PDB-4ozy: Crystal Structure of the periplasmic alginate epimerase AlgG T265...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ozy

タイトル

Crystal Structure of the periplasmic alginate epimerase AlgG T265N mutant

要素

Poly(beta-D-mannuronate) C5 epimerase

キーワード

ISOMERASE / AlgG / Pseudomonas / parallel beta-helix / alginate / mannuronate / polysaccharide epimerase

機能・相同性

機能・相同性情報

mannuronan 5-epimerase / alginic acid biosynthetic process / isomerase activity / periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Howell, P.L. / Wolfram, F. / Robinson, H.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of the periplasmic alginate epimerase AlgG T265N mutant
著者: Howell, P.L. / Wolfram, F. / Robinson, H.

履歴

登録	2014年2月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords Item: _citation.journal_id_CSD / _citation_author.ordinal ..._citation.journal_id_CSD / _citation_author.ordinal / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.2	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_high / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ozy.cif.gz	180.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ozy.ent.gz	142.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ozy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ozy_validation.pdf.gz	427 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ozy_full_validation.pdf.gz	429.8 KB	表示
XML形式データ	4ozy_validation.xml.gz	16.3 KB	表示
CIF形式データ	4ozy_validation.cif.gz	21 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/4ozy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/4ozy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4nk6 4nk8 4ozz
類似構造データ	4nk8-d 3ucf-4 3eo4-2 6dwu-42 6dwu-21 3fgq-1 3bx1-1 5u1p-1 4ic0-1 4tqb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Poly(beta-D-mannuronate) C5 epimerase

47.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Poly(beta-D-mannuronate) C5 epimerase

ソフトウェアが定義した集合体
95 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	124.782, 124.782, 98.031
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Poly(beta-D-mannuronate) C5 epimerase 分子量: 47497.941 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 69 to 491 / 変異: T265N / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア) 株: DC3000 / 遺伝子: algG, PSPTO_1238 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RP 参照: UniProt: Q887Q3, 異性化酵素; ラセマーゼ・エピメラーゼ（光学異性の転換）; 炭水化物およびその類縁体に作用

#1: タンパク質

Poly(beta-D-mannuronate) C5 epimerase

分子量: 47497.941 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 69 to 491 / 変異: T265N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア)
株: DC3000 / 遺伝子: algG, PSPTO_1238 / プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RP
参照: UniProt: Q887Q3, 異性化酵素; ラセマーゼ・エピメラーゼ（光学異性の転換）; 炭水化物およびその類縁体に作用

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.48 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.26 M (NH4)2SO4, 0.1 M HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月22日

放射

モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.075 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 20041 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 22.8 % / B_iso Wilson estimate: 63.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.119 / Χ²: 1.123 / Net I/av σ(I): 34.667 / Net I/σ(I): 9.4 / Num. measured all: 456993

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.9-3	21.5	0.665	1958	0.905	100
3-3.12	21.6	0.486	1976	0.952	100
3.12-3.27	21.7	0.365	1981	1.001	100
3.27-3.44	21.9	0.241	1976	1.083	100
3.44-3.65	21.9	0.177	1996	1.222	100
3.65-3.94	21.9	0.133	1994	1.35	100
3.94-4.33	21.8	0.111	2011	1.481	100
4.33-4.96	21.4	0.089	1993	1.425	98.8
4.96-6.24	21.9	0.082	2032	0.924	100
6.24-50	31.7	0.089	2124	0.969	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化

精密化

解像度: 2.9→47.32 Å / FOM work R set: 0.819 / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.63 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2206	3789	9.96 %
R_work	0.1758	34257	-
obs	0.1804	38046	99.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 156.35 Å² / B_iso mean: 58.14 Å² / B_iso min: 26.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.9→47.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3295	0	0	0	3295
B_iso mean	-	-	-99999	-99999	-

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3361
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.184	4554
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	505
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	586
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.805	1234

