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- PDB-4ozk: Crystal structure of Laterosporulin, a broad spectrum leaderless ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ozk
タイトルCrystal structure of Laterosporulin, a broad spectrum leaderless bacteriocin produced by Brevibacillus laterosporus strain GI-9
要素Putative bacteriocin
キーワードTOXIN / Bacteriocin / Class IId / leaderless / Defensin-like / antimicrobial / heat stable
機能・相同性Laterosporulin defensin-like peptide / Laterosporulin defensin-like peptide / Putative bacteriocin
機能・相同性情報
生物種Brevibacillus laterosporus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.038 Å
データ登録者Vipul, S. / Thakur, K.G.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Council of Scientific and Insdustrial Research, Govt. of India インド
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2015
タイトル: The intramolecular disulfide-stapled structure of laterosporulin, a class IId bacteriocin, conceals a human defensin-like structural module.
著者: Singh, P.K. / Solanki, V. / Sharma, S. / Thakur, K.G. / Krishnan, B. / Korpole, S.
履歴
登録2014年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月3日Group: Database references
改定 1.22015年2月4日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_nat / pdbx_database_status ...entity_src_nat / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / software
Item: _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative bacteriocin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,6251
ポリマ－5,6251
非ポリマー00
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.000, 65.000, 65.000
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number212
Space group name H-MP4332
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-101-

HOH

21A-114-

HOH

31A-119-

HOH

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド Putative bacteriocin


分子量: 5625.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Brevibacillus laterosporus (バクテリア)
株: GI-9 / 参照: UniProt: H1ZZ98
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.53 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M TRIS pH 8.5, 3M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.038→65 Å / Num. all: 3319 / Num. obs: 3319 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 10.5 % / Biso Wilson estimate: 21.9 Å2 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.122 / Rsym value: 0.11 / Net I/av σ(I): 6.533 / Net I/σ(I): 17 / Num. measured all: 34934
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.03-2.1410.30.4361.844994380.1460.4365.392.8
2.14-2.2710.80.389248274460.130.3896.2100
2.27-2.4310.80.3222.444924150.1050.3227.4100
2.43-2.62110.2752.843323950.0890.2758.8100
2.62-2.8810.60.1844.138913670.0610.18412.9100
2.88-3.2110.80.0918.436753400.030.09122.1100
3.21-3.7110.70.05812.931662970.0190.05831.9100
3.71-4.5510.40.04514.427832680.0150.04539.3100
4.55-6.439.80.05111.920932140.0180.05136.1100
6.43-45.9628.50.03716.911761390.0150.0373598.7

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位相決定

位相決定
手法
単一同系置換・異常分散
分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å45.96 Å
Translation2.5 Å45.96 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
SCALA3.3.20データスケーリング
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHASER位相決定
SHELXD位相決定
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.038→29.069 Å / FOM work R set: 0.8177 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 22.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2274 144 4.36 %
Rwork0.1962 3155 -
obs0.1976 3299 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.079 Å2 / ksol: 0.423 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 68.24 Å2 / Biso mean: 24.09 Å2 / Biso min: 1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.038→29.069 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数388 0 0 23 411
Biso mean---22.5 -
残基数----49
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007402
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.049541
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0754
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00469
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.143137
LS精密化 シェル解像度: 2.0382→2.1111 Å / Total num. of bins used: 1 /
反射数%反射
Rfree18 -
Rwork290 -
obs-97.5 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.62093.74040.07727.3626-0.0472.759-0.14760.83580.2989-0.9653-0.23990.8260.4551-0.42910.14580.1425-0.0115-0.04230.1916-0.05310.1296-15.3601-13.3601-24.1566
24.06930.98464.54280.23861.09895.0684-0.4158-0.17590.3111-0.2944-0.04290.1844-0.1592-0.09370.12730.2017-0.01220.00860.1283-0.06490.0742-8.7096-16.915-15.6526
34.85652.94170.34565.52590.02640.20890.27140.0251-0.36720.4136-0.083-0.8294-0.00290.0724-0.11930.17460.0086-0.04220.07720.00220.16082.4912-7.4303-14.4758
46.98434.62183.81556.43164.23275.7470.0373-0.04540.15620.3225-0.27360.14390.3791-0.02960.15970.1820.0488-0.01540.073-0.00810.1071-4.0727-10.0292-16.9403
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 2:8)A2 - 8
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 9:14)A9 - 14
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 15:34)A15 - 34
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 35:50)A35 - 50

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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