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- PDB-4oye: Crystal structure of GltPh R397A in apo -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oye
タイトルCrystal structure of GltPh R397A in apo
要素425aa long hypothetical proton glutamate symport protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Transporter / alpha-helix / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid:sodium symporter activity / L-aspartate transmembrane transport / L-aspartate transmembrane transporter activity / L-aspartate import across plasma membrane / chloride transmembrane transporter activity / protein homotrimerization / chloride transmembrane transport / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Proton glutamate symport protein / Sodium:dicarboxylate symporter / Sodium:dicarboxylate symporter / Sodium:dicarboxylate symporter, conserved site / Sodium:dicarboxylate symporter superfamily / Sodium:dicarboxylate symporter family / Sodium:dicarboxylate symporter family signature 1. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutamate transporter homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 4 Å
データ登録者Boudker, O. / Oh, S.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2014
タイトル: Coupled ion binding and structural transitions along the transport cycle of glutamate transporters.
著者: Verdon, G. / Oh, S. / Serio, R.N. / Boudker, O.
履歴
登録2014年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / refine_hist / struct_keywords / symmetry
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_keywords.text / _symmetry.Int_Tables_number

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 425aa long hypothetical proton glutamate symport protein
B: 425aa long hypothetical proton glutamate symport protein
C: 425aa long hypothetical proton glutamate symport protein
D: 425aa long hypothetical proton glutamate symport protein
E: 425aa long hypothetical proton glutamate symport protein
F: 425aa long hypothetical proton glutamate symport protein
G: 425aa long hypothetical proton glutamate symport protein
H: 425aa long hypothetical proton glutamate symport protein
I: 425aa long hypothetical proton glutamate symport protein
J: 425aa long hypothetical proton glutamate symport protein
K: 425aa long hypothetical proton glutamate symport protein
L: 425aa long hypothetical proton glutamate symport protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)516,09612
ポリマ－516,09612
非ポリマー00
水00
1
A: 425aa long hypothetical proton glutamate symport protein
B: 425aa long hypothetical proton glutamate symport protein
C: 425aa long hypothetical proton glutamate symport protein
D: 425aa long hypothetical proton glutamate symport protein
E: 425aa long hypothetical proton glutamate symport protein
F: 425aa long hypothetical proton glutamate symport protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)258,0486
ポリマ－258,0486
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18960 Å2
ΔGint-177 kcal/mol
Surface area87590 Å2
手法PISA
2
G: 425aa long hypothetical proton glutamate symport protein
H: 425aa long hypothetical proton glutamate symport protein
I: 425aa long hypothetical proton glutamate symport protein
J: 425aa long hypothetical proton glutamate symport protein
K: 425aa long hypothetical proton glutamate symport protein
L: 425aa long hypothetical proton glutamate symport protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)258,0486
ポリマ－258,0486
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19100 Å2
ΔGint-177 kcal/mol
Surface area87680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.365, 424.422, 113.985
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.38, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.411451, 0.266706, -0.871537), (0.43731, 0.896739, 0.067965), (0.799667, -0.353168, -0.485597)227.0757, -21.51569, 350.22598
3given(-0.410566, 0.431787, 0.803116), (0.256576, 0.899892, -0.352652), (-0.874988, 0.061274, -0.480251)-178.28055, 82.31268, 367.94144
4given(-0.501088, -0.037606, 0.864579), (-0.032416, -0.997539, -0.062176), (0.864789, -0.059182, 0.498636)-186.0349, 38.93291, 108.94023
5given(-0.557551, -0.198139, -0.80615), (-0.191752, -0.914098, 0.35729), (-0.807693, 0.353788, 0.471663)218.84311, -60.83761, 134.49908
6given(0.88618, -0.463025, 0.017108), (-0.463058, -0.886325, -0.002227), (0.016195, -0.005948, -0.999851)2.87447, 29.40884, 481.27985
7given(0.415016, -0.43696, 0.798015), (-0.256084, -0.89776, -0.358397), (0.873031, -0.055618, -0.484483)-187.71445, -3.49213, 347.19122
8given(-0.999956, -0.001047, 0.009299), (0.000962, -0.999958, -0.009137), (0.009309, -0.009128, 0.999915)-0.96832, -82.24641, 32.53768
9given(0.408853, -0.257349, -0.875563), (-0.433847, -0.898878, 0.061613), (-0.80288, 0.35467, -0.479159)176.74509, -93.11244, 363.60455
10given(0.50672, 0.03232, 0.861504), (0.031753, 0.997919, -0.056114), (-0.861525, 0.05579, 0.50464)-154.44954, 119.55927, 130.08594
11given(0.551367, 0.204768, -0.808742), (0.192458, 0.912042, 0.362133), (0.81176, -0.355317, 0.463461)209.06114, 26.58334, 121.05167
12given(-0.886881, 0.461448, 0.022551), (0.461569, 0.887105, 0.000178), (-0.019923, 0.010566, -0.999746)42.13939, 102.96155, 448.78857

