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- PDB-4oy2: Crystal structure of TAF1-TAF7, a TFIID subcomplex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oy2
タイトルCrystal structure of TAF1-TAF7, a TFIID subcomplex
要素
  • Transcription initiation factor TFIID subunit 1
  • Transcription initiation factor TFIID subunit 7
キーワードTRANSCRIPTION / TAF1 / TAF7 / TFIID / RNA Pol II initiation factors
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / histone acetyltransferase binding / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / transcription factor binding / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity ...RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / histone acetyltransferase binding / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / transcription factor binding / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / histone acetyltransferase activity / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / histone acetyltransferase / TBP-class protein binding / transcription by RNA polymerase II / molecular adaptor activity / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / protein heterodimerization activity / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
TAFII55 protein, conserved region / Transcription initiation factor TFIID subunit 7 / TAFII55 protein conserved region / TAFII55 protein conserved region / Zinc knuckle / Zinc knuckle / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, histone acetyltransferase domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 1 / Protein of unknown function (DUF3591)
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription initiation factor TFIID subunit 1 / Transcription initiation factor TFIID subunit 7
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Bhattacharya, S. / Lou, X. / Rajashankar, K. / Jacobson, R.H. / Webb, P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK41482 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structural and functional insight into TAF1-TAF7, a subcomplex of transcription factor II D.
著者: Bhattacharya, S. / Lou, X. / Hwang, P. / Rajashankar, K.R. / Wang, X. / Gustafsson, J.-A. / Fletterick, R.J. / Jacobson, R.H. / Webb, P.
履歴
登録2014年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月23日Group: Structure summary
改定 1.22014年10月1日Group: Database references
改定 1.32017年9月6日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / symmetry
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _symmetry.Int_Tables_number
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription initiation factor TFIID subunit 1
C: Transcription initiation factor TFIID subunit 1
E: Transcription initiation factor TFIID subunit 1
B: Transcription initiation factor TFIID subunit 7
D: Transcription initiation factor TFIID subunit 7
F: Transcription initiation factor TFIID subunit 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)258,6358
ポリマ－258,4486
非ポリマー1882
水23413
1
A: Transcription initiation factor TFIID subunit 1
B: Transcription initiation factor TFIID subunit 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,2153
ポリマ－86,1492
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13740 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area31600 Å2
手法PISA
2
C: Transcription initiation factor TFIID subunit 1
D: Transcription initiation factor TFIID subunit 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,2713
ポリマ－86,1492
非ポリマー1221
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13210 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area31700 Å2
手法PISA
3
E: Transcription initiation factor TFIID subunit 1
F: Transcription initiation factor TFIID subunit 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,1492
ポリマ－86,1492
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13590 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area32210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.215, 123.660, 229.610
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 1 / TAFII-130 / TAFII-145 / TBP-associated factor 1 / TBP-associated factor 145 kDa


分子量: 58755.855 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 455-960 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: G9374,P46677,TAF1,TAF130,TAF145,YGR274C / プラスミド: PETduet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P46677, histone acetyltransferase
#2: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 7 / TAFII-67 / TBP-associated factor 67 kDa / TBP-associated factor 7


分子量: 27393.350 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 86-320 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: Q05021,TAF67,TAF7,YM9959.09C,YMR227C / プラスミド: PETduet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q05021
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 20% PEG3350, 150mM ammonium Citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→84 Å / Num. obs: 77983 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 70.59 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 11.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIX位相決定
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→83.676 Å / FOM work R set: 0.82 / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.41 / 位相誤差: 24.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2433 3934 5.05 %
Rwork0.2087 73978 -
obs0.2105 77912 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 201.99 Å2 / Biso mean: 80.32 Å2 / Biso min: 30.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→83.676 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16345 0 9 13 16367
Biso mean--107.04 55.97 -
残基数----2077
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00416826
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80622812
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0552510
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033002
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.426307
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9-2.93210.37611300.33242587271799
2.9321-2.96930.39321300.334226192749100
2.9693-3.00830.33481580.303125792737100
3.0083-3.04960.32191400.296726302770100
3.0496-3.09310.31561280.280426302758100
3.0931-3.13930.32571530.276825842737100
3.1393-3.18830.3311530.268626012754100
3.1883-3.24060.31141240.265226182742100
3.2406-3.29650.34831380.267626422780100
3.2965-3.35640.36821390.259526132752100
3.3564-3.4210.2681280.25426392767100
3.421-3.49080.34371500.252826002750100
3.4908-3.56670.25441460.237326122758100
3.5667-3.64970.29081610.221126122773100
3.6497-3.7410.28181300.214526362766100
3.741-3.84210.25071540.198426242778100
3.8421-3.95520.23131410.201826352776100
3.9552-4.08280.20691450.185426262771100
4.0828-4.22880.21451400.184426362776100
4.2288-4.39810.21091390.173726362775100
4.3981-4.59820.17841250.164426682793100
4.5982-4.84060.18641400.167526592799100
4.8406-5.14390.22081320.174326792811100
5.1439-5.5410.19561280.18326832811100
5.541-6.09840.21881320.196326792811100
6.0984-6.98050.22131470.197726952842100
6.9805-8.79320.18421730.179627072880100
8.7932-83.71130.2331300.20142849297999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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