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- PDB-4ozd: Crystal structure of PdSP15a -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ozd
タイトルCrystal structure of PdSP15a
要素14.4 kDa salivary protein
キーワードPROTEIN BINDING / Salivary / sandfly / vaccine / Leishmania
機能・相同性
機能・相同性情報


odorant binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Pheromone/general odorant binding protein domain / Pheromone/general odorant binding protein / PBP/GOBP family / Pheromone/general odorant binding protein superfamily / Recoverin; domain 1 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
14.4 kDa salivary protein
類似検索 - 構成要素
生物種Phlebotomus duboscqi (昆虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Andersen, J.F. / Alvarenga, P.H.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Protection against cutaneous leishmaniasis in non-human primates by immunization with an insect salivary protein
著者: Oliveira, F. / Rowton, E. / Gomes, R. / Castrovinci, P.A. / Lawyer, P.G. / Teixeira, C. / Aslan, H. / Kleeman, L. / Meneses, C. / Rowland, T. / Gilmore, D. / Andersen, J. / Alvarenga, P.H. / ...著者: Oliveira, F. / Rowton, E. / Gomes, R. / Castrovinci, P.A. / Lawyer, P.G. / Teixeira, C. / Aslan, H. / Kleeman, L. / Meneses, C. / Rowland, T. / Gilmore, D. / Andersen, J. / Alvarenga, P.H. / Kamhawi, S. / Valenzuela, J.G.
履歴
登録2014年2月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月20日Group: Structure summary
改定 1.22017年11月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification / _struct_keywords.text
改定 1.32018年3月21日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: diffrn_detector / entity_src_gen
Item: _diffrn_detector.pdbx_collection_date / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._diffrn_detector.pdbx_collection_date / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_high / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14.4 kDa salivary protein
B: 14.4 kDa salivary protein
C: 14.4 kDa salivary protein
D: 14.4 kDa salivary protein
E: 14.4 kDa salivary protein
F: 14.4 kDa salivary protein
G: 14.4 kDa salivary protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,2747
ポリマ－101,2747
非ポリマー00
水27015
1
A: 14.4 kDa salivary protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4681
ポリマ－14,4681
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 14.4 kDa salivary protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4681
ポリマ－14,4681
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: 14.4 kDa salivary protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4681
ポリマ－14,4681
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: 14.4 kDa salivary protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4681
ポリマ－14,4681
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: 14.4 kDa salivary protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4681
ポリマ－14,4681
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: 14.4 kDa salivary protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4681
ポリマ－14,4681
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: 14.4 kDa salivary protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4681
ポリマ－14,4681
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.558, 79.730, 232.294
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
14.4 kDa salivary protein


分子量: 14467.659 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phlebotomus duboscqi (昆虫) / 遺伝子: M02 / 器官: Salivary Gland / プラスミド: pET-17b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: Q06KA5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 10 % PEG 6000, 0.1M MES pH 6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→50 Å / Num. obs: 24313 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 77.93 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Χ2: 1.738 / Net I/av σ(I): 16.276 / Net I/σ(I): 12.8 / Num. measured all: 128620
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.95-35.50.74911821.50599.7
3-3.065.70.68812481.57799.5
3.06-3.115.70.59911751.54399.7
3.11-3.185.70.47212041.60399
3.18-3.255.60.41712431.74299.2
3.25-3.325.70.33311921.92998.7
3.32-3.415.60.27111982.0398.5
3.41-3.55.60.24612052.15698.4
3.5-3.65.60.18612352.2198.5
3.6-3.725.50.15611852.30297.8
3.72-3.855.40.1412131.90998.1
