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万見
- PDB-4oy5: 0.89 Angstrom resolution crystal structure of (Gly-Pro-Hyp)10 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oy5
タイトル0.89 Angstrom resolution crystal structure of (Gly-Pro-Hyp)10
要素Collagen
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Collagen / GPO
生物種mammalian (両生類)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 0.89 Å
データ登録者Suzuki, H. / Mahapatra, D. / Steel, P.J. / Dyer, J. / Dobson, R.C.J. / Gerrard, J.A. / Valery, C.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Sub-angstrom structure of the collagen model peptide (GPO)10 shows a hydrated triple helix with pitch variation and two proline ring conformations
著者: Suzuki, H. / Mahapatra, D. / Steel, P.J. / Dyer, J. / Dobson, R.C.J. / Gerrard, J.A. / Valery, C.
履歴
登録2014年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Collagen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,6911
ポリマ－2,6911
非ポリマー00
水93752
1
A: Collagen

A: Collagen

A: Collagen

A: Collagen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7634
ポリマ－10,7634
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_553x,y,z-21
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)13.860, 26.150, 19.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.43, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細THE BIOLOGICAL UNIT IS TRIPLEX. SINCE THE PEPTIDE STRUCTURE IS HIGHLY REPEATED AND THE CRYSTAL STRUCTURE IS AVERAGED STRUCTURE OF PEPTIDES IN A CRYSTAL. IN THIS CASE, THE STRUCTURE SOMETIMES LOOKS A CONTINUOUS PEPTIDE BY OVERLAPPING.

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Collagen


分子量: 2690.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) mammalian (両生類)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.09 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 22% PEG400, 5% acetic acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.7293 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7293 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.89→19.19 Å / Num. obs: 10270 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 7.3 % / Net I/σ(I): 54.7
反射 シェル解像度: 0.89→0.91 Å / Mean I/σ(I) obs: 25.4 / % possible all: 93.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
SHELXDE2013/1位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 0.89→19.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.992 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.99 / SU B: 0.205 / SU ML: 0.006 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.01 / ESU R Free: 0.01 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.07732 514 5 %RANDOM
Rwork0.06722 ---
obs0.06773 9756 96.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 2.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20 Å20.04 Å2
2---0.07 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 0.89→19.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数133 0 0 52 185
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0470.02146
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.02147
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg4.4062.573188
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg4.2913377
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.00657
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2790.224
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0160.0380
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0140.028
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr7.3333286
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free3.14352
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.6565348
LS精密化 シェル解像度: 0.889→0.912 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.096 36 -
Rwork0.088 686 -
obs--90.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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