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万見
- PDB-4op4: Crystal structure of the catalytic domain of DapE protein from V.... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4op4
タイトルCrystal structure of the catalytic domain of DapE protein from V.cholerea in the Zn bound form
要素Succinyl-diaminopimelate desuccinylase
キーワードHYDROLASE / aminopeptidase / M20 / CSGID / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases
機能・相同性
機能・相同性情報


succinyl-diaminopimelate desuccinylase activity / succinyl-diaminopimelate desuccinylase / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / cobalt ion binding / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Succinyl-diaminopimelate desuccinylase, proteobacteria / ArgE / dapE / ACY1 / CPG2 / yscS family signature 2. / ArgE/DapE/ACY1/CPG2/YscS, conserved site / : / Bacterial exopeptidase dimerisation domain / Peptidase M20, dimerisation domain / Peptidase dimerisation domain / Peptidase M20 / Peptidase family M20/M25/M40 / Zn peptidases ...Succinyl-diaminopimelate desuccinylase, proteobacteria / ArgE / dapE / ACY1 / CPG2 / yscS family signature 2. / ArgE/DapE/ACY1/CPG2/YscS, conserved site / : / Bacterial exopeptidase dimerisation domain / Peptidase M20, dimerisation domain / Peptidase dimerisation domain / Peptidase M20 / Peptidase family M20/M25/M40 / Zn peptidases / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-BUTANEDIOL / Succinyl-diaminopimelate desuccinylase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.651 Å
データ登録者Nocek, B. / Makowska-Grzyska, M. / Jedrzejczak, R. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: The Dimerization Domain in DapE Enzymes Is required for Catalysis.
著者: Nocek, B. / Starus, A. / Makowska-Grzyska, M. / Gutierrez, B. / Sanchez, S. / Jedrzejczak, R. / Mack, J.C. / Olsen, K.W. / Joachimiak, A. / Holz, R.C.
履歴
登録2014年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2014年4月23日ID: 3T6M
改定 1.02014年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月23日Group: Database references
改定 1.22017年7月26日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.42019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.52024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Succinyl-diaminopimelate desuccinylase
B: Succinyl-diaminopimelate desuccinylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,74220
ポリマ－57,3532
非ポリマー1,38918
水9,242513
1
A: Succinyl-diaminopimelate desuccinylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,53812
ポリマ－28,6771
非ポリマー86211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Succinyl-diaminopimelate desuccinylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2048
ポリマ－28,6771
非ポリマー5277
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.898, 49.898, 231.762
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Succinyl-diaminopimelate desuccinylase / SDAP desuccinylase / N-succinyl-LL-2 / 6-diaminoheptanedioate amidohydrolase


分子量: 28676.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)
株: N16961 / 遺伝子: dapE, VC_2152 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9KQ52, succinyl-diaminopimelate desuccinylase

-
非ポリマー , 5種, 531分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-BU1 / 1,4-BUTANEDIOL / 1,4-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 513 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.65 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 20% (V/V) 1,4-BUTANEDIOL 0.1 M ACETATE, PH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月14日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→40 Å / Num. all: 70716 / Num. obs: 70716 / % possible obs: 91.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.051
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / % possible all: 49.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
CCP4モデル構築
MOLREP位相決定
REFMAC(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.651→37.714 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 16.74 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1659 3630 5.47 %Random
Rwork0.1409 ---
all0.145 70005 --
obs0.1432 66375 42.81 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.651→37.714 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3947 0 78 513 4538
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.024202
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4335670
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0551532
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057660
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006748
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6518-1.68030.2859480.2141952X-RAY DIFFRACTION12
1.6803-1.71080.1831720.20261219X-RAY DIFFRACTION16
1.7108-1.74370.2136790.17471562X-RAY DIFFRACTION20
1.7437-1.77920.20681000.17361993X-RAY DIFFRACTION25
1.7792-1.81780.2081150.17212511X-RAY DIFFRACTION33
1.8178-1.86010.1841520.15363142X-RAY DIFFRACTION40
1.8601-1.90650.18851820.15843450X-RAY DIFFRACTION45
1.9065-1.95790.15662100.15063525X-RAY DIFFRACTION46
1.9579-2.01540.16361890.15073628X-RAY DIFFRACTION47
2.0154-2.08030.17612020.15413679X-RAY DIFFRACTION47
2.0803-2.15450.19351800.15343655X-RAY DIFFRACTION47
2.1545-2.24050.16331810.15313655X-RAY DIFFRACTION47
2.2405-2.34220.16591800.14873634X-RAY DIFFRACTION47
2.3422-2.46520.17981870.14283687X-RAY DIFFRACTION47
2.4652-2.61890.16732060.15093682X-RAY DIFFRACTION47
2.6189-2.820.16782140.14873582X-RAY DIFFRACTION47
2.82-3.10170.17212050.12943736X-RAY DIFFRACTION48
3.1017-3.54580.14992240.12243688X-RAY DIFFRACTION48
3.5458-4.44970.13592030.10783781X-RAY DIFFRACTION49
4.4497-15.45960.16122280.14784164X-RAY DIFFRACTION54
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0002-0.0002-0.00020.0004-0.00060.0010.00120.00380.002-0.009-0.00190.0013-0.00870.0006-00.086-0.00220.00940.0680.01660.04648.838413.7216-10.4972
20.003-0.00180.00750.0062-0.00390.0137-0.01550.00730.0092-0.0229-0.00020.0086-0.0148-0.0021-0.00660.0585-0.00550.00880.0586-0.00330.03839.337911.1569-3.5563
30.00290.0019-0.00050.0019-0.00340.00650.0012-0.00310.01050.0023-0.0025-0.00280.0061-0.0022-0.00410.0536-0.03860.01510.0178-0.00640.028312.17295.64559.8252
40.0013-0.0010.00230.0018-0.00320.00550.00270.0020.0032-0.0078-0.00760.00490.01560.00680.0010.0447-0.01180.01380.06170.00090.03439.2092-0.1402-3.0551
50.00060.0002-0.00030.00050.00010.0005-0.0015-0.00930.00020.0030.00360.0034-0.0072-0.00470.00040.0950.01420.00950.0985-0.01020.07148.579913.7979-34.8825
60.0071-0.00180.00050.0050.0070.0115-0.0146-0.02530.01190.0033-0.00610.0064-0.0106-0.0117-0.00590.0559-0.00580.00120.05280.00940.046210.600511.972-41.9588
70.00040.00030.00020.0005-0.00030.00030.0022-0.0006-0.00090.0004-0.0022-0.0018-0.0007-0.003500.05070.0077-0.01180.08150.0030.0712-0.40519.6546-52.8232
80.0028-0.0016-0.00430.0050.00520.0071-0.00170.00470.00570.00690.00220.0120.00310.01130.0033-0.0005-0.00710.01260.04050.02270.010818.5116.2396-51.4672
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 37 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 38 through 132 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 133 through 230 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 231 through 266 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 2 through 37 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 38 through 132 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 133 through 153 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 154 through 266 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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