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- PDB-4osg: Klebsiella pneumoniae complexed with NADPH and 6-ethyl-5-[(3R)-3-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4osg
タイトルKlebsiella pneumoniae complexed with NADPH and 6-ethyl-5-[(3R)-3-[3-methoxyl-5-(pyridine-4-yl)phenyl]but-1-yn-1-yl]pyrimidine-2,4-diamine (UCP1006)
要素Dihydrofolate reductase
キーワードOxidoreductase/Oxidoreductase inhibitor / Oxidoreductase / hydride shift / Oxidoreductase-Oxidoreductase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-06U / CACODYLATE ION / ETHANOL / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / :
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae CG43 (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Lamb, K.M. / Anderson, A.C.
引用ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2014
タイトル: Crystal Structures of Klebsiella pneumoniae Dihydrofolate Reductase Bound to Propargyl-Linked Antifolates Reveal Features for Potency and Selectivity.
著者: Lamb, K.M. / Lombardo, M.N. / Alverson, J. / Priestley, N.D. / Wright, D.L. / Anderson, A.C.
履歴
登録2014年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月17日Group: Data collection
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrofolate reductase
B: Dihydrofolate reductase
C: Dihydrofolate reductase
D: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,36822
ポリマ－75,2534
非ポリマー5,11618
水23413
1
A: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9764
ポリマ－18,8131
非ポリマー1,1633
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1025
ポリマ－18,8131
非ポリマー1,2894
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1477
ポリマ－18,8131
非ポリマー1,3346
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1436
ポリマ－18,8131
非ポリマー1,3295
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.120, 74.210, 82.530
Angle α, β, γ (deg.)67.94, 77.70, 75.92
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Dihydrofolate reductase


分子量: 18813.152 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae CG43 (肺炎桿菌)
遺伝子: folA, D364_00170 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: U5M636, dihydrofolate reductase

-
非ポリマー , 8種, 31分子

#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-06U / 6-ethyl-5-{(3R)-3-[3-methoxy-5-(pyridin-4-yl)phenyl]but-1-yn-1-yl}pyrimidine-2,4-diamine / (R)-1-(2,4-ジアミノ-6-エチルピリミジン-5-イル)-3-[3-メトキシ-5-(4-ピリジニル)フェニル](以下略)


分子量: 373.451 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H23N5O
#4: 化合物 ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#5: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.02 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 100 mM cacodylate pH7.4, 125 mM sodium acetate, 25% (w/v) PEG 8000, 11 mM calcium chloride, 11 mM bentaine hydrochloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月16日
放射モノクロメーター: A KOHZU double crystal monochromator with a sagittally focused second crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→39.27 Å / Num. all: 20988 / Num. obs: 19813 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(F): 13.4 / Observed criterion σ(I): 13.4 / 冗長度: 1.67 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.331 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.468 / % possible all: 95.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASERfor MR位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→39.27 Å / σ(F): 2.7 / 位相誤差: 35.41 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2483 2106 10.66 %RANDOM
Rwork0.239 ---
all-19813 --
obs-19765 94.18 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→39.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5056 0 330 13 5399
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075528
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2457546
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1442028
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051788
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005948
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.76750.48011420.40911323X-RAY DIFFRACTION86
2.7675-2.84230.49291380.44221256X-RAY DIFFRACTION85
2.8423-2.92590.40431340.39181248X-RAY DIFFRACTION84
2.9259-3.02030.38621430.40121303X-RAY DIFFRACTION86
3.0203-3.12820.40381450.33641257X-RAY DIFFRACTION85
3.1282-3.25340.34131400.30521292X-RAY DIFFRACTION85
3.2534-3.40140.321400.30681251X-RAY DIFFRACTION85
3.4014-3.58060.27861410.25511311X-RAY DIFFRACTION86
3.5806-3.80480.27421420.26221234X-RAY DIFFRACTION85
3.8048-4.09830.22621480.23141296X-RAY DIFFRACTION85
4.0983-4.51020.21031430.1811289X-RAY DIFFRACTION85
4.5102-5.16160.16141450.17341268X-RAY DIFFRACTION85
5.1616-6.49830.24081410.19151227X-RAY DIFFRACTION84
6.4983-39.27460.1641400.1791227X-RAY DIFFRACTION81

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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