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- PDB-4ozo: Crystal structure of an a-L-fucosidase GH29 from Bacteroides thet... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ozo
タイトルCrystal structure of an a-L-fucosidase GH29 from Bacteroides thetaiotaomicron (BT2192) in complex with oNPTG
要素Putative lipoprotein
キーワードHYDROLASE / beta sandwich / glycosyl hydrolase GH29
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-L-fucosidase activity / fucose metabolic process / glycoside catabolic process / lysosome
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 29 / Alpha-L-fucosidase / Alpha-L-fucosidase / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / Jelly Rolls ...Glycoside hydrolase, family 29 / Alpha-L-fucosidase / Alpha-L-fucosidase / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / Jelly Rolls / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-nitrophenyl 1-thio-beta-D-galactopyranoside / Lipoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Lafite, P. / Daniellou, R. / Guillotin, L.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
R?gion Centre フランス
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Unraveling the substrate recognition mechanism and specificity of the unusual glycosyl hydrolase family 29 BT2192 from Bacteroides thetaiotaomicron.
著者: Guillotin, L. / Lafite, P. / Daniellou, R.
履歴
登録2014年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月12日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary
改定 1.22014年10月1日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / struct_keywords / struct_site
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification / _struct_keywords.text / _struct_site.details
改定 1.42020年7月29日Group: Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / refine_hist / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative lipoprotein
B: Putative lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,8398
ポリマ－106,8362
非ポリマー1,0036
水3,657203
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2280 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area33340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.300, 122.170, 159.650
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number24
Space group name H-MI212121

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要素

#1: タンパク質 Putative lipoprotein / Alpha-L-fucosidase


分子量: 53418.172 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 26-483 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
株: VPI-5482 / 遺伝子: BT_2192 / プラスミド: modified pET26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: Q8A5P6, EC: 3.2.1.111
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 糖 ChemComp-OTN / 2-nitrophenyl 1-thio-beta-D-galactopyranoside / (2R,3R,4S,5R,6S)-2-(hydroxymethyl)-6-(2-nitrophenyl)sulfanyl-oxane-3,4,5-triol / 2-nitrophenyl 1-thio-beta-D-galactoside / 2-nitrophenyl 1-thio-D-galactoside / 2-nitrophenyl 1-thio-galactoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 317.315 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H15NO7S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2.5 M ammonium citrate, soaking with 250 mM ligand

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月28日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→49 Å / Num. obs: 38008 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 37.8 Å2 / Rmerge F obs: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rrim(I) all: 0.138 / Χ2: 1.013 / Net I/σ(I): 13.76 / Num. measured all: 281551
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.6-2.70.9050.6623.5930000403740340.71399.9
2.7-70.9960.12913.8523734031902318990.138100
70.9990.04132.1214211208520750.04499.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3EYP

3eyp


解像度: 2.6→49 Å / FOM work R set: 0.8454 / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 22.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.22 1901 5 %
Rwork0.1653 36096 -
obs0.1681 37997 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 83.95 Å2 / Biso mean: 18.65 Å2 / Biso min: 3.61 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7300 0 66 203 7569
Biso mean--23.37 19.13 -
残基数----918
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077570
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07210294
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071088
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041320
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7172714
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.6-2.6650.2781340.211125382672
2.665-2.7370.25691340.187225432677
2.737-2.81760.24961350.179325692704
2.8176-2.90850.25591340.165225402674
2.9085-3.01240.20561330.166425362669
3.0124-3.1330.24531360.161425812717
3.133-3.27560.24391340.159425512685
3.2756-3.44820.22681350.156125512686
3.4482-3.66420.20041350.140525702705
3.6642-3.9470.19021360.147925932729
3.947-4.3440.18181360.145225762712
4.344-4.97210.2151370.16325982735
4.9721-6.26230.2091380.187726252763
6.2623-490.24281440.184627252869

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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