PDB-4omv: Crystal Structure of a Putative Macrophage Growth Locus, subunit ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4omv

タイトル

Crystal Structure of a Putative Macrophage Growth Locus, subunit A From Francisella tularensis SCHU S4

要素

Macrophage growth locus, subunit A

キーワード

PROTEIN BINDING (タンパク質) /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NIAID /

National Institute of Allergy and Infectious Diseases (アメリカ国立アレルギー・感染症研究所) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / putative macrophage growth locus / subunit A / potential drug target / virulence/pathogenesis

機能・相同性

機能・相同性情報

Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. /

Glutathione S-transferase, N-terminal /

Glutaredoxin /

Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Brunzelle, J.S. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal Structure of a Putative Macrophage Growth Locus, subunit A From Francisella tularensis SCHU S4
著者: Brunzelle, J.S. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2014年1月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年2月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4omv.cif.gz	177.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4omv.ent.gz	144.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4omv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/4omv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/4omv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3mdkS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4pur-d 4j0i-2 5d79-1 6bzi-3 6v2m-d 6ghb-1 6yjo-d 6su7-3 4lnh-2 3d2j-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP91216

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (2) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Macrophage growth locus, subunit A

B: Macrophage growth locus, subunit A

47.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.977, 104.977, 101.659
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Macrophage growth locus, subunit A 分子量: 23794.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア) 株: tularensis SCHU S4 / 遺伝子: FTT_1275, mglA / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 gold magic / 参照: UniProt: Q5NFG1
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Macrophage growth locus, subunit A

分子量: 23794.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア)
株: tularensis SCHU S4 / 遺伝子: FTT_1275, mglA / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 gold magic / 参照: UniProt: Q5NFG1

#2: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.8 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: NaFormate 4M, Tacsimate 3%, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月20日 / 詳細: Be Lens

放射

モノクロメーター: Single Diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97857 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 16516 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 82.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.075 / Χ²: 1.199 / Net I/σ(I): 12.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.75-2.8	4.9	0.748	820	1.008	1	99.6
2.8-2.85	4.9	0.554	830	0.983	1	98.5
2.85-2.9	4.9	0.44	812	1.005	1	98.4
2.9-2.96	4.8	0.376	817	1.067	1	99.4
2.96-3.03	4.9	0.322	804	1.074	1	98.7
3.03-3.1	4.9	0.241	829	1.101	1	98.7
3.1-3.17	4.9	0.22	816	1.067	1	98.9
3.17-3.26	4.8	0.175	821	1.064	1	99.5
3.26-3.36	4.8	0.136	815	1.116	1	99.1
3.36-3.46	4.9	0.118	822	1.113	1	98.9
3.46-3.59	4.8	0.095	840	1.049	1	99.2
3.59-3.73	4.8	0.082	819	1.104	1	99.2
3.73-3.9	4.8	0.071	832	1.087	1	99.2
3.9-4.11	4.8	0.064	807	1.124	1	99.3
4.11-4.36	4.8	0.062	837	1.14	1	99.5
4.36-4.7	4.8	0.063	827	1.145	1	99.4
4.7-5.17	4.8	0.061	833	1.281	1	99.5
5.17-5.92	4.7	0.07	844	1.694	1	99.5
5.92-7.46	4.7	0.072	835	1.958	1	99.5
7.46-50	4.3	0.049	856	1.901	1	97.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
BUSTER-TNT		精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
BLU-MAX		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
BUSTER	2.10.0	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 3MDK

3mdk

解像度: 2.75→36.51 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9552 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9354 / SU R Cruickshank DPI: 0.501 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2247	1665	10.1 %	RANDOM
R_work	0.1867	-	-	-
obs	0.1904	16479	99.27 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 209.77 Å² / B_iso mean: 90.57 Å² / B_iso min: 20 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.4729 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	4.4729 Å²	0 Å²
3-	-	-	-8.9457 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.456 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.75→36.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3195	0	0	64	3259

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	1578	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.11	87	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.63	436	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	3.32	3248	HARMONIC	20

