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- PDB-4oqa: Structure of Human PARP-1 bound to a DNA double strand break in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oqa
タイトルStructure of Human PARP-1 bound to a DNA double strand break in complex with (2Z)-2-(2,4-dihydroxybenzylidene)-3-oxo-2,3-dihydro-1-benzofuran-7-carboxamide
要素
  • (Poly [ADP-ribose] polymerase 1) x 2
  • DNA (26-MER)
キーワードTRANSFERASE/DNA/TRANSFERASE INHIBITOR / zinc finger / DNA binding / PARP / polymerase / DNA repair / poly(ADP-ribosyl)ation / TRANSFERASE-DNA-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+-histone H2BS6 serine ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-histone H3S10 serine ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-histone H2BE35 glutamate ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of myofibroblast differentiation / regulation of base-excision repair / negative regulation of ATP biosynthetic process / NAD+-protein-tyrosine ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein-histidine ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of single strand break repair / regulation of circadian sleep/wake cycle, non-REM sleep ...NAD+-histone H2BS6 serine ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-histone H3S10 serine ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-histone H2BE35 glutamate ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of myofibroblast differentiation / regulation of base-excision repair / negative regulation of ATP biosynthetic process / NAD+-protein-tyrosine ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein-histidine ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of single strand break repair / regulation of circadian sleep/wake cycle, non-REM sleep / vRNA Synthesis / carbohydrate biosynthetic process / NAD+-protein-serine ADP-ribosyltransferase activity / regulation of catalytic activity / negative regulation of adipose tissue development / NAD DNA ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein-aspartate ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein-glutamate ADP-ribosyltransferase activity / DNA ADP-ribosylation / mitochondrial DNA metabolic process / regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / replication fork reversal / signal transduction involved in regulation of gene expression / positive regulation of necroptotic process / ATP generation from poly-ADP-D-ribose / transcription regulator activator activity / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / NAD+ ADP-ribosyltransferase / cellular response to zinc ion / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / mitochondrial DNA repair / response to aldosterone / protein poly-ADP-ribosylation / positive regulation of mitochondrial depolarization / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / nuclear replication fork / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / site of DNA damage / R-SMAD binding / positive regulation of SMAD protein signal transduction / protein autoprocessing / macrophage differentiation / decidualization / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / nucleosome binding / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / negative regulation of innate immune response / protein localization to chromatin / telomere maintenance / nucleotidyltransferase activity / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / cellular response to nerve growth factor stimulus / protein-DNA complex / response to gamma radiation / mitochondrion organization / nuclear estrogen receptor binding / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / DNA Damage Recognition in GG-NER / protein modification process / Dual Incision in GG-NER / histone deacetylase binding / cellular response to insulin stimulus / positive regulation of protein localization to nucleus / Formation of Incision Complex in GG-NER / cellular response to amyloid-beta / cellular response to UV / NAD binding / double-strand break repair / nuclear envelope / regulation of protein localization / site of double-strand break / cellular response to oxidative stress / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / transcription by RNA polymerase II / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / nuclear body / innate immune response / DNA repair / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / chromatin binding / ubiquitin protein ligase binding / chromatin / nucleolus / apoptotic process / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, PARP-type / first zn-finger domain of poly(adp-ribose) polymerase-1 / Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain / Poly(ADP-ribose) Polymerase; domain 1 / Poly [ADP-ribose] polymerase / PADR1 domain / PADR1 domain superfamily / : / PADR1 domain, zinc ribbon fold / PADR1, N-terminal helical domain ...Zinc finger, PARP-type / first zn-finger domain of poly(adp-ribose) polymerase-1 / Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain / Poly(ADP-ribose) Polymerase; domain 1 / Poly [ADP-ribose] polymerase / PADR1 domain / PADR1 domain superfamily / : / PADR1 domain, zinc ribbon fold / PADR1, N-terminal helical domain / PADR1 domain profile. / PADR1 / Zinc finger poly(ADP-ribose) polymerase (PARP)-type signature. / Zinc finger, PARP-type superfamily / Poly(ADP-ribose) polymerase and DNA-Ligase Zn-finger region / Zinc finger poly(ADP-ribose) polymerase (PARP)-type profile. / Poly(ADP-ribose) polymerase and DNA-Ligase Zn-finger region / Zinc finger, PARP-type / : / Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain / WGR domain / WGR domain superfamily / WGR domain / WGR domain profile. / Proposed nucleic acid binding domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain superfamily / Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain / PARP alpha-helical domain profile. / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #10 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2US / DNA / DNA (> 10) / Poly [ADP-ribose] polymerase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.65 Å
データ登録者Pascal, J.M. / Steffen, J.D.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: Discovery and Structure-Activity Relationship of Novel 2,3-Dihydrobenzofuran-7-carboxamide and 2,3-Dihydrobenzofuran-3(2H)-one-7-carboxamide Derivatives as Poly(ADP-ribose)polymerase-1 Inhibitors.
著者: Patel, M.R. / Bhatt, A. / Steffen, J.D. / Chergui, A. / Murai, J. / Pommier, Y. / Pascal, J.M. / Trombetta, L.D. / Fronczek, F.R. / Talele, T.T.
履歴
登録2014年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月9日Group: Database references
改定 1.22014年7月23日Group: Database references
改定 1.32017年7月26日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.42018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.52023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly [ADP-ribose] polymerase 1
C: Poly [ADP-ribose] polymerase 1
D: Poly [ADP-ribose] polymerase 1
F: Poly [ADP-ribose] polymerase 1
M: DNA (26-MER)
N: DNA (26-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,64911
ポリマ－191,0906
非ポリマー5595
水00
1
A: Poly [ADP-ribose] polymerase 1
C: Poly [ADP-ribose] polymerase 1
M: DNA (26-MER)
N: DNA (26-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,9637
ポリマ－103,5354
非ポリマー4283
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Poly [ADP-ribose] polymerase 1
F: Poly [ADP-ribose] polymerase 1
M: DNA (26-MER)
N: DNA (26-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,6666
ポリマ－103,5354
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.160, 114.230, 294.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12A
22D
13C
23F
14M
24N

