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- PDB-4ovx: Crystal structure of Xylose isomerase domain protein from Plancto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ovx
タイトルCrystal structure of Xylose isomerase domain protein from Planctomyces limnophilus DSM 3776
要素Xylose isomerase domain protein TIM barrel
キーワードISOMERASE / Tim Barrel / Uncharacterised protein / MCSG / PSI-BIOLOGY / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


isomerase activity
類似検索 - 分子機能
: / Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Xylose isomerase domain protein TIM barrel
類似検索 - 構成要素
生物種Planctomyces limnophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.253 Å
データ登録者Chang, C. / Bigelow, L. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Xylose isomerase domain protein from Planctomyces limnophilus DSM 3776
著者: Chang, C. / Bigelow, L. / Endres, M. / Joachimiak, A.
履歴
登録2014年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月4日Group: Derived calculations
改定 1.22017年11月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords / struct_site
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification / _struct_keywords.text / _struct_site.details
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xylose isomerase domain protein TIM barrel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2144
ポリマ－31,0281
非ポリマー1863
水3,675204
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.305, 88.305, 132.907
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-554-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Xylose isomerase domain protein TIM barrel


分子量: 31027.875 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 37-313 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Planctomyces limnophilus (バクテリア)
株: DSM 3776 / 遺伝子: Plim_2642 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pGrow7-K / 参照: UniProt: D5SQK4
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.9 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2 M Lithium Chloride, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月2日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 25577 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.6 % / Biso Wilson estimate: 31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Χ2: 0.92 / Net I/av σ(I): 27 / Net I/σ(I): 7 / Num. measured all: 296247
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.25-2.2911.20.99612320.808100
2.29-2.3311.50.86712680.817100
2.33-2.3811.70.7512520.821100
2.38-2.4211.70.68112370.823100
2.42-2.4811.70.60112450.887100
2.48-2.5311.70.50112730.881100
2.53-2.611.80.44612700.895100
2.6-2.6711.80.3612490.956100
2.67-2.7511.90.312500.873100
2.75-2.8311.80.2512690.932100
2.83-2.9411.90.19812640.914100
2.94-3.0511.80.15112620.971100
3.05-3.1911.80.12712700.941100
3.19-3.3611.80.09612820.93100
3.36-3.5711.70.07212800.928100
3.57-3.8511.70.06212870.921100
3.85-4.2311.60.05912981.039100
4.23-4.8511.40.05913141.176100
4.85-6.1110.05413340.925100
6.1-5010.40.04214410.95399.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
PHENIX(phenix.refine: 1.8.3_1479)精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.253→37.855 Å / FOM work R set: 0.8362 / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.63 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 1295 5.1 %
Rwork0.1982 24085 -
obs0.2005 25380 99.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 89.37 Å2 / Biso mean: 33.89 Å2 / Biso min: 16.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.253→37.855 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2108 0 12 204 2324
Biso mean--40.17 41.72 -
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012189
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1562935
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047303
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005383
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.835811
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2534-2.34360.29011590.21862518267797
2.3436-2.45020.26991290.20012632276199
2.4502-2.57940.25191320.197226252757100
2.5794-2.7410.24771490.199926552804100
2.741-2.95250.25891530.204626492802100
2.9525-3.24950.2431550.198326642819100
3.2495-3.71930.27931540.201126922846100
3.7193-4.68460.21451300.184627472877100
4.6846-37.86080.21391340.201529033037100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9332-0.56490.69283.7473-0.49351.98420.0188-0.4730.22710.15810.10320.3097-0.0834-0.4552-0.13010.2242-0.0342-0.01150.365-0.03850.277512.417118.16219.0631
22.25480.20970.59661.39250.0551.11210.1079-0.62550.33550.2628-0.13980.2366-0.0508-0.37350.00770.2909-0.03640.03780.4535-0.07310.244320.622123.208831.2377
33.25060.64410.15831.6370.20391.68360.1964-0.3863-0.16630.3233-0.1279-0.12670.0896-0.1013-0.04620.2731-0.0284-0.05670.3078-0.00550.233135.833817.501629.8655
42.78030.07582.15911.45910.88863.21950.24450.1174-0.27680.09740.0076-0.20090.42590.13-0.23690.29890.0075-0.03750.2435-0.01520.252426.4717.814714.106
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 44 through 77 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 78 through 149 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 150 through 221 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 222 through 313 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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