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- PDB-4oni: Structure of Human Orphan Receptor LRH1 bound to two bacterial ph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oni
タイトルStructure of Human Orphan Receptor LRH1 bound to two bacterial phospholipids
要素(Nuclear receptor subfamily ...) x 2
キーワードNUCLEAR PROTEIN / alpha helical sandwich fold / Nuclear receptor / Co-factor binding
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of gene expression in early pancreatic precursor cells / pancreas morphogenesis / calcineurin-mediated signaling / acinar cell differentiation / tissue development / bile acid metabolic process / bile acid and bile salt transport / transcription regulator inhibitor activity / peroxisome proliferator activated receptor binding / embryo development ending in birth or egg hatching ...Regulation of gene expression in early pancreatic precursor cells / pancreas morphogenesis / calcineurin-mediated signaling / acinar cell differentiation / tissue development / bile acid metabolic process / bile acid and bile salt transport / transcription regulator inhibitor activity / peroxisome proliferator activated receptor binding / embryo development ending in birth or egg hatching / nuclear thyroid hormone receptor binding / homeostatic process / positive regulation of viral genome replication / animal organ regeneration / response to glucose / nuclear retinoid X receptor binding / Notch signaling pathway / hormone-mediated signaling pathway / cholesterol metabolic process / cellular response to leukemia inhibitory factor / transcription coregulator binding / cholesterol homeostasis / circadian regulation of gene expression / SUMOylation of intracellular receptors / positive regulation of insulin secretion / response to organic cyclic compound / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / phospholipid binding / Nuclear Receptor transcription pathway / circadian rhythm / RNA polymerase II transcription regulator complex / transcription corepressor activity / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / regulation of cell population proliferation / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / response to ethanol / Estrogen-dependent gene expression / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / negative regulation of gene expression / intracellular membrane-bounded organelle / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of gene expression / protein-containing complex binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor subfamily 0 group B member 1/2 / Nuclear hormone receptor family 5 / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors ...Nuclear receptor subfamily 0 group B member 1/2 / Nuclear hormone receptor family 5 / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EPH / Chem-P6L / Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2 / Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Gorman, M.A. / Parker, M.W. / Kusumo, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Human nuclear receptor LRH1 bound to phosopholipids and SHP peptide
著者: Gorman, M.A. / Parker, M.W. / Kusumo, S.
履歴
登録2014年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2
C: Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2
B: Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2
D: Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,21710
ポリマ－62,2904
非ポリマー1,9276
水6,341352
1
A: Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2
C: Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1316
ポリマ－31,1452
非ポリマー9864
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3340 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area12950 Å2
手法PISA
2
B: Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2
D: Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0864
ポリマ－31,1452
非ポリマー9412
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2480 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area12500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.867, 59.856, 73.940
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.860, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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Nuclear receptor subfamily ... , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Nuclear receptor subfamily 5 group A member 2 / Orphan nuclear receptor NR5A2 / Alpha-1-fetoprotein transcription factor / B1-binding factor / hB1F ...Orphan nuclear receptor NR5A2 / Alpha-1-fetoprotein transcription factor / B1-binding factor / hB1F / CYP7A promoter-binding factor / Hepatocytic transcription factor / Liver receptor homolog 1 / LRH-1


分子量: 29196.541 Da / 分子数: 2 / 断片: Ligand Binding Domain, UNP residues 291-541 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR5A2 / プラスミド: PMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) Star Rosetta / 参照: UniProt: O00482
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor subfamily 0 group B member 2 / Nuclear receptor NR0B2 / Orphan nuclear receptor SHP / Small heterodimer partner


分子量: 1948.269 Da / 分子数: 2 / 断片: NR Box1, UNP residues 12-30 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans. / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15466

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非ポリマー , 5種, 358分子

#3: 化合物 ChemComp-EPH / L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 709.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H68NO8P / コメント: リン脂質*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-P6L / (2S)-3-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-2-[(6E)-HEXADEC-6-ENOYLOXY]PROPYL (8E)-OCTADEC-8-ENOATE


分子量: 746.991 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#6: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 352 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.67 % / Mosaicity: 0.16 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 20-30% PEG 3350, Bis Tris, 5% glycerol, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.96 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月3日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→73.772 Å / Num. all: 49141 / Num. obs: 49141 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Rsym value: 0.119 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.8-1.95.10.8920.7970.92757554520.3930.8920.7972.472.4
1.9-2.0160.5780.5271.33940665250.2330.5780.5273.992.1
2.01-2.157.50.360.3352.15002766990.1310.360.3356.8100
2.15-2.327.50.2320.2163.34664862350.0850.2320.2169.9100
2.32-2.557.50.1730.1614.54312157560.0630.1730.16112.3100
2.55-2.857.50.1240.1156.33894051980.0450.1240.11515.6100
2.85-3.297.50.0910.0858.43457346180.0330.0910.08520.2100
3.29-4.027.50.0710.0669.92907439020.0260.0710.06628.499.9
4.02-5.697.30.0570.05311.72215830390.0210.0570.05331.2100
5.69-46.4817.30.0420.03912.81254517170.0150.0420.03930.899.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Blu-IceIceデータ収集
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YUC

1yuc


解像度: 1.8→43.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / WRfactor Rfree: 0.1894 / WRfactor Rwork: 0.1458 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8936 / SU B: 2.416 / SU ML: 0.075 / SU R Cruickshank DPI: 0.1211 / SU Rfree: 0.1208 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2023 2487 5.1 %RANDOM
Rwork0.1558 ---
all0.1581 49124 --
obs0.1581 49124 94.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 72.13 Å2 / Biso mean: 19.7988 Å2 / Biso min: 5.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å20.16 Å2
2---0.28 Å2-0 Å2
3---0.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→43.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4108 0 131 352 4591
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0194523
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024462
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8551.9916112
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.916310295
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3285555
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.90225.359209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.25315826
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5441518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.2682
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.025123
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021039
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 135 -
Rwork0.247 2439 -
all-2574 -
obs--67.61 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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