PDB-4ouj: Crystal structure of HA33B-Lac

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ouj

タイトル

Crystal structure of HA33B-Lac

要素

Hemagglutinin component HA33

キーワード

TOXIN / Ricin-type beta-trefoil / HA17

機能・相同性

機能・相同性情報

Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Clostridium botulinum B1 (ボツリヌス菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.46 Å

データ登録者

Lee, K. / Lam, K.-H. / Perry, K. / Rummel, A. / Jin, R.

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2014
タイトル: High-resolution crystal structure of HA33 of botulinum neurotoxin type B progenitor toxin complex.
著者: Lee, K. / Lam, K.H. / Kruel, A.M. / Perry, K. / Rummel, A. / Jin, R.

履歴

登録	2014年2月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年6月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ouj.cif.gz	344.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ouj.ent.gz	285.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ouj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ouj_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ouj_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	4ouj_validation.xml.gz	28 KB	表示
CIF形式データ	4ouj_validation.cif.gz	43.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/4ouj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/4ouj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4lo2S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6mlb-1 1ybi-2 1ybi-1 2q6o-2 6k2y-d 4zh9-1 1gud-1 6e5s-2 3cri-d 6mkv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (4) #124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (1) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Hemagglutinin component HA33

B: Hemagglutinin component HA33

ヘテロ分子

71 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hemagglutinin component HA33

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Hemagglutinin component HA33

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.5 kDa, 1 ポリマー
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3

A: Hemagglutinin component HA33

ヘテロ分子

B: Hemagglutinin component HA33

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
71 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.819, 36.959, 114.624
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.11, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Hemagglutinin component HA33

分子量: 35134.090 Da / 分子数: 2 / 変異: T6V, I288K, T290N, M291I, S292R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Clostridium botulinum B1 (ボツリヌス菌)
株: serotype B / 遺伝子: CLD_A0071, ha33 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-RIL / 参照: UniProt: B1INP8

#2: 多糖

beta-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-lactose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-lactose

記述子	タイプ	プログラム
DGalpb1-4DGlcpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 635 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.21 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M Hepes, 5% MPD, 5% (w/v) PEG 6000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月22日
放射	モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.46→37.053 Å / Num. all: 374338 / Num. obs: 119409 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 5 / R_merge(I) obs: 0.04 / R_sym value: 0.04 / Net I/σ(I): 15.9
反射シェル	解像度: 1.46→1.54 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.413 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / R_sym value: 0.413 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 4LO2

4lo2

解像度: 1.46→19.801 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.76 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1807	5954	5.01 %	random
R_work	0.1626	-	-	-
obs	0.1635	118909	98.88 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.46→19.801 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4534	0	46	635	5215

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	4688
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.209	6391
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.298	1657
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	730
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	809