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPALAALAAA6 - 916 - 91
21ASPASPALAALADC6 - 916 - 91
12SERSERPROPROAA224 - 359117 - 252
22SERSERPROPRODC224 - 359117 - 252
13ALAALATHRTHRCB531 - 101114 - 494
23ALAALATHRTHRFD531 - 101114 - 494
14DGDGDCDCME1 - 261 - 26
24DGDGDCDCNF1 - 261 - 26

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

#1: タンパク質 Poly [ADP-ribose] polymerase 1 / PARP-1 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 1 / ARTD1 / NAD(+) ADP-ribosyltransferase 1 / ...PARP-1 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 1 / ARTD1 / NAD(+) ADP-ribosyltransferase 1 / ADPRT 1 / Poly[ADP-ribose] synthase 1


分子量: 30520.051 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminus (Zn1-Zn3, SEE REMARK 999) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARP1, ADPRT, PPOL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09874
#2: タンパク質 Poly [ADP-ribose] polymerase 1 / PARP-1 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 1 / ARTD1 / NAD(+) ADP-ribosyltransferase 1 / ...PARP-1 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 1 / ARTD1 / NAD(+) ADP-ribosyltransferase 1 / ADPRT 1 / Poly[ADP-ribose] synthase 1


分子量: 57035.020 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminus (WGR-CAT, UNP residues 518-1014) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARP1, ADPRT, PPOL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09874, NAD+ ADP-ribosyltransferase
#3: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 7990.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-2US / (2Z)-2-(2,4-dihydroxybenzylidene)-3-oxo-2,3-dihydro-1-benzofuran-7-carboxamide


分子量: 297.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H11NO5
配列の詳細CHAINS A AND D EACH COMPRISE UNP RESIDUES 1-97 AND 207-366 OF PARP-1 CONNECTED BY A ASP-ILE LINKER.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25 mM HEPES, 150 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 0.1 mM TCEP, 6.8% PEG3350, 2% ethylene glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月28日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.65→50 Å / Num. all: 25245 / Num. obs: 24937
反射 シェル最高解像度: 3.65 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
REFMAC5.7.0032精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4DQY

4dqy


解像度: 3.65→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 164.771 / SU ML: 0.998 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.882 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.33424 1250 5 %RANDOM
Rwork0.29845 ---
obs0.30022 23595 98.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 257.215 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.03 Å20 Å20 Å2
2--9.67 Å20 Å2
3----8.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.65→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10666 1060 26 0 11752
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.01912134
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0211123
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.7741.88216603
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.863.00125737
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.33851350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.13124.828464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.893152014
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.3941544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.21772
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02112894
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022644
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.12616.8665420
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.12616.8665421
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.11425.2936757
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.11425.2936757
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.60516.3466714
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.60516.3476715
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.22624.4919831
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.10513556
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.10513557
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A51070
12D51070
21A75770
22D75770
31C285010.02
32F285010.02
41M19890.14
42N19890.14
LS精密化 シェル解像度: 3.65→3.742 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.482 78 -
Rwork0.464 1564 -
obs--94.53 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.2703-3.4658-4.11982.47150.792110.23240.33920.25210.4602-0.38990.04540.005-0.7285-0.4369-0.38460.3913-0.1003-0.28390.6078-0.3861.1598-18.805169.597.4726
23.8659-3.4623-0.38373.7221-0.53483.0493-0.4691-0.77620.05420.1230.54090.56481.5417-0.4076-0.07180.8533-0.33140.14511.2474-0.4110.9657-25.994451.968520.8909
30.8392-0.2511-0.56551.57822.46154.2032-0.2044-0.34970.01470.04790.2796-0.04310.70460.567-0.07521.13650.1884-0.1570.7604-0.13940.7276-4.727934.8069-25.9125
49.21232.2499-4.48131.45690.84110.61350.32991.29770.78720.30970.01110.2322-1.04910.8238-0.34110.6647-0.3873-0.13191.9552-0.00690.348451.584380.381972.3722
54.30191.75392.25584.0596-1.07122.73490.18291.7-0.2696-0.1898-0.28350.06090.54091.08150.10050.31850.15790.16572.1895-0.77230.459858.795162.160459.542
61.05670.6364-0.37692.0025-1.29372.0713-0.19870.6632-0.81860.50370.46310.0820.1836-0.5245-0.26450.95320.01190.03510.6489-0.37141.375437.103745.9173106.5225
74.06040.89954.87430.28571.43197.69840.0757-0.16450.09670.2519-0.07930.0751.17660.40080.00360.81070.0021-0.22851.4081-0.33660.814716.638863.966440.4401
87.23290.39532.68730.18110.15011.29070.4486-0.34650.65990.0195-0.57390.22870.7937-0.09750.12531.44810.006-0.39311.7487-0.51230.798815.286864.030340.726
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 91
2X-RAY DIFFRACTION2A224 - 359
3X-RAY DIFFRACTION3C531 - 1011
4X-RAY DIFFRACTION4D6 - 91
5X-RAY DIFFRACTION5D224 - 359
6X-RAY DIFFRACTION6F531 - 1011
7X-RAY DIFFRACTION7M1 - 26
8X-RAY DIFFRACTION8N1 - 26

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万見について

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お知らせ

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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