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- PDB-4omv: Crystal Structure of a Putative Macrophage Growth Locus, subunit ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4omv
タイトルCrystal Structure of a Putative Macrophage Growth Locus, subunit A From Francisella tularensis SCHU S4
要素Macrophage growth locus, subunit A
キーワードPROTEIN BINDING / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / putative macrophage growth locus / subunit A / potential drug target / virulence/pathogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


Macrophage Locus Protein A, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle ...Macrophage Locus Protein A, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Macrophage growth locus, subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Brunzelle, J.S. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal Structure of a Putative Macrophage Growth Locus, subunit A From Francisella tularensis SCHU S4
著者: Brunzelle, J.S. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2014年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Macrophage growth locus, subunit A
B: Macrophage growth locus, subunit A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5902
ポリマ－47,5902
非ポリマー00
水1,15364
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1780 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area21040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.977, 104.977, 101.659
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Macrophage growth locus, subunit A


分子量: 23794.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア)
株: tularensis SCHU S4 / 遺伝子: FTT_1275, mglA / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 gold magic / 参照: UniProt: Q5NFG1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.8 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: NaFormate 4M, Tacsimate 3%, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月20日 / 詳細: Be Lens
放射モノクロメーター: Single Diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 16516 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 82.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Χ2: 1.199 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.75-2.84.90.7488201.008199.6
2.8-2.854.90.5548300.983198.5
2.85-2.94.90.448121.005198.4
2.9-2.964.80.3768171.067199.4
2.96-3.034.90.3228041.074198.7
3.03-3.14.90.2418291.101198.7
3.1-3.174.90.228161.067198.9
3.17-3.264.80.1758211.064199.5
3.26-3.364.80.1368151.116199.1
3.36-3.464.90.1188221.113198.9
3.46-3.594.80.0958401.049199.2
3.59-3.734.80.0828191.104199.2
3.73-3.94.80.0718321.087199.2
3.9-4.114.80.0648071.124199.3
4.11-4.364.80.0628371.14199.5
4.36-4.74.80.0638271.145199.4
4.7-5.174.80.0618331.281199.5
5.17-5.924.70.078441.694199.5
5.92-7.464.70.0728351.958199.5
7.46-504.30.0498561.901197.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
BLU-MAXデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3MDK

