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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ots | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of isolated Operophtera brumata CPV18 | ||||||
![]() | Polyhedrin | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / microcrystals / polyhedra / occlusion body | ||||||
機能・相同性 | Cypovirus polyhedrin, Cypovirus 1 type / Cypovirus polyhedrin protein / ATP binding / metal ion binding / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Polyhedrin![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stuart, D.I. / Sutton, G.C. / Axford, D. / Ji, X. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: In cellulo structure determination of a novel cypovirus polyhedrin. 著者: Axford, D. / Ji, X. / Stuart, D.I. / Sutton, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 147 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 125.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1019.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1020.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 28301.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: pOPIN 発現宿主: ![]() ![]() 株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: Q30C70 |
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-非ポリマー , 5種, 245分子 ![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/GTP.gif)
![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GTP.gif)
![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-CL / |
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#3: 化合物 | ChemComp-GTP / |
#4: 化合物 | ChemComp-ATP / |
#5: 化合物 | ChemComp-MG / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 23.08 % |
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結晶化 | 温度: 301 K / pH: 7.5 詳細: Crystals formed naturally within the cytoplasm and were purified from cells, pH 7.5, temperature 301K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年7月28日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9686 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→72.686 Å / Num. all: 19343 / Num. obs: 19343 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 1.34 / Observed criterion σ(I): 1.34 |
反射 シェル | 最高解像度: 1.7 Å |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.704→27.473 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -20.9564 Å / Origin y: 8.6787 Å / Origin z: -34.0137 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |