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- PDB-4oyh: Structure of Bacillus subtilis MobB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oyh
タイトルStructure of Bacillus subtilis MobB
要素Molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Molybdenum / MobB
機能・相同性
機能・相同性情報


Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process / GTP binding
類似検索 - 分子機能
Molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B (MobB) domain / Molybdopterin guanine dinucleotide synthesis protein B / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. spizizenii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.409 Å
データ登録者Kim, D. / Choe, J.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Bacillus subtilis MobB
著者: Kim, D. / Choe, J.
履歴
登録2014年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / refine_hist / struct_keywords / symmetry
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text / _symmetry.Int_Tables_number

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B
B: Molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B
C: Molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B
D: Molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B
E: Molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,80618
ポリマ-97,5575
非ポリマー1,24913
3,927218
1
A: Molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B
ヘテロ分子

A: Molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,79110
ポリマ-39,0232
非ポリマー7698
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y,-z-11
Buried area5470 Å2
ΔGint-131 kcal/mol
Surface area14490 Å2
手法PISA
2
B: Molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B
E: Molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4076
ポリマ-39,0232
非ポリマー3844
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5030 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area15070 Å2
手法PISA
3
C: Molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B
D: Molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5037
ポリマ-39,0232
非ポリマー4805
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4950 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area14910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)225.528, 42.107, 93.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.99, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B


分子量: 19511.389 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. spizizenii (strain ATCC 23059 / NRRL B-14472 / W23) (バクテリア)
遺伝子: BSUW23_07340,mobB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E0U3U4
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 25% PEG3350 0.4M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 33530 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 25 % / Net I/σ(I): 9

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.409→29.271 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3034 1682 5.02 %
Rwork0.2105 --
obs0.2152 33512 98.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.409→29.271 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5904 0 65 218 6187
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0146057
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5598196
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.4122231
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06954
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071028
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4094-2.48020.41381500.29482580X-RAY DIFFRACTION96
2.4802-2.56020.36251260.25632622X-RAY DIFFRACTION100
2.5602-2.65170.34811310.24552674X-RAY DIFFRACTION100
2.6517-2.75780.3671380.23092674X-RAY DIFFRACTION100
2.7578-2.88320.33091480.24222630X-RAY DIFFRACTION100
2.8832-3.0350.33031440.2332717X-RAY DIFFRACTION100
3.035-3.2250.3271370.21792682X-RAY DIFFRACTION100
3.225-3.47360.31161300.20982682X-RAY DIFFRACTION100
3.4736-3.82250.2911370.19682704X-RAY DIFFRACTION99
3.8225-4.3740.26251410.17612650X-RAY DIFFRACTION99
4.374-5.50480.27631580.17342669X-RAY DIFFRACTION98
5.5048-29.27290.2861420.23342546X-RAY DIFFRACTION90

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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