-
要素

#1: タンパク質
425aa long hypothetical proton glutamate symport protein


分子量: 43007.984 Da / 分子数: 12 / 断片: UNP residues 8-416
変異: D37H, K40H, K125H, K132H, K223H, K264H, E368H, R397A
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌)
株: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3
遺伝子: PH1295 / プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH10b / 参照: UniProt: O59010

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.2 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG400 Choline chloride citrate/tris

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4→20 Å / Num. obs: 52068 / % possible obs: 70.26 % / 冗長度: 2 % / Net I/σ(I): 12.3

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.7.0029 / 分類: 精密化
精密化解像度: 4→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.863 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.85 / SU B: 110.309 / SU ML: 0.638 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 1.004 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26648 2754 5 %RANDOM
Rwork0.24904 ---
obs0.24993 52068 70.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 137.224 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.52 Å20 Å2-2.6 Å2
2--15.49 Å20 Å2
3----5.21 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数35277 0 0 0 35277
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01935937
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0236546
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3931.98349126
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.917383432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.48754821
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.25123.7791003
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.976155578
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.2351572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.26309
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02140031
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.027477
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 4→4.101 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 15 -
Rwork0.288 503 -
obs--9.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.91780.97630.25861.61810.48251.29080.0269-0.0604-0.19280.5274-0.0465-0.07490.00480.09750.01970.9714-0.1742-0.14210.2290.17640.579317.4526-14.415267.565
21.00260.5564-0.70191.4961-0.75621.3168-0.0084-0.0403-0.0618-0.2743-0.0412-0.36010.1999-0.02640.04960.86990.04250.02820.01540.06140.888223.3385-20.238223.3172
30.1462-0.1260.13971.9224-0.01520.34920.0380.0882-0.0750.0760.05290.31820.0154-0.193-0.09090.7436-0.12880.06520.5048-0.04770.9649-17.353-8.5005239.4168
40.9047-0.4004-0.08031.1232-0.77791.31460.0585-0.15920.08070.32310.0092-0.2681-0.16870.1371-0.06770.9249-0.3751-0.32240.29290.06480.632536.978235.975258.3551
51.74410.9679-0.62991.3638-0.15150.60050.09590.1320.23680.2972-0.01690.334-0.3764-0.1433-0.07910.95990.08850.09970.0377-0.010.7668-4.172144.379241.7967
60.3111-0.2573-0.65212.13760.59871.51920.0201-0.1104-0.0281-0.3138-0.0374-0.4187-0.17310.15690.01720.8869-0.04070.07270.140.23010.828129.654433.1871213.9811
71.13970.1852-0.70772.05690.23010.7645-0.1329-0.3554-0.03170.02750.3667-0.3849-0.15070.5997-0.23380.7198-0.18370.07750.5743-0.17730.981418.4208-75.5891206.1233
80.88120.8551-0.27871.7014-0.46011.53940.02260.07120.25670.3872-0.07340.15840.0853-0.17880.05080.8989-0.14620.09550.2014-0.29550.773-16.1681-70.1856234.611
91.1240.5550.34331.73091.08860.7311-0.07110.02440.0999-0.4596-0.0550.2425-0.3592-0.02930.12611.0370.1301-0.13180.0234-0.06040.8241-22.2289-63.8874190.324
100.696-0.4107-0.0651.56181.05051.18230.2194-0.0580.01190.4249-0.21050.38040.4155-0.1875-0.00890.9427-0.45120.33460.2454-0.18370.7513-35.6326-120.2682225.0023
111.58830.99820.09132.00910.22590.70860.03290.125-0.13530.36360.2301-0.310.43880.2022-0.2630.85480.1569-0.11690.0957-0.11990.66555.4684-128.4675208.1039
120.1474-0.13580.17132.5793-0.48851.9480.07890.0322-0.0112-0.2492-0.1020.42290.0599-0.20840.02320.83590.0235-0.11480.1402-0.25230.7288-28.5921-117.2284180.5614
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 416
2X-RAY DIFFRACTION2B8 - 416
3X-RAY DIFFRACTION3C8 - 416
4X-RAY DIFFRACTION4D8 - 416
5X-RAY DIFFRACTION5E8 - 416
6X-RAY DIFFRACTION6F8 - 416
7X-RAY DIFFRACTION7G8 - 416
8X-RAY DIFFRACTION8H8 - 416
9X-RAY DIFFRACTION9I8 - 416
10X-RAY DIFFRACTION10J8 - 416
11X-RAY DIFFRACTION11K8 - 416
12X-RAY DIFFRACTION12L8 - 416

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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