PDB-4oqp: Structure of the effector-binding domain of deoxyribonucleoside r...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4oqp

タイトル

Structure of the effector-binding domain of deoxyribonucleoside regulator DeoR from Bacillus subtilis in complex with deoxyribose-5-phosphate

要素

Deoxyribonucleoside regulator

キーワード

TRANSCRIPTION / Rossmann Fold / Sugar-binding transcriptional regulator / Schiff base

機能・相同性

機能・相同性情報

carbohydrate binding / DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Rezacova, P. / Skerlova, J.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2014
タイトル: Structure of the effector-binding domain of deoxyribonucleoside regulator DeoR from Bacillus subtilis.
著者: Skerlova, J. / Fabry, M. / Hubalek, M. / Otwinowski, Z. / Rezacova, P.

履歴

登録	2014年2月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年6月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年6月18日	Group: Database references
改定 1.2	2014年10月1日	Group: Database references
改定 1.3	2019年11月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4oqp.cif.gz	128.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4oqp.ent.gz	99.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4oqp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4oqp_validation.pdf.gz	431.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4oqp_full_validation.pdf.gz	431.7 KB	表示
XML形式データ	4oqp_validation.xml.gz	14.4 KB	表示
CIF形式データ	4oqp_validation.cif.gz	21.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/4oqp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/4oqp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4oqqC 3nzeS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1l2g-2 1l2g-1 4fek-d 4c8y-d 2rhg-d 6fxd-1 4kzj-d 1k8y-d 5yu3-1 4c8z-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (1) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Deoxyribonucleoside regulator

ヘテロ分子

29.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Deoxyribonucleoside regulator

ヘテロ分子

A: Deoxyribonucleoside regulator

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.995, 78.983, 91.338
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-503- HOH
2	1	A-607- HOH
3	1	A-612- HOH
4	1	A-632- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Deoxyribonucleoside regulator 分子量: 29371.447 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌) 株: 168 / 遺伝子: deoR, yxxC, BSU39430 / プラスミド: pET151 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P39140

#1: タンパク質

Deoxyribonucleoside regulator

分子量: 29371.447 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: deoR, yxxC, BSU39430 / プラスミド: pET151 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P39140

-
非ポリマー , 6種, 271分子

#2: 化合物	ChemComp-PED / PENTANE-3,4-DIOL-5-PHOSPHATE / OPEN FORM OF 1'-2'-DIDEOXYRIBOFURANOSE-5'-PHOSPHATE 分子量: 200.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₃O₆P
#3: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

非ポリマーの詳細	THE ORGINAL SUGAR D 2-DEOXYRIBOSE-5-PHOSPHATE WAS COVALENTLY BOUND TO LYS141 BY SCHIFF BASE. THE ...THE ORGINAL SUGAR D 2-DEOXYRIBOSE-5-PHOSPHATE WAS COVALENTLY BOUND TO LYS141 BY SCHIFF BASE. THE PRODUCT 3,4-DIHYDROXY-5-(PHOSPHONOOXY)PENTANE-LYS ADDUCT WAS OBTAINED. NZ LYS A 141 - C1' PED A 401 BOND REPRESENTS A DOUBLE BOND

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.97 %
結晶化	温度: 291 K / pH: 7.5 詳細: 0.08 M HEPES, 9.6% (w/v) PEG 3350, 4 mM CoCl2, 4 mM CdCl2, 4 mM MgCl2, and 4 mM NiCl2; 16.5 mg/mL protein in 20 mM trisodium citrate pH 7.0, 150 mM NaCl, 0.02% (v/v) 2-mercaptoethanol, 50 mM ...詳細: 0.08 M HEPES, 9.6% (w/v) PEG 3350, 4 mM CoCl2, 4 mM CdCl2, 4 mM MgCl2, and 4 mM NiCl2; 16.5 mg/mL protein in 20 mM trisodium citrate pH 7.0, 150 mM NaCl, 0.02% (v/v) 2-mercaptoethanol, 50 mM deoxyribose-5-phosphate; protein:reservoir 2:1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

