PDB-4ozz: Crystal Structure of the periplasmic alginate epimerase AlgG T265...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ozz

タイトル

Crystal Structure of the periplasmic alginate epimerase AlgG T265N T268M double mutant

要素

Poly(beta-D-mannuronate) C5 epimerase

キーワード

ISOMERASE / AlgG / Pseudomonas / parallel beta-helix / alginate / mannuronate / polysaccharide epimerase

機能・相同性

機能・相同性情報

mannuronan 5-epimerase / alginic acid biosynthetic process / isomerase activity / periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Howell, P.L. / Wolfram, F. / Robinson, H.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of the periplasmic alginate epimerase AlgG T265N T268M double mutant
著者: Howell, P.L. / Wolfram, F. / Robinson, H.

履歴

登録	2014年2月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords Item: _citation.journal_id_CSD / _citation_author.ordinal ..._citation.journal_id_CSD / _citation_author.ordinal / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.2	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ozz.cif.gz	179 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ozz.ent.gz	141.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ozz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ozz_validation.pdf.gz	417.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ozz_full_validation.pdf.gz	420.9 KB	表示
XML形式データ	4ozz_validation.xml.gz	15.9 KB	表示
CIF形式データ	4ozz_validation.cif.gz	21 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/4ozz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/4ozz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4nk6 4nk8 4ozy
類似構造データ	4nk8-d 4nk6-d 4ozy-d 4tqc-d 6t82-d 3d3h-1 4x0e-d 4tpw-d 1j4j-d 6tc1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Poly(beta-D-mannuronate) C5 epimerase

47.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Poly(beta-D-mannuronate) C5 epimerase

ソフトウェアが定義した集合体
95.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	125.032, 125.032, 98.447
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Poly(beta-D-mannuronate) C5 epimerase 分子量: 47578.090 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 69-492 / 変異: T265N, T268M / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア) 株: DC3000 / 遺伝子: algG, PSPTO_1238 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RP 参照: UniProt: Q887Q3, 異性化酵素; ラセマーゼ・エピメラーゼ（光学異性の転換）; 炭水化物およびその類縁体に作用

#1: タンパク質

Poly(beta-D-mannuronate) C5 epimerase

分子量: 47578.090 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 69-492 / 変異: T265N, T268M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア)
株: DC3000 / 遺伝子: algG, PSPTO_1238 / プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RP
参照: UniProt: Q887Q3, 異性化酵素; ラセマーゼ・エピメラーゼ（光学異性の転換）; 炭水化物およびその類縁体に作用

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.66 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.26 M (NH4)2SO4, 0.1 M HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月22日

放射

モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.075 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 20079 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.6 % / B_iso Wilson estimate: 57.09 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / Χ²: 0.823 / Net I/av σ(I): 37.214 / Net I/σ(I): 9.1 / Num. measured all: 514369

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.9-3	21.7	0.574	1975	0.819	100
3-3.12	21.8	0.433	1980	0.836	100
3.12-3.27	21.9	0.312	1966	0.848	100
3.27-3.44	22	0.207	1985	0.896	100
3.44-3.65	21.9	0.146	1993	0.909	100
3.65-3.94	22	0.109	2001	0.955	100
3.94-4.33	30.3	0.139	2006	0.896	100
4.33-4.96	31.7	0.107	2013	0.905	99.7
4.96-6.24	30.9	0.099	2037	0.709	100
6.24-50	31.4	0.051	2123	0.577	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化

精密化

解像度: 2.9→47.44 Å / FOM work R set: 0.8234 / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.15 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2167	3844	10.09 %
R_work	0.1685	34271	-
obs	0.1735	38115	99.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 137.8 Å² / B_iso mean: 68.8 Å² / B_iso min: 35.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.9→47.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3307	0	0	0	3307
B_iso mean	-	-	-99999	-99999	-

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3372
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.228	4563
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.083	505
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	588
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.627	1245

