PDB-4opv: Unliganded crystal structure of P domain from norovirus strain Fa...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4opv

タイトル

Unliganded crystal structure of P domain from norovirus strain Farmington Hills 2004 co-crystallized with HBGA type Lea

要素

Major capsid protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / Norovirus / Viral Capsid Protein / Histo Blood Group Antigen (HBGA) / Protruding Domain

機能・相同性

機能・相同性情報

virion component / host cell cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Norovirus Hu/GII.4/Farmington Hills/2004/USA (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Singh, B.K. / Leuthold, M.M. / Hansman, G.S.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Unliganded crystal structure of P domain from norovirus strain Farmington Hills 2004 co-crystallized with HBGA type Lea
著者: Singh, B.K. / Leuthold, M.M. / Hansman, G.S.

履歴

登録	2014年2月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年6月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4opv.cif.gz	347.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4opv.ent.gz	287.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4opv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/op/4opv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/op/4opv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4oov 4ops
類似構造データ	5iyr-d 4oov-d 3pvd-d 2obs-1 5lkg-d 4wzt-d 4x0c-d 3skb-3 2obt-1 3skb-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Major capsid protein

B: Major capsid protein

67.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.130, 90.150, 109.480
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Major capsid protein 分子量: 33786.648 Da / 分子数: 2 断片: P domain Farmington Hills 2004 (residues 225 to 530) 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Norovirus Hu/GII.4/Farmington Hills/2004/USA (ウイルス) 遺伝子: JQ478408 / プラスミド: MBP-HTSHP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: R4I4P2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 623 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Major capsid protein

分子量: 33786.648 Da / 分子数: 2
断片: P domain Farmington Hills 2004 (residues 225 to 530)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Norovirus Hu/GII.4/Farmington Hills/2004/USA (ウイルス)
遺伝子: JQ478408 / プラスミド: MBP-HTSHP / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: R4I4P2

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 623 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.64 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: PEG 3350, Magnesium formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.93223 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月22日

放射

モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.93223 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 53177 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 15.73 Å² / R_merge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 20.94

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.85-1.9		0.42	3.52	1	86.2
1.9-1.95		0.326	4.95	1	98.9
1.95-2.01		0.264	6.35	1	99
2.01-2.07		0.205	7.88	1	99.6
2.07-2.14		0.171	9.22	1	99.5
2.14-2.21		0.15	10.37	1	99.4
2.21-2.29		0.119	12.82	1	99.6
2.29-2.39		0.108	14.18	1	99.5
2.39-2.49		0.099	15.37	1	99.6
2.49-2.62		0.083	17.87	1	99.6
2.62-2.76		0.069	20.73	1	99.5
2.76-2.93		0.054	25.28	1	99.4
2.93-3.13		0.041	31.9	1	99.5
3.13-3.38		0.031	40.67	1	99.1
3.38-3.7		0.025	46.22	1	99.4
3.7-4.14		0.023	51.77	1	99
4.14-4.78		0.021	56.87	1	98.8
4.78-5.85		0.02	53.19	1	99.3
5.85-8.27		0.019	52.52	1	99.6
	8.27	0.013	62.72	1	97.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.3	位相決定
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→46.758 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.09 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1749	2658	5 %
R_work	0.1482	-	-
obs	0.1495	53175	98.38 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→46.758 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4732	0	0	623	5355

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4900
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.078	6714
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.386	1746
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	737
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	899

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8501-1.8837	0.2763	115	0.2258	2182	X-RAY DIFFRACTION	83
1.8837-1.92	0.2168	137	0.2002	2619	X-RAY DIFFRACTION	96
1.92-1.9592	0.2037	138	0.1745	2620	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9592-2.0018	0.1844	139	0.1636	2644	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0018-2.0483	0.1874	140	0.154	2657	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0483-2.0995	0.1889	141	0.1528	2670	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0995-2.1563	0.2039	139	0.1533	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1563-2.2198	0.1824	140	0.144	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2198-2.2914	0.1579	140	0.1414	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2914-2.3733	0.1819	142	0.1416	2680	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3733-2.4683	0.1686	140	0.1414	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4683-2.5807	0.1634	142	0.1448	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5807-2.7167	0.1967	141	0.1439	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7167-2.8869	0.1677	142	0.1508	2708	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8869-3.1097	0.1839	141	0.1505	2678	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1097-3.4226	0.1812	142	0.1501	2698	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4226-3.9176	0.1587	144	0.1383	2727	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9176-4.935	0.1349	144	0.1189	2737	X-RAY DIFFRACTION	99
4.935-46.7728	0.1672	151	0.1576	2887	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5114	0.4728	0.2007	1.6344	0.2656	0.8827	-0.0357	-0.0144	0.0123	0.0203	0.0466	0.0528	0.0033	0.0192	-0.0069	0.0727	0.0067	0.0041	0.0916	0.0139	0.0689	-16.1296	-6.465	24.6063
2	0.2916	0.0847	-0.0246	1.2899	-0.2015	0.8615	-0.0105	-0.0469	0.0152	0.0346	-0.0121	-0.0387	0.062	0.0673	0.0053	0.0737	-0	0.0016	0.0935	0.0081	0.0658	-11.7838	-12.128	24.2435
3	1.1971	-0.2018	0.0073	1.643	0.4902	2.4768	0.0038	0.0726	-0.0616	-0.2309	0.064	0.1709	0.2152	-0.1142	-0.0541	0.1803	-0.0494	-0.0499	0.1125	0.0093	0.1419	-29.8553	-25.1721	9.3942
4	1.5445	-0.5281	-0.5823	0.5259	0.0713	0.7579	0.0032	-0.0001	-0.0352	-0.0192	-0.0016	0.0394	0.0438	0.0319	0.0031	0.08	-0.0105	-0.0131	0.0631	0.0033	0.0619	-19.3031	4.3875	6.4454
5	0.8319	-0.8078	-0.0292	1.6984	-0.3432	0.8182	-0.0247	0.0233	0.1028	0.0237	0.0049	-0.1756	-0.0305	0.1198	0.0025	0.0629	-0.0202	-0.0033	0.0985	0.0117	0.0813	-6.1187	7.6001	6.5405
6	1.5291	-0.4278	-0.0468	0.6605	-0.0745	0.4026	-0.0244	-0.0538	-0.0361	0.0557	0.0199	0.0998	-0.0356	-0.0464	0.005	0.0919	0.0065	0.0069	0.0773	0.0005	0.0562	-35.2284	11.0585	14.5805

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 224 through 352 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 353 through 464 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 465 through 530 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 225 through 323 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 324 through 419 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 420 through 530 )

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