PDB-4ory: Three-dimensional structure of the C65A-K59A double mutant of Hum...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ory

タイトル

Three-dimensional structure of the C65A-K59A double mutant of Human lipocalin-type Prostaglandin D Synthase holo, second crystal form

要素

Prostaglandin-H2 D-isomerase

キーワード

ISOMERASE / LIPOCALIN-TYPE PROSTAGLANDIN-D SYNTHASE

機能・相同性

機能・相同性情報

prostaglandin-D synthase / prostaglandin-D synthase activity / Transcriptional regulation of testis differentiation / negative regulation of male germ cell proliferation / prostanoid biosynthetic process / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / retinoid binding / prostaglandin biosynthetic process / mast cell degranulation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Perduca, M. / Bovi, M. / Bertinelli, M. / Bertini, E. / Destefanis, L. / Carrizo, M.E. / Capaldi, S. / Monaco, H.L.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: High-resolution structures of mutants of residues that affect access to the ligand-binding cavity of human lipocalin-type prostaglandin D synthase.
著者: Perduca, M. / Bovi, M. / Bertinelli, M. / Bertini, E. / Destefanis, L. / Carrizo, M.E. / Capaldi, S. / Monaco, H.L.

履歴

登録	2014年2月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年8月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年8月13日	Group: Database references
改定 1.2	2014年12月17日	Group: Structure summary
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ory.cif.gz	510.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ory.ent.gz	420.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ory.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/4ory ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/4ory	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4orrSC 4orsC 4oruC 4orwC 4orxC 4os0C 4os3C 4os8C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4lzv-d 5wds-2 3o22-d 4orw-2 5x7y-3 4os0-2 2dcy-1 4orx-1 2dcy-4 6mqt-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (5) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Prostaglandin-H2 D-isomerase

B: Prostaglandin-H2 D-isomerase

C: Prostaglandin-H2 D-isomerase

D: Prostaglandin-H2 D-isomerase

E: Prostaglandin-H2 D-isomerase

F: Prostaglandin-H2 D-isomerase

G: Prostaglandin-H2 D-isomerase

H: Prostaglandin-H2 D-isomerase

ヘテロ分子

170 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Prostaglandin-H2 D-isomerase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Prostaglandin-H2 D-isomerase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Prostaglandin-H2 D-isomerase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Prostaglandin-H2 D-isomerase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Prostaglandin-H2 D-isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.2 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Prostaglandin-H2 D-isomerase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21 kDa, 1 ポリマー
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7

G: Prostaglandin-H2 D-isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.2 kDa, 1 ポリマー
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8

H: Prostaglandin-H2 D-isomerase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	67.378, 67.378, 287.673
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: タンパク質	Prostaglandin-H2 D-isomerase / Beta-trace protein / Cerebrin-28 / Glutathione-independent PGD synthase / Lipocalin-type ...Beta-trace protein / Cerebrin-28 / Glutathione-independent PGD synthase / Lipocalin-type prostaglandin-D synthase / Prostaglandin-D2 synthase / PGD2 synthase / PGDS / PGDS2 分子量: 20959.613 Da / 分子数: 8 / 変異: C65A, K59A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTGDS, PDS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41222, prostaglandin-D synthase
#2: 化合物	ChemComp-PEU / 2,5,8,11,14,17,20,23,26,29,32,35,38,41,44,47,50,53,56,59,62,65,68,71,74,77,80-HEPTACOSAOXADOOCTACONTAN-82-OL / PEG 8000 分子量: 1221.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₅H₁₁₂O₂₈ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1M Na Acetate, 0.2M Ammonium sulphate, 30% PEG 2000 MME, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月25日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 117813 / Num. obs: 117470 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 11.2
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.061 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DNA		データ収集
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 4ORR

4orr

解像度: 1.8→49.17 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.38 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2489	5882	5.01 %
R_work	0.2079	-	-
obs	0.21	117341	99.6 %
all	-	117813	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→49.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10043	0	152	142	10337

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	10436
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.014	14060
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.367	3875
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	1503
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1793

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.8205	0.3283	199	0.2837	3750	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8205-1.8419	0.3178	205	0.2583	3645	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8419-1.8643	0.2752	192	0.239	3793	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8643-1.8879	0.3109	187	0.2424	3702	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8879-1.9128	0.2804	200	0.2292	3772	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9128-1.939	0.2564	207	0.2265	3689	X-RAY DIFFRACTION	100
1.939-1.9667	0.2867	202	0.2336	3684	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9667-1.996	0.3119	207	0.2343	3730	X-RAY DIFFRACTION	100
1.996-2.0272	0.2764	204	0.2204	3738	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0272-2.0605	0.252	194	0.2194	3717	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0605-2.096	0.2529	189	0.211	3726	X-RAY DIFFRACTION	100
2.096-2.1341	0.2917	194	0.2119	3725	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1341-2.1752	0.2643	189	0.2168	3762	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1752-2.2196	0.2593	197	0.2194	3681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2196-2.2678	0.2507	197	0.2227	3752	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2678-2.3206	0.2526	167	0.2222	3795	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3206-2.3786	0.2678	200	0.2156	3668	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3786-2.4429	0.2602	199	0.222	3752	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4429-2.5148	0.2811	201	0.2309	3706	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5148-2.596	0.2745	213	0.2229	3766	X-RAY DIFFRACTION	100
2.596-2.6887	0.2824	202	0.225	3707	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6887-2.7964	0.2815	174	0.2145	3754	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7964-2.9236	0.2567	183	0.2295	3719	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9236-3.0778	0.2903	218	0.2348	3725	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0778-3.2706	0.216	181	0.2105	3742	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2706-3.523	0.2418	195	0.1996	3733	X-RAY DIFFRACTION	100
3.523-3.8774	0.2462	199	0.1831	3701	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8774-4.4382	0.2014	218	0.1674	3714	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4382-5.5904	0.1974	202	0.1753	3714	X-RAY DIFFRACTION	99
5.5904-49.1884	0.2516	167	0.2172	3397	X-RAY DIFFRACTION	90