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.9-2.9363	0.301	138	0.2558	1243	1381	100
2.9363-2.9749	0.3067	146	0.2266	1287	1433	100
2.9749-3.0157	0.2514	131	0.2149	1260	1391	100
3.0157-3.0587	0.2585	148	0.1992	1312	1460	100
3.0587-3.1044	0.2782	142	0.2162	1224	1366	100
3.1044-3.1529	0.363	142	0.2021	1261	1403	100
3.1529-3.2046	0.2341	144	0.2203	1295	1439	100
3.2046-3.2598	0.2869	146	0.2209	1258	1404	100
3.2598-3.3191	0.2969	136	0.2089	1303	1439	100
3.3191-3.3829	0.2834	134	0.2047	1282	1416	100
3.3829-3.4519	0.2879	142	0.2057	1245	1387	100
3.4519-3.5269	0.2165	144	0.1903	1271	1415	100
3.5269-3.609	0.2816	140	0.1823	1262	1402	100
3.609-3.6992	0.2487	148	0.1779	1278	1426	100
3.6992-3.7992	0.1761	150	0.1732	1277	1427	100
3.7992-3.9109	0.2441	142	0.1579	1263	1405	100
3.9109-4.0371	0.2509	142	0.1612	1257	1399	100
4.0371-4.1813	0.1948	138	0.1489	1296	1434	100
4.1813-4.3486	0.2011	134	0.1367	1249	1383	100
4.3486-4.5463	0.1428	148	0.1224	1272	1420	100
4.5463-4.7858	0.1365	148	0.1201	1245	1393	99
4.7858-5.0853	0.1938	142	0.1244	1271	1413	100
5.0853-5.4775	0.1919	150	0.1376	1283	1433	100
5.4775-6.0277	0.2051	138	0.1528	1240	1378	100
6.0277-6.8976	0.1952	140	0.1773	1307	1447	100
6.8976-8.6816	0.188	140	0.1807	1264	1404	100
8.6816-47.4461	0.2009	151	0.1719	1266	1417	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9196	0.0737	0.2228	1.2537	0.3193	0.819	0.0885	0.1492	0.3737	-0.8952	0.2911	-0.1183	0.1173	0.2878	-0.2243	0.7382	-0.016	0.2733	0.8514	0.1925	0.6329	79.6533	62.1759	-13.7915
2	1.8616	-0.1044	-0.4855	1.8916	0.1531	2.3001	-0.2153	0.1354	0.257	0.0586	-0.5596	-0.8041	-0.2065	0.8053	0.1671	0.4553	-0.0878	0.0471	0.8259	0.0312	0.753	91.451	45.9304	12.6956
3	1.0051	0.5565	0.2525	0.3485	0.0864	0.1207	0.1469	-0.0246	-0.1479	-0.2432	-0.1031	-0.2308	0.0604	0.8492	0.0709	0.5561	0.1175	0.1584	0.9677	0.1249	0.7434	91.6556	37.8053	2.4658
4	1.2975	-0.3415	0.6556	0.9785	-0.5354	0.6976	-0.0224	0.1556	-0.0576	-0.2607	-0.0907	-0.0947	0.097	0.5708	0.0513	0.5078	0.025	0.1331	0.7262	0.0864	0.5163	81.1278	42.907	-0.0547
5	1.7527	-1.0654	-0.4307	1.8799	-0.4698	1.1929	-0.0644	0.0134	0.1921	-0.2162	-0.0471	-0.0607	-0.0594	0.3033	0.094	0.4464	-0.1289	0.0203	0.4888	0.0495	0.4476	66.0503	59.7472	-0.2811
6	1.8747	0.1347	0.662	0.5598	0.4174	0.7484	-0.2665	-0.0814	0.0019	-0.0169	0.0797	-0.4621	-0.1966	0.5848	0.184	0.4819	-0.0689	-0.0246	0.5716	0.0564	0.6747	54.8732	67.5717	11.0126
7	1.5529	0.3542	-0.641	2.286	-0.6398	1.2587	-0.2008	0.1533	0.3743	-0.1824	0.1767	0.2211	-0.4736	-0.1083	-0.0547	0.5929	-0.0701	-0.0715	0.5022	0.0694	0.7064	45.0668	71.9889	-2.688

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 69 through 96 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 97 through 119 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 120 through 158 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 159 through 258 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 259 through 428 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 429 through 463 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 464 through 492 )	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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