結晶

マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.97 %

結晶化

温度: 291 K / pH: 7.5
詳細: 0.08 M HEPES, 9.6% (w/v) PEG 3350, 4 mM CoCl2, 4 mM CdCl2, 4 mM MgCl2, and 4 mM NiCl2; 16.5 mg/mL protein in 20 mM trisodium citrate pH 7.0, 150 mM NaCl, 0.02% (v/v) 2-mercaptoethanol, 50 mM ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月17日詳細: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR WITH 2 SETS OF RH-SOATED SILLICON AND GLASS MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI(111) CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 34660 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.04
反射シェル	解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.255 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 62.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.7.0032	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3NZE

3nze

解像度: 1.6→19.77 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 2.784 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.085 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.191	1750	5.1 %	RANDOM
R_work	0.154	-	-	-
obs	0.156	32880	93.4 %	-
all	-	37289	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.6 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0 Å²	0 Å²
3-	-	-	0 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→19.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1988	0	18	264	2270

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	2163
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2117
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.488	1.967	2949
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.847	3.001	4894
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.701	5	294
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.758	24.118	102
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.846	15	403
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.438	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.13	0.2	337
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2480
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	498
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.838	1.041	1057
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.831	1.039	1056
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.435	1.553	1330
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.437	1.555	1331
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.097	1.225	1105
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.097	1.225	1106
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.782	1.782	1599
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.715	10.354	2678
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.714	10.356	2679
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.286	74	-
R_work	0.237	1548	-
obs	-	-	59.99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.3332	2.6912	1.6052	3.0322	-1.2655	4.2366	0.2016	-1.0242	0.6422	0.4598	-0.2896	0.0124	-0.5676	-0.0778	0.0879	0.1767	-0.0095	0.0193	0.1317	-0.0888	0.1167	15.424	19.342	34
2	5.818	0.5126	-1.3257	1.2432	-1.6813	3.162	-0.0139	-0.3067	-0.0737	0.242	0.1691	0.3579	-0.0924	-0.4433	-0.1551	0.115	-0.0212	0.155	0.1606	-0.0349	0.2186	6.893	7.923	29.789
3	2.4996	-1.4391	1.198	8.5177	-6.1066	5.9872	0.038	-0.0811	0.0951	-0.0225	0.1088	0.2741	-0.0202	-0.2763	-0.1468	0.0138	-0.008	0.0225	0.1488	0.0018	0.1426	5.873	9.352	22.533
4	8.2453	6.7441	-0.4611	8.3889	0.3321	6.0533	0.1825	-0.0425	0.6197	-0.1206	-0.1239	0.7225	-0.2501	-0.2619	-0.0586	0.1061	0.0578	0.019	0.0401	0.0192	0.1963	8.808	21.167	15.378
5	0.5515	-0.4256	0.2977	2.313	-0.1846	1.6284	0.102	0.1697	0.0017	-0.087	-0.0113	0.0424	-0.0624	-0.2398	-0.0907	0.072	0.0418	0.0286	0.14	0.0187	0.1331	15.302	11.557	11.432
6	2.211	1.3459	1.0905	7.333	-4.8161	8.2237	-0.0228	0.0919	0.071	0.0751	0.2217	0.3907	0.0378	-0.5607	-0.1989	0.0217	0.0213	0.0053	0.1791	0.0235	0.1521	5.033	10.457	12.853
