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- PDB-4owy: Crystal Structure of Ahp1 from Saccharomyces cerevisiae. Investig... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4owy
タイトルCrystal Structure of Ahp1 from Saccharomyces cerevisiae. Investigating the electron transfers.
要素Peroxiredoxin type-2
キーワードOXIDOREDUCTASE / Peroxiredoxin / Ahp1 / Electron Transfer
機能・相同性
機能・相同性情報


TP53 Regulates Metabolic Genes / Detoxification of Reactive Oxygen Species / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / response to metal ion / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / peroxisome / cellular response to oxidative stress / mitochondrion ...TP53 Regulates Metabolic Genes / Detoxification of Reactive Oxygen Species / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / response to metal ion / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / peroxisome / cellular response to oxidative stress / mitochondrion / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peroxiredoxin-5-like / Redoxin / Redoxin / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TERTIARY-BUTYL ALCOHOL / Peroxiredoxin AHP1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Schultz, L. / Genu, V. / Breyer, C.A. / dos Santos, V.F. / Guimaraes, B.G. / Netto, L.E.S. / de Oliveira, M.A.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of Ahp1 from Saccharomyces cerevisiae. Investigating the electron transfers.
著者: Schultz, L. / Genu, V. / Breyer, C.A. / dos Santos, V.F. / Guimaraes, B.G. / de Oliveira, M.A. / Netto, L.E.S.
履歴
登録2014年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxiredoxin type-2
B: Peroxiredoxin type-2
C: Peroxiredoxin type-2
D: Peroxiredoxin type-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,95513
ポリマ－85,2164
非ポリマー7399
水2,360131
1
A: Peroxiredoxin type-2
B: Peroxiredoxin type-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0927
ポリマ－42,6082
非ポリマー4855
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2030 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area14270 Å2
手法PISA
2
C: Peroxiredoxin type-2
D: Peroxiredoxin type-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8626
ポリマ－42,6082
非ポリマー2544
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1950 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area14410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.127, 127.799, 66.421
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.24, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A1 - 176
2114B1 - 176
3114C1 - 176
4114D1 - 176

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.891276, -0.068936, 0.448192), (-0.065638, -0.99758, -0.02291), (0.448687, -0.008999, -0.893644)-12.37758, 2.47162, 52.2932
3given(-0.999753, 0.0199, 0.00993), (-0.019661, -0.999528, 0.023611), (0.010395, 0.02341, 0.999672)3.17891, 35.03872, -0.65915
4given(-0.882856, 0.078735, 0.462996), (0.069863, 0.996896, -0.03631), (-0.464418, 0.00029, -0.885616)-11.79018, -32.84501, 53.71629

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要素

#1: タンパク質
Peroxiredoxin type-2 / AHPC1 / Cytoplasmic thiol peroxidase 3 / cTPx 3 / Peroxiredoxin type II / Peroxisomal alkyl ...AHPC1 / Cytoplasmic thiol peroxidase 3 / cTPx 3 / Peroxiredoxin type II / Peroxisomal alkyl hydroperoxide reductase / TPx type II / Thiol-specific antioxidant II / TSA II / Thioredoxin peroxidase type II / Thioredoxin reductase type II


分子量: 21303.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: BY4741 / 遺伝子: AHP1 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: P38013, peroxiredoxin
#2: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 化合物 ChemComp-TBU / TERTIARY-BUTYL ALCOHOL / 2-METHYL-2-PROPANOL / tert-ブタノ-ル


分子量: 74.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.13 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 20% PEG 3000, 0.2M CaAc and 0.1M Bis-Tris Propane

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.421 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月14日
放射モノクロメーター: Single Crystal Monochromator Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.421 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→42.64 Å / Num. obs: 32233 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.25 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.416 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.7.0029 / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.2→42.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 13.593 / SU ML: 0.164 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.302 / ESU R Free: 0.225 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 1631 5.1 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.184 30573 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→42.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5109 0 45 131 5285
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.025270
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024919
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8581.9367201
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8243.00111288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0755680
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.40525.464194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.78415758
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.808154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.2843
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0215988
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021128
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2234 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Amedium positional0.40.5
2Bmedium positional0.360.5
3Cmedium positional0.40.5
4Dmedium positional0.340.5
1Amedium thermal4.192
2Bmedium thermal4.962
3Cmedium thermal7.552
4Dmedium thermal4.812
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.372 119 -
Rwork0.26 2233 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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