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0501	0.3906	-0.0493	1.3676	0.4474	0.7666	0.0461	-0.2229	0.2772	0.1518	0.0377	-0.1842	0.0653	0.0358	-0.0645	0.1314	0.0035	-0.0088	0.2815	-0.0598	0.3137	-29.1204	23.8514	-2.9438
2	0.8833	0.1388	-0.2346	0.2172	0.0908	0.6767	-0.0458	0.4532	0.1559	-0.0336	-0.0705	0.1781	0.1803	-0.289	-0.0517	0.0618	-0.039	0.0283	1.3185	-0.2262	0.4226	-64.9365	25.5477	2.3681
3	1.3243	0.2663	0.0974	0.7337	0.0805	1.117	-0.1269	0.4262	0.0815	-0.2497	0.1297	0.1704	0.0288	-0.431	0.0013	0.2776	-0.0499	-0.0184	0.4572	-0.0272	0.2765	-26.4668	18.7847	-39.2426
4	0.4305	0.329	-0.1146	0.3487	0.0617	1.175	-0.0691	-0.384	0.1514	0.0974	0.1398	0.0054	0.0794	0.3631	-0.0671	0.4185	-0.1315	-0.0154	0.9649	0.0374	0.4651	-62.0544	17.7553	-33.3183
5	0.9317	0.1416	0.0578	0.4509	-0.1827	0.4691	-0.0435	-0.4477	-0.1498	0.1758	-0.1255	-0.0994	-0.068	0.2076	0.0349	0.008	-0.0142	0.0579	0.4547	0.0497	0.1966	-14.3376	-7.0282	0.9172
6	0.8202	0.0024	0.1109	0.5896	-0.0541	0.9972	-0.1012	0.0636	-0.1147	0.0029	0.0599	0.0265	-0.0647	0.0046	0.035	0.1252	-0.0086	0.0275	0.272	0.0135	0.1661	21.1009	-6.5355	6.6159
7	1.034	0.1374	-0.1417	0.756	-0.1816	1.4279	-0.031	-0.0947	-0.0919	0.0235	0.0144	0.0097	-0.1168	0.0399	0.0175	0.1102	-0.021	0.0216	0.2381	-0.0357	0.1672	-15.8498	-12.2445	-34.9292
8	0.7858	0.0044	0.1187	0.1911	0.0928	0.6517	-0.0248	0.5807	-0.2066	-0.1108	-0.0899	0.071	-0.0931	-0.076	0.0404	0.1544	0.0341	0.0165	0.6472	-0.1295	0.2878	19.4912	-11.726	-28.2516

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND ( RESID 29:187 OR RESID 201:225 ) )	A	29 - 187
2	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND ( RESID 29:187 OR RESID 201:225 ) )	A	201 - 225
3	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND RESID 29:189 )	B	29 - 189
4	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN C AND ( RESID 29:188 OR RESID 201:207 ) )	C	29 - 188
5	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN C AND ( RESID 29:188 OR RESID 201:207 ) )	C	201 - 207
6	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN D AND ( RESID 30:186 OR RESID 201:202 ) )	D	30 - 186
7	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN D AND ( RESID 30:186 OR RESID 201:202 ) )	D	201 - 202
8	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN E AND ( RESID 29:188 OR RESID 301:331 ) )	E	29 - 188
9	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN E AND ( RESID 29:188 OR RESID 301:331 ) )	E	301 - 331
10	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN H AND RESID 201:202 ) OR ( CHAIN F AND ( RESID 23:189 OR RESID 201:231 ) )	H	201 - 202
11	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN H AND RESID 201:202 ) OR ( CHAIN F AND ( RESID 23:189 OR RESID 201:231 ) )	F	23 - 189
12	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN H AND RESID 201:202 ) OR ( CHAIN F AND ( RESID 23:189 OR RESID 201:231 ) )	F	201 - 231
13	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN H AND RESID 203:203 ) OR ( CHAIN G AND ( RESID 23:188 OR RESID 301:326 ) )	H	203
14	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN H AND RESID 203:203 ) OR ( CHAIN G AND ( RESID 23:188 OR RESID 301:326 ) )	G	23 - 188
15	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN H AND RESID 203:203 ) OR ( CHAIN G AND ( RESID 23:188 OR RESID 301:326 ) )	G	301 - 326
16	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN H AND ( RESID 29:186 OR RESID 204:219 ) ) OR ( CHAIN F AND RESID 232:232 )	H	29 - 186
17	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN H AND ( RESID 29:186 OR RESID 204:219 ) ) OR ( CHAIN F AND RESID 232:232 )	H	204 - 219
18	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN H AND ( RESID 29:186 OR RESID 204:219 ) ) OR ( CHAIN F AND RESID 232:232 )	F	232

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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