3.85-45.40.11711981.98397.7
4-4.195.20.09212331.81897.9
4.19-4.415.10.08212071.6398.1
4.41-4.685.10.07512081.55897.3
4.68-5.0450.07112331.52297.2
5.04-5.554.90.07712071.64896.8
5.55-6.354.80.07612151.47295.9
6.35-84.50.06712431.30395.5
8-504.20.0612890.96292.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000位相決定
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.95→40.141 Å / FOM work R set: 0.7617 / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2625 1210 4.99 %Random selection
Rwork0.1999 23041 --
obs0.2031 24251 97.21 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 204.03 Å2 / Biso mean: 88.01 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.95→40.141 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6993 0 0 15 7008
Biso mean----99999 -
残基数----840
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0067138
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0939510
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0411007
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051183
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3392771
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.95-3.06530.32971100.25632444255494
3.0653-3.20470.30541370.25622569270699
3.2047-3.37360.3461390.24392543268299
3.3736-3.58480.30031420.21792554269699
3.5848-3.86140.27511240.19972588271298
3.8614-4.24960.24381220.17922550267298
4.2496-4.86370.23881290.16332594272398
4.8637-6.12420.25631540.19792595274997
6.1242-40.14490.23861530.22604275793
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.34551.8802-5.28141.4928-1.89965.27020.092-0.0883-0.6939-0.15660.7077-0.28480.56930.8704-1.12240.69820.1072-0.08040.699-0.08340.6239-1.88115.2111-45.8694
22.0037-4.734-8.40932.06293.65558.2235-3.3322-0.9390.0771-0.72480.31923.16322.21370.01081.13071.165-0.1956-0.07020.49330.08491.0962-6.4706-5.1639-50.542
35.04020.9411-4.49226.0136-0.27634.06010.086-0.0689-0.5687-0.0398-0.03060.0023-0.25780.3816-0.09390.34830.0082-0.03790.3366-0.06060.4379-14.63666.6572-47.4968
48.51272.1991-1.91295.00962.08832.47960.7070.77281.90481.5610.4022.0798-0.45210.1893-1.28840.72810.08710.29170.64230.00211.0425-18.013820.0637-47.9411
55.77931.9469-0.46768.5148-2.15745.4758-0.19160.84330.7341-0.86340.48310.4007-0.6429-0.7943-0.36560.6920.11960.14530.5807-0.04190.4946-24.715613.4428-54.3368
67.78215.9814-4.84185.4988-4.01083.8226-0.02330.22950.38640.43540.71781.43570.6704-1.0531-0.47880.52040.13760.05830.4012-0.07570.4801-18.58267.68-57.4728
79.4903-3.18086.18834.3084-3.36255.26080.53660.6107-0.2518-0.09110.1509-0.3997-0.52121.0131-0.31450.7303-0.0120.04930.4733-0.13430.4777-7.902317.6793-54.4674
82.04570.37650.44872.2596-0.09427.9481-0.20380.0059-0.1008-1.05140.00181.0288-0.32931.28140.1620.530.019-0.0720.8951-0.09440.62824.399230.0677-35.9819
96.179-3.53050.5914.3841-0.54738.3690.2988-0.4148-0.5141-0.11460.20620.47510.2685-0.6544-0.36580.3729-0.082-0.06950.46910.08730.44854.754528.3727-31.0598
107.0307-2.0483-5.54958.25922.5237.7863-0.4329-0.4532-0.64790.06040.44070.18441.31790.93270.11620.8016-0.0878-0.13010.4884-0.01910.524712.760217.6282-28.4926
110.5039-1.3199-1.00587.9162-1.5215.67420.7152-0.59040.3653-0.2429-0.37590.24881.30130.1757-0.04020.8514-0.08050.01490.45830.01180.599910.188627.7545-52.1726
124.95220.4590.62169.0248-4.4095.27610.20590.70220.2168-0.8498-0.01360.20590.94650.7315-0.18560.5040.0230.03770.5367-0.10750.41337.23539.584-52.0736
131.60111.05082.25537.5515-1.72834.71560.67540.9091.0565-0.78080.4572.2763-0.0523-1.5002-0.8490.62410.33930.03760.84170.09850.8396-6.867644.4581-50.3807
142.14552.6012-2.42255.9325-0.49065.9497-0.2043-0.38780.57250.93310.3410.9364-1.0779-0.3174-0.030.62210.16650.09080.5630.01060.71931.494453.0219-44.5403
154.03633.7864-2.17545.5225-4.09885.24390.4056-0.9424-0.16280.7822-0.2759-0.0565-0.98220.2315-0.15560.62830.0719-0.01530.4573-0.090.36037.603945.4906-42.7619
166.73070.0817-2.19454.35593.3013.7233-0.117-0.0633-0.4540.4963-0.3053-0.12852.1417-1.24220.24290.9923-0.10610.07370.67030.14470.5312-4.98632.9719-47.6065
174.7485-4.2916-3.98264.68141.23939.87980.33640.7833-0.1828-0.46860.18140.0643-1.3488-0.1018-0.27561.0547-0.1354-0.12930.6767-0.17670.7208-18.368913.8646-29.6293
