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- PDB-4ooe: M. tuberculosis 1-deoxy-d-xylulose-5-phosphate reductoisomerase W... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ooe
タイトルM. tuberculosis 1-deoxy-d-xylulose-5-phosphate reductoisomerase W203Y mutant bound to fosmidomycin and NADPH
要素1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase
キーワードOXIDOREDUCTASE/ANTIBIOTIC / reductoisomerase / OXIDOREDUCTASE-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


terpenoid biosynthetic process, mevalonate-independent / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway involved in terpenoid biosynthetic process / 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase / 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase activity / cobalt ion binding / NADPH binding / manganese ion binding / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase, N-terminal / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase, C-terminal / DXP reductoisomerase C-terminal domain / DXP reductoisomerase, C-terminal domain superfamily / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase C-terminal domain / DXP reductoisomerase C-terminal domain / RNA polymerase sigma factor, region 2, helix turn helix motif / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A ...1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase, N-terminal / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase, C-terminal / DXP reductoisomerase C-terminal domain / DXP reductoisomerase, C-terminal domain superfamily / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase C-terminal domain / DXP reductoisomerase C-terminal domain / RNA polymerase sigma factor, region 2, helix turn helix motif / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-[FORMYL(HYDROXY)AMINO]PROPYLPHOSPHONIC ACID / : / Chem-NDP / : / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.826 Å
データ登録者Allen, C.L. / Kholodar, S.A. / Murkin, A.S. / Gulick, A.M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Alteration of the Flexible Loop in 1-Deoxy-d-xylulose-5-phosphate Reductoisomerase Boosts Enthalpy-Driven Inhibition by Fosmidomycin.
著者: Kholodar, S.A. / Tombline, G. / Liu, J. / Tan, Z. / Allen, C.L. / Gulick, A.M. / Murkin, A.S.
履歴
登録2014年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase
B: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase
C: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase
D: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,70916
ポリマ－169,7764
非ポリマー3,93412
水30,1031671
1
A: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase
B: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,8558
ポリマ－84,8882
非ポリマー1,9676
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7230 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area26880 Å2
手法PISA
2
C: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase
D: 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,8558
ポリマ－84,8882
非ポリマー1,9676
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7350 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area26780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.270, 114.240, 133.187
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase / DXP reductoisomerase / 1-deoxyxylulose-5-phosphate reductoisomerase / 2-C-methyl-D-erythritol 4- ...DXP reductoisomerase / 1-deoxyxylulose-5-phosphate reductoisomerase / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate synthase


分子量: 42443.879 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-389 / 変異: W203Y / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: dxr, RVBD_2870c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: I6YAH0, UniProt: P9WNS1*PLUS, 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase
#2: 化合物
ChemComp-FOM / 3-[FORMYL(HYDROXY)AMINO]PROPYLPHOSPHONIC ACID / FOSMIDOMYCIN / 3-ホスホノ1-(N-ホルミルヒドロキシアミノ)プロパン


分子量: 183.100 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10NO5P / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物
ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1671 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 6% PEG4000, 50 mM MES, 20% MPD, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.284 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月11日
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.284 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.826→86.712 Å / Num. all: 151359 / Num. obs: 145456 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 18.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 1.826→1.93 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.247 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 18847 / % possible all: 86.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4A03

4a03


解像度: 1.826→38.827 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2107 1949 1.37 %RANDOM
Rwork0.1697 ---
all0.1703 151777 --
obs0.1703 142154 93.66 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.826→38.827 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11020 0 240 1671 12931
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00711550
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.15315834
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4884088
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0711865
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052066
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.826-1.87220.3387990.25577360X-RAY DIFFRACTION69
1.8722-1.92280.27471290.22319251X-RAY DIFFRACTION88
1.9228-1.97930.25991450.203710040X-RAY DIFFRACTION95
1.9793-2.04320.23481290.191310241X-RAY DIFFRACTION96
2.0432-2.11630.2261510.180810229X-RAY DIFFRACTION96
2.1163-2.2010.21611410.174210342X-RAY DIFFRACTION98
2.201-2.30110.19521410.172510287X-RAY DIFFRACTION97
2.3011-2.42240.21131470.171110417X-RAY DIFFRACTION98
2.4224-2.57420.22221500.178410347X-RAY DIFFRACTION97
2.5742-2.77290.21891450.17710303X-RAY DIFFRACTION96
2.7729-3.05180.22461400.173310390X-RAY DIFFRACTION97
3.0518-3.49320.21151470.161710392X-RAY DIFFRACTION97
3.4932-4.40010.17771420.140710343X-RAY DIFFRACTION95
4.4001-38.83610.17611430.150210263X-RAY DIFFRACTION92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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