2959	-0.0094	0.0601	0.0245	0.0125	0.0833	-0.0009	0.0671	73.1144	74.4192	1.3403
6	4.2051	0.3591	-1.4387	2.4786	-1.9536	4.5722	-0.0372	0.2412	-0.2632	-0.0889	-0.0512	-0.0179	0.0422	0.1224	0.0438	0.0396	0.0249	-0.0006	0.1046	-0.015	0.0802	97.6189	70.9125	-13.5321
7	2.654	-0.6241	-0.3636	6.1803	-0.0673	4.7393	0.1838	0.0536	0.4438	-0.2159	-0.0918	-0.5724	-0.9043	0.1628	-0.0197	0.1983	-0.0134	0.0664	0.132	-0.0155	0.1835	99.2337	79.6954	-10.3604
8	3.9577	-1.2989	0.4361	6.6743	-0.6578	3.8129	0.0585	-0.2699	0.0933	0.4423	0.0853	-0.575	0.0412	0.2121	-0.1244	0.1054	-0.0259	-0.0018	0.1827	-0.0179	0.0359	95.8114	68.2786	-1.8427
9	1.176	-0.3848	-0.1915	2.7378	1.5024	3.7575	0.0887	0.0049	-0.1262	0.0044	-0.0546	-0.0709	0.2804	-0.0736	-0.0571	0.1006	0.0217	-0.0124	0.102	0.0067	0.0583	88.7963	59.9247	-10.2422
10	1.0709	-0.1348	-0.78	1.8569	1.073	5.0109	-0.0254	-0.0464	0.0166	0.0579	0.0296	0.0425	0.0701	-0.0517	-0.0734	0.0883	0.0687	0.0216	0.1026	0.0042	0.0538	84.9324	66.5978	-12.3416
11	4.2612	-1.0767	-2.7173	7.3784	3.8423	3.4747	-0.0085	-0.0172	-0.0058	0.0714	-0.1445	0.3021	0.4329	-0.4232	0.2347	0.133	0.0344	0.022	0.1577	0.0241	0.0894	78.5148	60.2831	-14.5223
12	2.4413	1.6566	-1.8854	2.6486	-1.5468	5.9758	-0.0968	-0.0214	-0.0958	-0.1021	-0.0935	0.0716	0.0526	0.0562	0.086	0.0837	0.0577	0.0144	0.131	0.0157	0.0265	85.0674	68.6542	-16.5754
13	0.6772	-0.8617	-1.0462	5.0154	4.2805	4.197	-0.0081	0.2126	0.2056	-0.2558	-0.0852	0.2069	-0.4141	-0.1154	0.1314	0.0735	0.0172	-0.023	0.1331	0.0149	0.0908	90.2931	79.0845	-16.1008
14	1.9985	0.0286	0.1538	2.1275	0.0288	0.396	-0.0002	-0.0449	0.4775	0.0741	0.0017	-0.0167	-0.167	-0.0506	-0.0894	0.2382	0.1255	-0.0138	0.1405	-0.098	0.4666	85.8363	87.163	-4.1087
15	2.3012	-0.4099	-1.3642	2.7056	0.9397	4.9063	0.1055	0.0243	0.147	0.005	-0.087	0.3192	-0.3581	-0.4454	0.0858	0.1954	0.119	-0.0287	0.1968	-0.0743	0.1301	78.373	78.4195	-8.4534

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 20:41)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 42:69)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 70:115)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 116:140)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 141:167)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 20:41)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 42:54)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 61:69)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 70:92)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 93:115)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 116:128)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 129:140)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 141:159)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resseq 160:166)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resseq 167:170)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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