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Yorodumi- PDB-4omv: Crystal Structure of a Putative Macrophage Growth Locus, subunit ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4omv | ||||||
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Title | Crystal Structure of a Putative Macrophage Growth Locus, subunit A From Francisella tularensis SCHU S4 | ||||||
Components | Macrophage growth locus, subunit A | ||||||
Keywords | PROTEIN BINDING / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / putative macrophage growth locus / subunit A / potential drug target / virulence/pathogenesis | ||||||
Function / homology | Function and homology information Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich ...Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta Similarity search - Domain/homology | ||||||
Biological species | Francisella tularensis subsp. tularensis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.75 Å | ||||||
Authors | Brunzelle, J.S. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: TO BE PUBLISHED Title: Crystal Structure of a Putative Macrophage Growth Locus, subunit A From Francisella tularensis SCHU S4 Authors: Brunzelle, J.S. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4omv.cif.gz | 177.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4omv.ent.gz | 144.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4omv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4omv_validation.pdf.gz | 436.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4omv_full_validation.pdf.gz | 441.8 KB | Display | |
Data in XML | 4omv_validation.xml.gz | 15.9 KB | Display | |
Data in CIF | 4omv_validation.cif.gz | 21.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/4omv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/4omv | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3mdkS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 23794.789 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Francisella tularensis subsp. tularensis (bacteria) Strain: tularensis SCHU S4 / Gene: FTT_1275, mglA / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 DE3 gold magic / References: UniProt: Q5NFG1 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.4 Å3/Da / Density % sol: 63.8 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: NaFormate 4M, Tacsimate 3%, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97857 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 20, 2012 / Details: Be Lens | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Single Diamond(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97857 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.75→50 Å / Num. obs: 16516 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 82.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Χ2: 1.199 / Net I/σ(I): 12.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: pdb entry 3MDK Resolution: 2.75→36.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9552 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9354 / SU R Cruickshank DPI: 0.501 / Isotropic thermal model: Isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Stereochemistry target values: Engh & Huber
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Displacement parameters | Biso max: 209.77 Å2 / Biso mean: 90.57 Å2 / Biso min: 20 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.456 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.75→36.51 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.75→2.94 Å / Total num. of bins used: 8
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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