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- PDB-4oob: Crystal structure of HtdX(Rv0241c) from Mycobacterium tuberculosis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oob
タイトルCrystal structure of HtdX(Rv0241c) from Mycobacterium tuberculosis
要素Uncharacterized protein HtdX
キーワードOXIDOREDUCTASE / Hotdog fold
機能・相同性
機能・相同性情報


3-hydroxybutyryl-CoA dehydratase / enoyl-CoA hydratase 2 / 3-hydroxyacyl-CoA dehydratase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / fatty acid synthase complex / (3R)-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / fatty acid synthase activity / fatty acid metabolic process / fatty acid biosynthetic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Fatty acid synthase / MaoC-like dehydratase domain / MaoC like domain / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-hydroxyacyl-thioester dehydratase X
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Biswas, R. / Dutta, D. / Das, A.K.
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Proteins Proteom / 年: 2025
タイトル: Crystal structure and molecular dynamics simulation of Mycobacterium tuberculosis MaoC-like dehydratase HtdX provide insights into substrate binding and membrane interactions.
著者: Biswas, R. / Bhattacharje, G. / Singh, B.K. / Dutta, D. / Basak, A. / Das, A.K.
履歴
登録2014年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22025年6月25日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein HtdX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3402
ポリマ－28,3041
非ポリマー351
水1,35175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Uncharacterized protein HtdX
ヘテロ分子

A: Uncharacterized protein HtdX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6804
ポリマ－56,6092
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area3020 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area20290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.001, 64.001, 139.941
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-417-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein HtdX


分子量: 28304.477 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 29-280 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: Rv0241c / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: O53664
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.41 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2.5M NaCl, 0.1M Tris-HCl, 20%(W/V) PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年10月13日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: VARIMAX (OSMIC MIRROR) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.298→58.203 Å / Num. all: 13436 / Num. obs: 13436 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 28.2 % / Rsym value: 0.111 / Net I/σ(I): 36.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.3-2.4228.80.4951.55345618590.0920.4959.798
2.42-2.5728.80.3825265218290.0710.3812.598.5
2.57-2.7528.80.2642.94877816940.0490.26417.198.7
2.75-2.9728.60.1884.14585816010.0350.18823.499.2
2.97-3.2528.50.1335.74230214830.0250.13331.399.4
3.25-3.6328.40.0789.73872413620.0150.07849.999.7
3.63-4.228.10.05413.53418812180.010.0546599.8
4.2-5.1427.60.03917.82921410580.0070.0398399.9
5.14-7.2726.70.04914.4225118430.010.04967.6100
7.27-19.44223.90.0319.6116954890.0060.039494.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
StructureStudioデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→19.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / WRfactor Rfree: 0.2158 / WRfactor Rwork: 0.1752 / FOM work R set: 0.8326 / SU B: 12.605 / SU ML: 0.161 / SU R Cruickshank DPI: 0.2975 / SU Rfree: 0.2352 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.297 / ESU R Free: 0.235 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2573 664 5 %RANDOM
Rwork0.2043 ---
obs0.2069 13411 98.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 61.81 Å2 / Biso mean: 23.781 Å2 / Biso min: 5.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.26 Å20 Å20 Å2
2--0.26 Å2-0 Å2
3----0.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1854 0 1 75 1930
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0191904
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021829
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8981.952610
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89334174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7615242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.73522.20877
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.58815263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7251515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2305
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212164
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02449
LS精密化 シェル解像度: 2.298→2.358 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 61 -
Rwork0.204 874 -
all-935 -
obs--96.99 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -24.6596 Å / Origin y: -0.0388 Å / Origin z: 1.8879 Å
111213212223313233
T0.0402 Å2-0.0057 Å20.0047 Å2-0.0272 Å20.0039 Å2--0.0065 Å2
L0.5072 °2-0.2568 °20.0437 °2-0.471 °2-0.0664 °2--0.3599 °2
S0.0184 Å °0.0897 Å °0.0064 Å °0.0952 Å °-0.046 Å °0.0263 Å °-0.0283 Å °-0.0032 Å °0.0276 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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