PDB-4ose: X-ray Crystal Structure of a Putative Hydrolase from Rickettsia typhi

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ose

タイトル

X-ray Crystal Structure of a Putative Hydrolase from Rickettsia typhi

要素

Putative Hydrolase

キーワード

HYDROLASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

: / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / AB hydrolase-1 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Rickettsia typhi (発疹熱リケッチア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: X-ray Crystal Structure of a Putative Hydrolase from Rickettsia typhi
著者: Fairman, J.W. / Abendroth, J. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.

履歴

登録	2014年2月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年3月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年10月11日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ose.cif.gz	236.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ose.ent.gz	189.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ose.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ose_validation.pdf.gz	428.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ose_full_validation.pdf.gz	430.7 KB	表示
XML形式データ	4ose_validation.xml.gz	21 KB	表示
CIF形式データ	4ose_validation.cif.gz	28.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/4ose ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/4ose	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3bwxS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3p70-1 3bf6-d 4h6s-d 6s5m-d 2piz-3 2y5j-d 6fvp-d 1tws-2 1d4p-d 2zfq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: RityA.17523.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Putative Hydrolase

B: Putative Hydrolase

69.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative Hydrolase

ソフトウェアが定義した集合体
34.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putative Hydrolase

ソフトウェアが定義した集合体
34.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	154.920, 49.060, 87.290
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.770, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER

Dom-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	MET	MET	chain A	A	A	1 - 290	9 - 298
2	HIS	HIS	chain B	B	B	0 - 290	8 - 298

詳細

AS PER THE AUTHORS THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS UNKNOWN

#1: タンパク質	Putative Hydrolase 分子量: 34563.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rickettsia typhi (発疹熱リケッチア) 株: ATCC VR-144 / Wilmington / 遺伝子: RT0431 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q68WT4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.56 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: MCSG1 condition E3: 30% PEG 550 MME, 0.05 M Magnesium Chloride, 0.1 M HEPES pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年3月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9787 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 25980 / Num. obs: 25945 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 43.25 Å² / R_merge(I) obs: 0.061 / Χ²: 0.982 / Net I/σ(I): 16.74

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
2.4-2.46		0.518	2.53	8916	1916	99.7
2.46-2.53		0.487	2.77	8560	1838	100
2.53-2.6		0.354	3.71	8383	1802	99.8
2.6-2.68		0.3	4.48	8262	1769	99.9
2.68-2.77		0.265	5.09	7812	1685	100
2.77-2.87		0.191	6.82	7663	1648	99.9
2.87-2.98		0.173	8.11	7402	1585	100
2.98-3.1		0.12	11.03	7113	1537	99.9
3.1-3.24		0.092	13.97	6964	1493	99.8
3.24-3.39		0.072	17.47	6354	1370	100
3.39-3.58		0.056	22.24	6225	1346	99.8
3.58-3.79		0.049	26.16	5891	1282	100
3.79-4.06		0.04	31.25	5510	1197	100
4.06-4.38		0.034	35.09	5054	1110	100
4.38-4.8		0.032	38.38	4683	1030	99.7
4.8-5.37		0.032	37.71	4207	940	100
5.37-6.2		0.032	36.69	3665	829	99.9
6.2-7.59		0.031	38.86	3117	698	99.7
7.59-10.73		0.021	48.95	2351	552	99.6
	10.73	0.021	50.41	1240	318	95.5

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	dev_1615	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
XDS		データ削減
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3BWX

3bwx

解像度: 2.4→43.494 Å / FOM work R set: 0.7871 / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.61 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2348	1314	5.07 %	RANDOM
R_work	0.2012	-	-	-
obs	0.2029	25907	99.74 %	-
all	-	25980	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 141.81 Å² / B_iso mean: 58.19 Å² / B_iso min: 23.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→43.494 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4384	0	0	71	4455

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	4494
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.656	6117
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.024	694
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	771
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.596	1586