LS精密化シェル

解像度: 2.75→2.94 Å / Total num. of bins used: 8

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3074	294	9.96 %
R_work	0.2454	2658	-
all	0.2517	2952	-
obs	-	-	99.27 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9341	2.4098	5.9516	2.4712	7.0562	14.3165	-0.1272	-0.3844	0.1954	0.3158	0.4111	-0.5477	-0.1694	0.0512	-0.2839	-0.4087	0.103	-0.219	0.0512	-0.2187	0.3215	18.9605	50.1563	16.7723
2	1.6678	-0.9629	0.4066	-1.6678	-4.5648	5.4702	0.1195	-0.1395	0.3034	0.2103	-0.261	-0.4216	-0.2262	0.2346	0.1415	-0.3177	-0.0877	0.0484	-0.1918	-0.3984	0.6355	17.9518	56.6374	8.0518
3	0.2576	-0.5369	0.5279	2.555	3.5546	0	-0.134	-0.106	-0.0834	0.5228	-0.1858	-0.291	-0.2197	0.2983	0.3197	-0.251	0.0478	-0.04	-0.1434	-0.3439	0.1891	11.6454	55.3968	12.1271
4	7.2375	2.0369	4.1533	-0.0301	4.0754	3.7136	-0.124	-0.7411	-0.2015	0.718	0.1396	0.2996	-0.2009	0.3245	-0.0156	-0.1568	0.0822	-0.0358	0.039	-0.2505	-0.03	8.2309	50.3494	18.452
5	9.1641	-0.6795	7.2054	-3.8393	-1.1291	2.639	0.0261	-0.2852	-0.1154	0.185	-0.0715	-0.3291	-0.2482	0.3197	0.0453	-0.3435	0.0081	-0.2738	0.6153	-0.4077	0.7996	27.3967	52.1191	20.884
6	3.5772	-0.6922	2.1593	13.591	1.3671	2.1318	0.1847	-1.0331	-0.0359	0.6616	-0.0182	-1.6919	0.6248	0.5043	-0.1665	-0.4266	0.0898	-0.0355	-0.1675	-0.2134	-0.1126	14.57	43.3867	11.4952
7	3.4774	-1.2078	-0.9048	5.4673	-1.4291	3.1336	0.1571	0.2589	0.8175	-1.141	-0.0728	-1.2133	-0.4715	0.5636	-0.0843	-0.0824	-0.108	0.3793	-0.362	-0.1631	0.06	13.99	55.1952	-3.0174
8	4.4452	-2.5665	10.7203	-4.4452	-3.0032	2.7475	-0.0526	0.7657	0.2291	-0.7722	0.0683	0.375	-0.0456	-0.232	-0.0157	0.1917	-0.1222	0.5816	-0.1278	-0.1354	0.4242	14.0851	63.6473	-9.7596
9	-0.1478	0.2783	-0.3237	1.0991	-0.3389	0.5645	0.1589	0.1652	0.3139	-0.4574	-0.0139	0.0946	-0.0054	-0.3172	-0.1449	-0.0031	-0.0476	-0.0117	-0.4308	-0.0926	-0.0589	3.4663	61.4435	-5.6319
10	-0.6438	0.6339	2.5873	1.2149	-3.3315	3.0158	0.0482	-0.2802	-0.0252	0.1683	-0.0801	0.2367	0.1585	-0.0357	0.032	0.1384	0.0524	-0.065	0.4106	0.2044	0.3761	-5.0832	57.1518	2.7865
11	4.0245	-0.6878	-2.4733	8.6029	-0.7962	3.3128	0.1382	0.2974	1.3438	-0.669	0.3725	-1.1022	-0.8238	0.2505	-0.5106	-0.253	-0.0781	0.1271	-0.4179	-0.2019	0.1275	8.7826	65.3802	1.4649
12	-1.4623	-3.2777	-3.6199	21.6639	3.1531	6.8368	0.0439	-0.4463	0.6547	0.513	0.255	-0.3222	-0.6106	-0.4971	-0.2989	-0.3637	-0.0451	0.0889	-0.3535	-0.2902	0.1264	4.8785	65.9175	10.2925
13	-1.2193	3.519	2.2513	8.6823	0.3211	2.5783	0.0703	0.1894	0.1361	-0.3785	-0.1121	0.8093	-0.0622	-0.6366	0.0418	-0.1091	-0.0236	-0.0363	0.1737	0.0857	-0.0259	1.1419	34.9888	-16.3573
14	2.161	-0.1548	-0.4134	3.1245	-1.3717	11.0967	0.4258	0.4921	-0.0742	-0.5978	-0.5641	0.2828	0.6468	0.0232	0.1383	-0.0057	0.186	0.0021	-0.1034	-0.1072	-0.1212	13.1719	30.4629	-13.1345
15	3.9403	-2.3622	3.9766	-3.6382	-3.0108	0.0693	0.2794	0.1709	-0.2107	-0.3375	-0.3708	0.268	0.4965	-0.1057	0.0914	0.0661	-0.0564	-0.0047	0.2799	-0.1193	0.017	4.5322	26.0154	-9.2233
16	4.8277	-0.5861	0.3711	4.6616	-2.6982	10.1709	0.0494	0.516	0.4631	-0.8588	-0.0729	0.2531	-0.0611	-0.6937	0.0235	-0.1225	0.0585	-0.0502	-0.0518	0.005	-0.1393	4.927	37.5885	-17.789
17	3.266	-0.7489	-2.6145	4.1812	-8.7509	4.8281	-0.271	-0.5569	0.0773	0.6207	0.5102	0.4836	-0.4205	-1.457	-0.2392	-0.1798	0.0283	0.0014	0.0696	-0.1638	-0.1264	1.7866	35.3912	-3.4018
18	2.1232	1.4179	-4.8209	1.186	-1.7461	0.0005	-0.0817	0.0749	-0.0433	-0.1166	0.2803	0.154	-0.0291	-0.9817	-0.1986	0.0669	-0.1783	0.0177	0.3245	-0.0641	-0.2098	-1.6992	27.2809	1.6831
19	4.7263	-0.8888	-1.7345	0.0016	-1.4409	1.351	0.1365	-0.2699	0.1715	-0.1848	-0.0492	-0.1642	-0.2229	-0.1601	-0.0873	-0.1929	-0.0151	0.0256	-0.0119	-0.1691	-0.0488	13.0447	33.6383	4.735
20	6.5334	-1.7105	-6.2051	10.1603	3.783	0	0.2613	0.0374	1.0721	-0.4164	0.1166	-1.2623	-0.6156	0.2555	-0.3779	-0.1956	-0.0147	0.0851	-0.1064	-0.0649	0.2401	30.2896	33.1189	-7.8551
21	1.2859	-1.1322	2.9816	0.0644	-0.7806	4.4543	-0.1245	-0.7148	-0.0817	0.7199	0.2005	0.2443	-0.1479	-0.1874	-0.076	-0.1184	0.1359	0.0143	-0.053	-0.0733	-0.2048	19.7834	23.818	7.0428
22	-4.5509	2.6275	-5.3753	4.5509	-6.1635	2.4184	-0.1018	-0.449	-0.5001	0.3081	0.0489	0.5233	0.5836	-0.1155	0.0528	0.4394	-0.0691	-0.1523	0.1526	0.0389	0.3968	5.7967	19.5658	7.0476
23	5.4545	-4.1363	-0.6861	4.2168	3.3689	3.0737	0.205	-0.4059	-0.3297	-0.0139	0.0045	0.1461	0.4554	0.1387	-0.2095	-0.1102	0.0345	-0.0027	-0.1831	0.0195	-0.1505	20.2573	19.4443	-2.5226
24	8.299	-0.5143	5.4714	9.3065	6.7438	1.306	0.2523	0.017	-0.2547	-0.3202	-0.2468	0.5595	0.4856	-0.6891	-0.0056	0.0657	-0.0279	-0.1121	-0.1358	-0.1113	0.165	8.8961	18.1152	-11.3935

