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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ot0 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the S505T mutant of TAL effector dHax3 | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA binding protein/DNA / DNA binding protein / DNA / DNA binding protein-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | : / TAL effector repeat / TAL effector repeat / DNA / DNA (> 10) / Hax3 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Xanthomonas campestris pv. armoraciae (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.491 Å | ||||||
データ登録者 | Deng, D. / Wu, J.P. / Yan, C.Y. / Pan, X.J. / Yan, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Cell / 年: 2014 タイトル: Revisiting the TALE repeat 著者: Deng, D. / Yan, C.Y. / Wu, J.P. / Pan, X.J. / Yan, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ot0.cif.gz | 431.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ot0.ent.gz | 351.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ot0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4ot0_validation.pdf.gz | 466.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4ot0_full_validation.pdf.gz | 483.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4ot0_validation.xml.gz | 37.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4ot0_validation.cif.gz | 54.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/4ot0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/4ot0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4oshC 4osiC 4osjC 4oskC 4oslC 4osmC 4osqC 4osrC 4ossC 4ostC 4osvC 4oswC 4oszC 4ot3C 4otoC 3v6tS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51768.531 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 231-720 変異: N300H,I301D,N368H,I369D,H402N,D403G,H436N,D437G,H470N,D471G,S505T,S539G,N572H,S573D,H606N,D607G,N640H,I641D 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xanthomonas campestris pv. armoraciae (バクテリア) 遺伝子: hax3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3ZD72 #2: DNA鎖 | 分子量: 5070.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #3: DNA鎖 | 分子量: 5342.513 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.32 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 10%-15% PEG 3350, 12% ethanol, 0.1M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.491→40 Å / Num. all: 41355 / Num. obs: 41335 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 40.79 Å2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3V6T 解像度: 2.491→33.143 Å / FOM work R set: 0.7853 / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.23 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 24.565 Å2 / ksol: 0.312 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 146.19 Å2 / Biso mean: 39.3 Å2 / Biso min: 13.4 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.491→33.143 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -3.6649 Å / Origin y: 14.2957 Å / Origin z: 24.2701 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: ALL |