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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4osq | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the S505R mutant of TAL effector dHax3 | ||||||
![]() |
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![]() | DNA binding protein/DNA / DNA binding protein / DNA / DNA binding protein-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | : / TAL effector repeat / TAL effector repeat / DNA / DNA (> 10) / Hax3![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Deng, D. / Wu, J.P. / Yan, C.Y. / Pan, X.J. / Yan, N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Revisiting the TALE repeat 著者: Deng, D. / Yan, C.Y. / Wu, J.P. / Pan, X.J. / Yan, N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 440.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 356.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 470.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 484.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 39.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 57.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4oshC ![]() 4osiC ![]() 4osjC ![]() 4oskC ![]() 4oslC ![]() 4osmC ![]() 4osrC ![]() 4ossC ![]() 4ostC ![]() 4osvC ![]() 4oswC ![]() 4oszC ![]() 4ot0C ![]() 4ot3C ![]() 4otoC ![]() 3v6tS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51824.625 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 231-720 変異: N300H,I301D,N368H,I369D,H402N,D403G,H436N,D437G,H470N,D471G,S505R,S539G,N572H,S573D,H606N,D607G,N640H,I641D 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: hax3 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: DNA鎖 | 分子量: 5086.280 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #3: DNA鎖 | 分子量: 5342.513 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #4: 化合物 | ChemComp-MG / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.21 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 10%-15% PEG 3350, 12% ethanol, 0.1M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→40 Å / Num. all: 54207 / Num. obs: 54183 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 34.5 Å2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3V6T 解像度: 2.256→32.251 Å / FOM work R set: 0.7927 / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.91 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.146 Å2 / ksol: 0.326 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 132.7 Å2 / Biso mean: 38.03 Å2 / Biso min: 10.58 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.256→32.251 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -3.8659 Å / Origin y: 14.2542 Å / Origin z: 24.2953 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: ALL |