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2548	X-RAY DIFFRACTION	5.035	TORSIONAL
1	2	B	2548	X-RAY DIFFRACTION	5.035	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.4-2.4962	0.3019	130	0.2763	2713	2843	99
2.4962-2.6098	0.3165	144	0.2699	2692	2836	100
2.6098-2.7474	0.3348	140	0.2648	2723	2863	100
2.7474-2.9195	0.2938	142	0.2543	2724	2866	100
2.9195-3.1448	0.2943	154	0.2528	2704	2858	100
3.1448-3.4612	0.2521	148	0.226	2740	2888	100
3.4612-3.9617	0.2147	133	0.1876	2742	2875	100
3.9617-4.9902	0.1968	160	0.1562	2738	2898	100
4.9902-43.494	0.1957	163	0.1682	2817	2980	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.9873	-2.2156	0.1991	1.7515	-0.0149	2.9198	-0.2289	-0.9414	1.097	-0.0354	0.3141	-0.2007	-0.1461	-0.0608	-0.0605	0.3813	0.063	-0.0162	0.4896	-0.1793	0.5262	8.9221	59.1723	28.4562
2	7.5197	-0.1895	0.805	2.5949	0.0873	0.6982	-0.0032	-0.9463	0.7301	0.0307	0.0632	-0.0225	-0.1623	-0.0967	-0.0558	0.4087	0.0752	-0.0245	0.5485	-0.1175	0.4725	11.4463	56.0711	28.6697
3	3.5941	-0.8007	-0.3234	3.5132	-0.2662	2.0357	0.1257	0.3959	-0.0945	-0.0984	0.0603	-0.0996	0.0251	-0.2032	-0.1607	0.3312	0.008	-0.0341	0.493	-0.0529	0.3956	12.4246	52.5491	20.3314
4	6.8018	-0.3543	0.74	6.3518	1.6821	0.6073	0.1416	-0.0952	-0.7793	0.3492	-0.4369	0.3447	0.3218	-0.3396	0.3183	0.3561	0.007	0.0324	0.5776	-0.1154	0.4352	10.2877	42.1187	23.192
5	6.2093	0.4709	-3.6113	6.1909	0.7952	3.9146	-0.3691	-2.2426	-0.3849	0.8752	-0.2005	-0.1618	0.5277	-0.7381	0.6471	0.8195	0.1706	0.001	1.4466	0.1242	0.6111	16.4939	42.7263	48.2879
6	4.3478	-2.6282	-2.2482	6.0077	0.7966	3.5512	-0.6838	-1.3344	0.1305	0.5544	0.5631	-0.2389	0.223	0.2553	0.0678	0.501	0.1315	-0.0607	1.096	0.009	0.4214	22.8169	46.2804	40.7047
7	8.148	-4.9301	-4.6949	8.0006	0.5089	4.2961	-0.0932	-0.1825	-0.0163	0.6498	0.0109	-0.3424	0.6963	-0.1071	0.0062	0.5345	0.1101	-0	0.9565	-0.0257	0.3748	7.9221	50.0253	46.0911
8	7.7151	0.188	-0.7081	4.3268	-0.1888	4.5392	-0.0949	0.5672	-1.4473	-0.1702	-0.2636	0.3036	0.7739	-0.2179	0.3255	0.468	-0.01	0.0193	0.369	-0.1455	0.5946	14.6358	37.3508	17.9585
9	8.5241	3.2699	-3.1168	5.2401	-0.6103	6.192	-0.0584	-0.6623	-0.2284	0.2664	-0.2464	-0.0765	-0.1258	-0.386	0.1871	0.2747	0.1165	-0.0108	0.4996	0.0146	0.4034	27.4114	45.1643	24.2206
10	8.9675	-2.8262	-1.0882	2.4006	0.9322	4.6521	0.0269	-0.5919	0.8895	0.0963	0.1428	-0.5196	-0.2843	0.5042	-0.1854	0.3897	-0.0051	-0.0139	0.3293	-0.0291	0.472	59.7679	46.1202	20.2762
11	4.7139	-0.4539	0.1595	2.4164	0.6014	1.5139	0.0389	0.4268	0.1843	-0.5625	0.1122	-0.214	-0.0783	-0.022	-0.1738	0.4486	0.0726	0.0609	0.2826	-0.0142	0.3269	51.5222	44.2048	7.6611
12	2.6491	1.3538	-0.2643	0.8575	0.0175	3.0495	0.0778	0.429	1.2903	-0.0451	0.0077	-0.1366	-0.6001	-0.0008	-0.0871	0.6873	0.0419	0.131	0.4212	0.2303	0.9306	55.7747	58.3785	6.2945
13	6.4426	-1.056	-0.8996	4.3706	0.4459	4.7791	0.0977	0.1139	-0.6496	-0.4709	-0.0959	-0.0211	0.3998	-0.3518	-0.0234	0.3663	-0.0144	-0.0345	0.2387	0.0044	0.3524	42.5393	36.6067	13.0487

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 48 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 49 through 100 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 101 through 122 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 123 through 154 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 155 through 172 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 173 through 194 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 195 through 209 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 210 through 264 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 265 through 290 )	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 0 through 112 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 113 through 180 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 181 through 209 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 210 through 290 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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