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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4oyv | ||||||
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タイトル | Crystal structure of MltF from Pseudomonas aeruginosa complexed with leucine | ||||||
![]() | Membrane-bound lytic murein transglycosylase F | ||||||
![]() | LYASE / Lytic transglycosylase / glycosyltransferase / ABC substrate binding-like domain / peptidoglycan | ||||||
機能・相同性 | ![]() : / peptidoglycan lytic transglycosylase activity / peptidoglycan catabolic process / cell wall organization / cell outer membrane / cell wall macromolecule catabolic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Reddem, E. / Thunnissen, A.M.W.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of MltF from Pseudomonas aeruginosa complexed with leucine 著者: Reddem, E. / Thunnissen, A.M.W.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 99.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 73.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 443.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 448.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | Monomer in solution by Gel filteration,SAXS,DLS |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49098.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9HXN1, 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する |
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#2: 化合物 | ChemComp-LEU / |
#3: 化合物 | ChemComp-CL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.61 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.0, 0.2 M MgCl2, 20% (W/V) PEG 8000. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年3月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.542 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.31→46.04 Å / Num. all: 17631 / Num. obs: 17631 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.11 / Rsym value: 0.092 / Net I/av σ(I): 2.69 / Net I/σ(I): 7 / Num. measured all: 65955 |
反射 シェル | 解像度: 2.31→2.43 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.175 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 94.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.31→40.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.891 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.825 / SU B: 9.245 / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.605 / ESU R Free: 0.329 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 100.14 Å2 / Biso mean: 27.128 Å2 / Biso min: 12.49 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.31→40.2 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.308→2.367 Å / Total num. of bins used: 20
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