184.18791.5987-1.02137.2265-0.64936.60940.23880.58840.46350.1056-0.22810.07590.37710.73290.27970.4352-0.0753-0.0670.7106-0.10150.4931-17.51295.5372-32.7781
198.4975-3.89481.71554.8806-4.19194.0887-0.5963-1.20430.21461.16550.74020.9413-0.3083-1.2464-0.4220.6695-0.0580.1530.6464-0.14990.658-33.3721.1088-30.933
206.3775-5.6361-0.89517.07940.73445.560.62042.0473-0.1839-0.6626-0.64921.03711.3149-1.20140.18230.8974-0.26230.07270.7922-0.02580.7008-33.7782-8.3851-37.6365
214.9657-4.11224.09176.4627-7.64679.3307-0.46390.44480.8834-2.27790.2483-2.43680.781.67270.00321.2108-0.2310.27820.5914-0.15330.643-17.5283-11.9635-33.871
224.9351-5.4794.86096.1284-5.49064.9321.1527-0.07830.8776-0.719-0.2897-0.18780.9280.3517-0.35360.5551-0.18840.14460.6149-0.03710.5263-24.8181-2.3224-40.4044
236.87142.42981.43217.91773.32896.82330.07980.24990.7475-0.8340.21390.3447-0.8051-0.5049-0.39880.78830.01350.11680.6865-0.08160.6093-32.217810.501-37.6903
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339.5139-1.7023-2.55371.73083.11355.5231-0.7573-0.38810.2196-0.1950.70450.85141.0783-1.1835-0.96411.34-0.37350.27260.7714-0.05131.1065-18.7843-12.80065.2516
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387.8151-4.4095-2.89134.43115.297.50520.62570.6536-0.5628-2.1408-0.68510.8452-1.1768-0.2881-0.23810.74040.068-0.02730.6569-0.15290.5297-4.7172-0.4949-6.3312
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 10 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 11 through 17 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 18 through 39 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 40 through 52 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 53 through 87 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 88 through 100 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 101 through 122 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1 through 17 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 18 through 100 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 101 through 122 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 1 through 17 )C0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 18 through 39 )C0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 40 through 57 )C0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 58 through 81 )C0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 82 through 105 )C0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 106 through 122 )C0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 1 through 10 )D0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 11 through 29 )D0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 30 through 57 )D0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 58 through 81 )D0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 82 through 87 )D0
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 88 through 100 )D0
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 101 through 122 )D0
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 1 through 17 )E0
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 18 through 39 )E0
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 40 through 57 )E0
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 58 through 99 )E0
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 100 through 116 )E0
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 117 through 122 )E0
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 1 through 29 )F0
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 30 through 81 )F0
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'F' and (resid 82 through 122 )F0
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'G' and (resid 1 through 10 )G0
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'G' and (resid 11 through 17 )G0
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'G' and (resid 18 through 39 )G0
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'G' and (resid 40 through 57 )G0
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'G' and (resid 58 through 81 )G0
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'G' and (resid 82 through 105 )G0
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'G' and (resid 106 through 122 )G0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る