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.46-1.4766	0.2909	182	0.2727	3496	X-RAY DIFFRACTION	91
1.4766-1.4939	0.273	199	0.2527	3648	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4939-1.5121	0.2783	208	0.2404	3707	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5121-1.5313	0.2261	217	0.2239	3819	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5313-1.5514	0.2469	209	0.2099	3722	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5514-1.5727	0.233	207	0.1967	3728	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5727-1.5951	0.2303	197	0.1943	3768	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5951-1.6189	0.1757	206	0.1832	3797	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6189-1.6442	0.2006	201	0.1803	3736	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6442-1.6711	0.2161	204	0.173	3819	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6711-1.6999	0.176	174	0.165	3762	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6999-1.7308	0.1903	199	0.1641	3755	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7308-1.7641	0.1906	200	0.1587	3816	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7641-1.8001	0.1876	193	0.1559	3734	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8001-1.8392	0.1882	188	0.1523	3828	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8392-1.882	0.1739	218	0.1514	3713	X-RAY DIFFRACTION	99
1.882-1.929	0.2027	189	0.1498	3802	X-RAY DIFFRACTION	100
1.929-1.9811	0.184	195	0.1557	3782	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9811-2.0393	0.1585	204	0.1484	3800	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0393-2.1051	0.1756	225	0.1422	3728	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1051-2.1802	0.1625	202	0.149	3811	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1802-2.2674	0.1641	189	0.1462	3781	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2674-2.3704	0.1799	200	0.1473	3789	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3704-2.4952	0.1727	201	0.1472	3853	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4952-2.6512	0.1829	199	0.1516	3805	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6512-2.8553	0.1684	182	0.1593	3835	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8553-3.1417	0.166	198	0.1592	3798	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1417-3.5939	0.1732	194	0.1585	3824	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5939-4.5191	0.1463	181	0.1465	3798	X-RAY DIFFRACTION	97
4.5191-19.8024	0.1928	193	0.1936	3701	X-RAY DIFFRACTION	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3622	0.4503	-0.1036	1.7784	-0.0474	1.9635	-0.0643	-0.1279	0.0461	-0.0177	0.0227	0.0402	-0.0943	-0.1512	0.0402	0.0645	-0.0109	0.0042	0.1637	-0.0269	0.0868	77.7473	13.3304	44.5239
2	2.0138	0.1741	0.4048	1.1103	0.0734	1.7438	0.0363	-0.1166	-0.0086	0.0304	-0.0064	-0.0814	0.0272	0.0933	-0.0254	0.128	-0.027	-0.0193	0.058	-0.0017	0.1014	67.4378	3.1121	14.8386
3	2.5929	-0.0163	-0.0553	1.901	0.0896	1.7623	-0.0935	0.0324	-0.1126	-0.1209	0.0049	-0.0321	0.139	0.3415	0.0241	0.0825	-0.015	0.012	0.2118	0.0383	0.0774	28.0536	13.1341	40.5538
4	2.6315	0.5141	-0.0683	1.7879	0.0642	3.6168	-0.0241	-0.3398	-0.1726	0.1727	-0.0042	-0.0322	0.31	0.0943	0.0539	0.1452	0.0459	0.0056	0.2554	0.0909	0.14	26.3798	6.4856	52.3151
5	2.8601	0.5217	-0.0748	1.6654	0.7123	2.2243	-0.0503	-0.2544	0.0376	0.0656	-0.0337	0.1688	0.068	-0.1376	0.0272	0.0658	-0.0196	0.0077	0.2072	0.0481	0.1027	14.4052	13.5005	46.8099
6	2.5767	0.0982	-0.3556	1.391	0.1218	1.9625	-0.0738	-0.1641	0.2366	0.0462	-0.0607	0.1126	-0.0281	-0.0279	0.0398	0.0737	-0.0395	-0.0041	0.1889	0.0081	0.1119	20.8297	20.4345	44.6315
7	1.8183	0.3201	-0.0653	1.2166	-0.1529	0.8903	0.1229	-0.2688	0.0489	0.0423	-0.1068	-0.1001	-0.1537	0.0837	-0.019	0.158	-0.0451	0.0179	0.0924	-0.0117	0.1101	37.3038	29.2729	17.6212
8	2.9545	1.6293	-0.2271	4.2561	-0.7091	2.2998	0.1378	-0.1955	0.2453	0.1302	-0.0258	0.2692	-0.274	-0.249	-0.0466	0.1365	0.0086	0.0168	0.0991	-0.0064	0.0942	24.7769	28.6331	17.2066
9	1.7666	0.436	-0.0845	1.9626	-0.3768	2.5688	0.0351	-0.0801	-0.0283	-0.0585	-0.031	0.14	-0.0069	-0.107	-0.021	0.1221	-0.0202	0.0013	0.0623	0.0087	0.0895	27.5781	21.2816	12.5882
10	1.9829	0.3402	-0.1988	1.4919	0.0085	1.0949	0.0307	-0.0161	-0.2124	-0.0468	-0.0204	-0.1476	0.0784	0.1038	-0.0223	0.1333	-0.0206	0.0023	0.049	0.0171	0.1149	36.4483	17.457	11.542

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 11 through 152 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 153 through 294 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 11 through 72 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 73 through 96 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 97 through 123 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 124 through 152 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 153 through 197 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 198 through 217 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 218 through 255 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 256 through 294 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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