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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4oy5 | ||||||
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タイトル | 0.89 Angstrom resolution crystal structure of (Gly-Pro-Hyp)10 | ||||||
![]() | Collagen | ||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN / Collagen / GPO | ||||||
生物種 | mammalian (両生類) | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Suzuki, H. / Mahapatra, D. / Steel, P.J. / Dyer, J. / Dobson, R.C.J. / Gerrard, J.A. / Valery, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Sub-angstrom structure of the collagen model peptide (GPO)10 shows a hydrated triple helix with pitch variation and two proline ring conformations 著者: Suzuki, H. / Mahapatra, D. / Steel, P.J. / Dyer, J. / Dobson, R.C.J. / Gerrard, J.A. / Valery, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 18.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 13 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | THE BIOLOGICAL UNIT IS TRIPLEX. SINCE THE PEPTIDE STRUCTURE IS HIGHLY REPEATED AND THE CRYSTAL STRUCTURE IS AVERAGED STRUCTURE OF PEPTIDES IN A CRYSTAL. IN THIS CASE, THE STRUCTURE SOMETIMES LOOKS A CONTINUOUS PEPTIDE BY OVERLAPPING. |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2690.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) mammalian (両生類) |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.09 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 22% PEG400, 5% acetic acid |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.7293 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.89→19.19 Å / Num. obs: 10270 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 7.3 % / Net I/σ(I): 54.7 |
反射 シェル | 解像度: 0.89→0.91 Å / Mean I/σ(I) obs: 25.4 / % possible all: 93.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 0.89→19.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.992 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.99 / SU B: 0.205 / SU ML: 0.006 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.01 / ESU R Free: 0.01 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 2.97 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 0.89→19.16 Å
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拘束条件 |
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