7	0.8227	-1.1601	-0.2627	2.4463	-0.0152	1.2711	0.0644	0.1545	-0.093	-0.0499	-0.0198	0.1217	-0.1429	-0.0965	-0.0445	0.0807	0.0146	0.0059	0.0946	0.0202	0.1414	16.83	7.87	6.353
8	2.8579	-1.9254	-1.0287	6.0102	-2.1989	2.2159	0.1493	0.3641	-0.1422	-0.2941	-0.0876	0.2875	0.0005	-0.2903	-0.0617	0.0841	0.0236	-0.0404	0.1964	0.0128	0.0999	10.765	10.197	5.2
9	1.3832	-0.8222	-1.0344	1.1364	-0.2674	2.208	0.0992	0.1773	-0.092	-0.1216	-0.09	0.0276	-0.0604	-0.0862	-0.0092	0.1177	-0.011	-0.021	0.0992	-0.0139	0.1083	23.984	5.367	3.883
10	1.8983	-3.1512	2.3794	8.8816	-3.7862	7.1742	0.0125	0.0805	0.1955	-0.0965	-0.1199	-0.2435	-0.067	0.4146	0.1073	0.0395	-0.0195	-0.0082	0.1452	0.0019	0.1061	36.562	4.277	2.812
11	2.5122	-4.0158	-2.8996	6.8087	5.2859	9.2414	0.1395	0.1162	0.0917	-0.1277	-0.0448	0.0437	-0.3767	0.1331	-0.0948	0.1382	-0.0343	0.0532	0.0915	0.0367	0.1583	27.21	16.016	3.835
12	1.0866	-0.2245	-1.0532	0.7709	0.5689	1.3988	0.0772	0.0168	0.0312	0.1609	0.0302	0.1352	-0.1194	0.0262	-0.1074	0.1551	-0	0.0536	0.0532	0.0012	0.1719	19.093	10.04	18.862
13	3.3412	0.1538	1.4188	0.2938	0.4321	1.8424	-0.0521	0.0604	-0.2734	0.0152	-0.0773	0.0412	0.1521	-0.2298	0.1293	0.1126	-0.0462	0.0278	0.08	-0.0126	0.1391	23.992	-6.662	17.849
14	6.1033	-3.7654	-5.615	5.311	1.7462	11.0406	-0.1944	0.0256	-0.1436	0.0262	-0.1115	0.1629	0.1871	0.2738	0.3059	0.0792	0.0018	-0.0035	0.0458	0.0039	0.1376	31.474	-7.594	21.81
15	3.4115	-1.296	2.1645	1.7549	-0.5335	1.8004	0.0132	-0.1669	-0.0005	0.0788	0.1217	0.0323	-0.0366	-0.0127	-0.135	0.0848	0.001	0.0048	0.1105	-0.0039	0.0985	28.536	3.081	23.108
16	1.7066	-1.487	0.1624	1.635	0.1905	1.4785	-0.0406	-0.0388	0.0371	0.0359	-0.0011	0.0078	-0.051	0.2425	0.0418	0.0759	-0.0215	0.0026	0.1317	0.0054	0.1	33.851	5.306	17.382
17	4.3763	-0.3477	-1.8758	3.4976	3.3939	7.9806	0.01	-0.3246	0.0561	0.0782	0.0593	0.017	-0.3943	0.5602	-0.0692	0.1111	-0.0954	0.0255	0.108	-0.0225	0.1288	29.527	16.673	18.095
18	2.3439	3.2851	-0.9256	5.0689	-0.4465	6.0385	0.1716	-0.0253	0.1912	0.0378	-0.0183	0.474	-0.5423	-0.0155	-0.1532	0.1729	0.027	-0.0004	0.0123	0.0149	0.1884	18.919	18.42	18.927
19	5.1499	2.2535	-0.7613	3.1878	-1.2635	2.3882	-0.0637	-0.3654	0.1545	0.197	-0.0041	0.0909	-0.0478	0.0009	0.0678	0.0842	0.0152	0.0104	0.0833	-0.0265	0.0944	21.767	8.072	28.526
20	2.7222	1.23	-1.4767	0.8234	-1.1656	4.8894	-0.0187	-0.494	0.2897	0.0772	-0.0424	0.1187	-0.2192	-0.1596	0.0611	0.1016	0.0513	0.0321	0.2069	-0.0639	0.1093	14.526	11.965	32.395

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	58 - 76
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	77 - 88
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	89 - 99
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	100 - 107
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	108 - 121
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	122 - 129
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	130 - 151
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	152 - 167
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	168 - 177
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	178 - 190
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	191 - 203
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	204 - 211
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	212 - 226
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	227 - 233
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	234 - 247
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	248 - 264
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	265 - 270
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	271 - 277
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	278 - 295
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	296 - 311

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
非ポリマー , 6種, 271分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 1分子 A

-非ポリマー , 6種, 271分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
非ポリマー , 6種, 271分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)