3mdk


解像度: 2.75→36.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9552 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9354 / SU R Cruickshank DPI: 0.501 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2247 1665 10.1 %RANDOM
Rwork0.1867 ---
obs0.1904 16479 99.27 %-
原子変位パラメータBiso max: 209.77 Å2 / Biso mean: 90.57 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.4729 Å20 Å20 Å2
2--4.4729 Å20 Å2
3----8.9457 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.456 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→36.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3195 0 0 64 3259
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011578SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1187HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.63436HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.323248HARMONIC20
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.94 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3074 294 9.96 %
Rwork0.2454 2658 -
all0.2517 2952 -
obs--99.27 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.93412.40985.95162.47127.056214.3165-0.1272-0.38440.19540.31580.4111-0.5477-0.16940.0512-0.2839-0.40870.103-0.2190.0512-0.21870.321518.960550.156316.7723
21.6678-0.96290.4066-1.6678-4.56485.47020.1195-0.13950.30340.2103-0.261-0.4216-0.22620.23460.1415-0.3177-0.08770.0484-0.1918-0.39840.635517.951856.63748.0518
30.2576-0.53690.52792.5553.55460-0.134-0.106-0.08340.5228-0.1858-0.291-0.21970.29830.3197-0.2510.0478-0.04-0.1434-0.34390.189111.645455.396812.1271
47.23752.03694.1533-0.03014.07543.7136-0.124-0.7411-0.20150.7180.13960.2996-0.20090.3245-0.0156-0.15680.0822-0.03580.039-0.2505-0.038.230950.349418.452
59.1641-0.67957.2054-3.8393-1.12912.6390.0261-0.2852-0.11540.185-0.0715-0.3291-0.24820.31970.0453-0.34350.0081-0.27380.6153-0.40770.799627.396752.119120.884
63.5772-0.69222.159313.5911.36712.13180.1847-1.0331-0.03590.6616-0.0182-1.69190.62480.5043-0.1665-0.42660.0898-0.0355-0.1675-0.2134-0.112614.5743.386711.4952
73.4774-1.2078-0.90485.4673-1.42913.13360.15710.25890.8175-1.141-0.0728-1.2133-0.47150.5636-0.0843-0.0824-0.1080.3793-0.362-0.16310.0613.9955.1952-3.0174
84.4452-2.566510.7203-4.4452-3.00322.7475-0.05260.76570.2291-0.77220.06830.375-0.0456-0.232-0.01570.1917-0.12220.5816-0.1278-0.13540.424214.085163.6473-9.7596
9-0.14780.2783-0.32371.0991-0.33890.56450.15890.16520.3139-0.4574-0.01390.0946-0.0054-0.3172-0.1449-0.0031-0.0476-0.0117-0.4308-0.0926-0.05893.466361.4435-5.6319
10-0.64380.63392.58731.2149-3.33153.01580.0482-0.2802-0.02520.1683-0.08010.23670.1585-0.03570.0320.13840.0524-0.0650.41060.20440.3761-5.083257.15182.7865
114.0245-0.6878-2.47338.6029-0.79623.31280.13820.29741.3438-0.6690.3725-1.1022-0.82380.2505-0.5106-0.253-0.07810.1271-0.4179-0.20190.12758.782665.38021.4649
12-1.4623-3.2777-3.619921.66393.15316.83680.0439-0.44630.65470.5130.255-0.3222-0.6106-0.4971-0.2989-0.3637-0.04510.0889-0.3535-0.29020.12644.878565.917510.2925
13-1.21933.5192.25138.68230.32112.57830.07030.18940.1361-0.3785-0.11210.8093-0.0622-0.63660.0418-0.1091-0.0236-0.03630.17370.0857-0.02591.141934.9888-16.3573
142.161-0.1548-0.41343.1245-1.371711.09670.42580.4921-0.0742-0.5978-0.56410.28280.64680.02320.1383-0.00570.1860.0021-0.1034-0.1072-0.121213.171930.4629-13.1345
153.9403-2.36223.9766-3.6382-3.01080.06930.27940.1709-0.2107-0.3375-0.37080.2680.4965-0.10570.09140.0661-0.0564-0.00470.2799-0.11930.0174.532226.0154-9.2233
164.8277-0.58610.37114.6616-2.698210.17090.04940.5160.4631-0.8588-0.07290.2531-0.0611-0.69370.0235-0.12250.0585-0.0502-0.05180.005-0.13934.92737.5885-17.789
173.266-0.7489-2.61454.1812-8.75094.8281-0.271-0.55690.07730.62070.51020.4836-0.4205-1.457-0.2392-0.17980.02830.00140.0696-0.1638-0.12641.786635.3912-3.4018
182.12321.4179-4.82091.186-1.74610.0005-0.08170.0749-0.0433-0.11660.28030.154-0.0291-0.9817-0.19860.0669-0.17830.01770.3245-0.0641-0.2098-1.699227.28091.6831
194.7263-0.8888-1.73450.0016-1.44091.3510.1365-0.26990.1715-0.1848-0.0492-0.1642-0.2229-0.1601-0.0873-0.1929-0.01510.0256-0.0119-0.1691-0.048813.044733.63834.735
206.5334-1.7105-6.205110.16033.78300.26130.03741.0721-0.41640.1166-1.2623-0.61560.2555-0.3779-0.1956-0.01470.0851-0.1064-0.06490.240130.289633.1189-7.8551
211.2859-1.13222.98160.0644-0.78064.4543-0.1245-0.7148-0.08170.71990.20050.2443-0.1479-0.1874-0.076-0.11840.13590.0143-0.053-0.0733-0.204819.783423.8187.0428
22-4.55092.6275-5.37534.5509-6.16352.4184-0.1018-0.449-0.50010.30810.04890.52330.5836-0.11550.05280.4394-0.0691-0.15230.15260.03890.39685.796719.56587.0476
235.4545-4.1363-0.68614.21683.36893.07370.205-0.4059-0.3297-0.01390.00450.14610.45540.1387-0.2095-0.11020.0345-0.0027-0.18310.0195-0.150520.257319.4443-2.5226
248.299-0.51435.47149.30656.74381.3060.25230.017-0.2547-0.3202-0.24680.55950.4856-0.6891-0.00560.0657-0.0279-0.1121-0.1358-0.11130.1658.896118.1152-11.3935
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|0 - 7}A0 - 7
2X-RAY DIFFRACTION2{A|8 - 12}A8 - 12
3X-RAY DIFFRACTION3{A|13 - 17}A13 - 17
4X-RAY DIFFRACTION4{A|18 - 28}A18 - 28
5X-RAY DIFFRACTION5{A|29 - 41}A29 - 41
6X-RAY DIFFRACTION6{A|42 - 80}A42 - 80
7X-RAY DIFFRACTION7{A|81 - 125}A81 - 125
8X-RAY DIFFRACTION8{A|126 - 130}A126 - 130
9X-RAY DIFFRACTION9{A|131 - 139}A131 - 139
10X-RAY DIFFRACTION10{A|140 - 154}A140 - 154
11X-RAY DIFFRACTION11{A|155 - 183}A155 - 183
12X-RAY DIFFRACTION12{A|184 - 202}A184 - 202
13X-RAY DIFFRACTION13{B|0 - 4}B0 - 4
14X-RAY DIFFRACTION14{B|5 - 15}B5 - 15
15X-RAY DIFFRACTION15{B|16 - 20}B16 - 20
16X-RAY DIFFRACTION16{B|21 - 64}B21 - 64
17X-RAY DIFFRACTION17{B|65 - 76}B65 - 76
18X-RAY DIFFRACTION18{B|77 - 81}B77 - 81
19X-RAY DIFFRACTION19{B|82 - 107}B82 - 107
20X-RAY DIFFRACTION20{B|108 - 130}B108 - 130
21X-RAY DIFFRACTION21{B|131 - 140}B131 - 140
22X-RAY DIFFRACTION22{B|141 - 156}B141 - 156
23X-RAY DIFFRACTION23{B|157 - 191}B157 - 191
24X-RAY DIFFRACTION24{B|192 - 203}B192 - 203

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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