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|0 - 7}	A	0 - 7
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|8 - 12}	A	8 - 12
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|13 - 17}	A	13 - 17
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|18 - 28}	A	18 - 28
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|29 - 41}	A	29 - 41
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{A\|42 - 80}	A	42 - 80
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{A\|81 - 125}	A	81 - 125
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{A\|126 - 130}	A	126 - 130
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{A\|131 - 139}	A	131 - 139
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{A\|140 - 154}	A	140 - 154
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{A\|155 - 183}	A	155 - 183
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{A\|184 - 202}	A	184 - 202
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{B\|0 - 4}	B	0 - 4
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{B\|5 - 15}	B	5 - 15
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{B\|16 - 20}	B	16 - 20
16	X-RAY DIFFRACTION	16	{B\|21 - 64}	B	21 - 64
17	X-RAY DIFFRACTION	17	{B\|65 - 76}	B	65 - 76
18	X-RAY DIFFRACTION	18	{B\|77 - 81}	B	77 - 81
19	X-RAY DIFFRACTION	19	{B\|82 - 107}	B	82 - 107
20	X-RAY DIFFRACTION	20	{B\|108 - 130}	B	108 - 130
21	X-RAY DIFFRACTION	21	{B\|131 - 140}	B	131 - 140
22	X-RAY DIFFRACTION	22	{B\|141 - 156}	B	141 - 156
23	X-RAY DIFFRACTION	23	{B\|157 - 191}	B	157 - 191
24	X-RAY DIFFRACTION	24	{B\|192 - 203}	B	192 - 203

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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