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- PDB-4oz6: Structure of the Branched Intermediate in Protein Splicing -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oz6
タイトルStructure of the Branched Intermediate in Protein Splicing
要素
  • ALA-MET-ARG-TYR
  • Mxe gyrA intein
キーワードISOMERASE / Intein
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / intein-mediated protein splicing / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Endonuclease - Pi-scei; Chain A, domain 1 / Hedgehog/Intein (Hint) domain / : / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Hint domain N-terminal ...Endonuclease - Pi-scei; Chain A, domain 1 / Hedgehog/Intein (Hint) domain / : / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Hint domain superfamily / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA gyrase subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium xenopi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.786 Å
データ登録者Bick, M.J. / Liu, Z. / Frutos, S. / Vila-Perello, M. / Debelouchina, G.T. / Darst, S.A. / Muir, T.W.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM086868 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41 GM103403 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structure of the branched intermediate in protein splicing.
著者: Liu, Z. / Frutos, S. / Bick, M.J. / Vila-Perello, M. / Debelouchina, G.T. / Darst, S.A. / Muir, T.W.
履歴
登録2014年2月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月16日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity ...citation / entity / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords / symmetry
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity.src_method ..._citation.journal_id_CSD / _entity.src_method / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification / _struct_keywords.text / _symmetry.Int_Tables_number
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mxe gyrA intein
B: ALA-MET-ARG-TYR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2863
ポリマ－22,2622
非ポリマー241
水52229
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area570 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area8230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.746, 58.746, 111.762
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Mxe gyrA intein


分子量: 21721.477 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 66-267 / 変異: S1A, T184A, A185C, H187(TIH) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium xenopi (バクテリア)
遺伝子: gyrA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P72065, EC: 5.99.1.3
#2: タンパク質・ペプチド ALA-MET-ARG-TYR


分子量: 540.656 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 62-65 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mycobacterium xenopi (バクテリア) / 参照: UniProt: P72065, EC: 5.99.1.3
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細Author stated that residues 185-202 of chain A were synthesized as a single peptide first and then ...Author stated that residues 185-202 of chain A were synthesized as a single peptide first and then ligated to residues 1-184 of Chain A to form the full-length protein.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.2 %
解説: Chunk-like, approximately 100 X 100 microns. Numerous cracks present throughout.
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Crystals were obtained by mixing 1 ul of protein with 1 ul of crystallization solution (100mM sodium cacodylate, pH 6.5, 200mM magnesium acetate, and 20% (w/v) PEG 8000.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97923 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.78→50 Å / Num. obs: 5310 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 37.3 Å2 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 39.6
反射 シェル解像度: 2.78→2.88 Å / 冗長度: 7.2 % / Mean I/σ(I) obs: 9.7 / Rsym value: 0.188 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AM2

1am2


解像度: 2.786→40.489 Å / FOM work R set: 0.8037 / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2617 241 4.6 %Random selection
Rwork0.2298 4995 --
obs0.2314 5236 98.89 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 23.283 Å2 / ksol: 0.347 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 81.38 Å2 / Biso mean: 35.94 Å2 / Biso min: 15.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.1952 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.1952 Å2-0 Å2
3----2.3903 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.786→40.489 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1312 0 1 29 1342
Biso mean--24.27 27.85 -
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031339
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.771831
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049220
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003238
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.204465
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 2

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.786-3.51030.29721190.24542396251598
3.5103-40.49310.24471220.221925992721100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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