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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ot7 | ||||||
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タイトル | X-structure of a variant of NCR from zymomonas mobilis | ||||||
![]() | NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / alpha-/beta-hydrolase fold | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Genz, M. / Strater, N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Surface Loops Representing Enzyme Modifying Element in the Field of Tuning Enzyme Properties 著者: Reich, S. / Widmann, M. / Genz, M. / Nestl, B.M. / Hauer, B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 85.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 62.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 805.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 808.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4a3uS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41912.324 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-227, 241-358 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-FMN / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.58 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 0.1 M sodium citrate, 1.0 M lithium chloride, 21% PEG 6000, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→39.7 Å / Num. obs: 46089 / % possible obs: 99.9 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 22.49 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 4A3U 解像度: 1.8→39.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 2.388 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.4 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→39.7 Å
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拘束条件 |
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