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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4oqf | ||||||
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タイトル | Mycobacterium tuberculosis RecA glycerol bound low temperature structure IIB-SR | ||||||
![]() | Protein RecA | ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / HOMOLOGOUS RECOMBINATION / DNA REPAIR / ATPASE / 'P-LOOP CONTAINING NTPASE' FOLD / HYDROLYSIS / ATP BINDING | ||||||
機能・相同性 | ![]() DNA strand invasion / DNA strand exchange activity / UV protection / intron homing / intein-mediated protein splicing / SOS response / recombinational repair / ATP-dependent DNA damage sensor activity / ATP-dependent activity, acting on DNA / DNA endonuclease activity ...DNA strand invasion / DNA strand exchange activity / UV protection / intron homing / intein-mediated protein splicing / SOS response / recombinational repair / ATP-dependent DNA damage sensor activity / ATP-dependent activity, acting on DNA / DNA endonuclease activity / single-stranded DNA binding / manganese ion binding / endonuclease activity / damaged DNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / response to antibiotic / DNA repair / DNA damage response / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chandran, A.V. / Prabu, J.R. / Patil, N.K. / Muniyappa, K. / Vijayan, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural studies on Mycobacterium tuberculosis RecA: Molecular plasticity and interspecies variability 著者: Chandran, A.V. / Prabu, J.R. / Nautiyal, A. / Patil, K.N. / Muniyappa, K. / Vijayan, M. #1: ![]() タイトル: Functionally important movements in RecA molecules and filaments: studies involving mutation and environmental changes 著者: Prabu, J.R. / Manjunath, G.P. / Chandra, N.R. / Muniyappa, K. / Vijayan, M. #2: ![]() タイトル: Crystallographic identification of an ordered C-terminal domain and a second nucleotide-binding site in RecA: new insights into allostery 著者: Krishna, R. / Manjunath, G.P. / Kumar, P. / Surolia, A. / Chandra, N.R. / Muniyappa, K. / Vijayan, M. #3: ![]() タイトル: Crystal Structures of Mycobacterium smegmatis RecA and Its Nucleotide Complexes 著者: Datta, S. / Krishna, R. / Ganesh, N. / Chandra, N.R. / Muniyappa, K. / Vijayan, M. #4: ![]() タイトル: Structural studies on MtRecA-nucleotide complexes: Insights into DNA and nucleotide binding and the structural signature of NTP recognition 著者: Datta, S. / Ganesh, N. / Chandra, N.R. / Muniyappa, K. / Vijayan, M. #5: ![]() タイトル: Crystal structures of Mycobacterium tuberculosis RecA and its complex with ADP-AlF(4): implications for decreased ATPase activity and molecular aggregation 著者: Datta, S. / Prabu, M.M. / Vaze, M.B. / Ganesh, N. / Chandra, N.R. / Muniyappa, K. / Vijayan, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 72.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 52.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 447.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 447.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4po1C ![]() 4po8C ![]() 4po9C ![]() 4poaC ![]() 4ppfC ![]() 4ppgC ![]() 4ppnC ![]() 4ppqC ![]() 4pqfC ![]() 4pqrC ![]() 4pqyC ![]() 4pr0C ![]() 4psaC ![]() 4pskC ![]() 4psvC ![]() 4ptlC ![]() 1g19S C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35312.215 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-252, UNP residues 693-771 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: H37RV / 遺伝子: MT2806, MTV002.02c, recA, Rv2737c / プラスミド: PEJ135 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P0A5U4, UniProt: P9WHJ3*PLUS, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-GOL / | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | AUTHORS STATE THAT ONCE A CHAIN (790 AMINO ACIDS, FULL LENGTH) IS RELEASED INTO THE CELL, THE CHAIN ...AUTHORS STATE THAT ONCE A CHAIN (790 AMINO ACIDS, FULL LENGTH) IS RELEASED INTO THE CELL, THE CHAIN IS CLEAVED OFF AND THE PEPTIDE STRETCHES 1-251 AND 692-790 JOIN TOGETHER TO FORM THE MATURE PROTEIN. | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.66 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS. |
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結晶化 | 温度: 298 K / pH: 5.8 詳細: 15% PEG3350, 10% PEG5000 MME, 0.2M AMMONIUM ACETATE, 0.1M SODIUM CITRATE , pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年3月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54179 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→70.61 Å / Num. obs: 11452 / 冗長度: 11.9 % / Rmerge(I) obs: 0.172 / Net I/σ(I): 16.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.912 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1G19 解像度: 2.8→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 11.027 / SU ML: 0.222 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.825 / ESU R Free: 0.348 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.163 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
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拘束条件 |
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