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.9-2.9274	0.3072	136	0.2551	1173	1309	96
2.9274-2.9659	0.3693	142	0.2422	1291	1433	100
2.9659-3.0065	0.2992	136	0.2369	1276	1412	100
3.0065-3.0495	0.2883	150	0.2277	1318	1468	100
3.0495-3.095	0.3174	130	0.2068	1220	1350	99
3.095-3.1433	0.2174	148	0.1903	1266	1414	100
3.1433-3.1949	0.2304	142	0.2025	1284	1426	100
3.1949-3.2499	0.2608	140	0.1945	1265	1405	100
3.2499-3.309	0.2829	136	0.2012	1289	1425	100
3.309-3.3726	0.298	136	0.1955	1312	1448	100
3.3726-3.4415	0.248	136	0.1904	1233	1369	100
3.4415-3.5163	0.2229	144	0.1811	1277	1421	100
3.5163-3.598	0.2698	134	0.1867	1266	1400	100
3.598-3.688	0.2455	148	0.1804	1290	1438	100
3.688-3.7877	0.2063	138	0.1723	1281	1419	100
3.7877-3.8991	0.2174	137	0.1517	1254	1391	100
3.8991-4.0248	0.1875	139	0.1549	1282	1421	100
4.0248-4.1686	0.2059	146	0.1476	1284	1430	100
4.1686-4.3354	0.2141	144	0.1399	1239	1383	100
4.3354-4.5326	0.1867	144	0.1353	1273	1417	100
4.5326-4.7713	0.1405	139	0.1339	1234	1373	98
4.7713-5.0699	0.2039	140	0.1442	1280	1420	99
5.0699-5.4609	0.2068	127	0.1707	1296	1423	100
5.4609-6.0094	0.2385	147	0.1948	1243	1390	100
6.0094-6.8768	0.2672	148	0.2161	1299	1447	100
6.8768-8.6553	0.2235	137	0.2019	1261	1398	100
8.6553-47.3267	0.1706	145	0.1766	1271	1416	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.4867	-1.4497	-0.9536	0.917	0.8826	0.8368	-0.0936	0.0946	0.5961	-0.5311	0.1046	-0.3191	0.1933	0.1035	-0.2068	0.6784	0.0889	0.3771	0.7984	0.2801	0.6365	16.905	-45.9465	-13.7308
2	4.4256	2.623	-4.9604	5.9366	-2.2072	7.0222	0.1333	-0.0107	0.1997	0.34	-0.2115	-0.9433	-0.2095	0.9006	0.0671	0.3509	0.0527	0.0438	0.786	0.1213	0.5456	27.694	-65.7945	12.2296
3	2.1422	-0.9578	0.4718	2.3052	-0.161	1.2313	0.0199	0.3004	0.0823	-0.2548	-0.1414	-0.3593	0.1139	0.4873	0.0799	0.3939	-0.0055	0.1582	0.6409	0.0715	0.4351	18.3195	-62.1898	-0.2759
4	2.2669	-0.9679	0.8618	2.6747	0.7018	1.4748	-0.0159	0.1227	0.2654	-0.3745	-0.1081	-0.0205	-0.3164	0.2597	0.1221	0.4157	-0.0669	0.0437	0.4461	0.0553	0.402	1.2402	-48.7485	-1.2428
5	3.5289	-1.682	1.2884	0.9475	0.4096	8.0748	-0.1059	0.1047	0.4245	0.0118	0.0955	-0.1792	-0.5916	0.2535	0.0147	0.3091	-0.0616	0.0116	0.3245	0.0317	0.3834	-7.4427	-41.3129	-0.8172
6	5.8404	1.2895	-0.063	4.936	0.2905	5.1935	-0.0305	-0.5941	-0.1683	0.4326	0.0876	-0.7967	-0.3859	0.8216	-0.0582	0.3731	0.0676	0.0434	0.6059	-0.0143	0.5386	-7.6005	-40.4401	10.9165
7	4.0617	-0.3403	-1.569	3.983	-2.1049	5.7949	0.1111	0.2041	0.1255	0.293	0.23	0.0103	-0.5539	-0.295	-0.3133	0.4635	0.0255	0.0271	0.3601	0.0403	0.5691	-17.0721	-35.913	-2.3158

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 69 through 96 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 97 through 137 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 138 through 315 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 316 through 388 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 389 through 428 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 429 through 463 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 464 through 491 )	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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