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- PDB-4oma: The crystal structure of methionine gamma-lyase from Citrobacter ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oma
タイトルThe crystal structure of methionine gamma-lyase from Citrobacter freundii in complex with L-cycloserine pyridoxal-5'-phosphate
要素methionine gamma-lyase
キーワードLYASE / aminotransferase class I and II / methionine
機能・相同性
機能・相同性情報


methionine gamma-lyase / methionine gamma-lyase activity / transsulfuration / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
L-methionine gamma-lyase / Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase ...L-methionine gamma-lyase / Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LCS / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / L-methionine gamma-lyase / :
類似検索 - 構成要素
生物種Citrobacter freundii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Revtovich, S.V. / Nikulin, A.D. / Morozova, E.A. / Demidkina, T.V.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Pre-steady-state Kinetic and Structural Analysis of Interaction of Methionine gamma-Lyase from Citrobacter freundii with Inhibitors.
著者: Kuznetsov, N.A. / Faleev, N.G. / Kuznetsova, A.A. / Morozova, E.A. / Revtovich, S.V. / Anufrieva, N.V. / Nikulin, A.D. / Fedorova, O.S. / Demidkina, T.V.
履歴
登録2014年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月3日Group: Database references
改定 1.22015年1月21日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: methionine gamma-lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8167
ポリマ－42,9371
非ポリマー8796
水4,792266
1
A: methionine gamma-lyase
ヘテロ分子

A: methionine gamma-lyase
ヘテロ分子

A: methionine gamma-lyase
ヘテロ分子

A: methionine gamma-lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,26428
ポリマ－171,7474
非ポリマー3,51724
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area27720 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area46780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.270, 122.890, 126.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-694-

HOH

21A-756-

HOH

31A-757-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 methionine gamma-lyase


分子量: 42936.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Citrobacter freundii (バクテリア)
遺伝子: H922_06139, megl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: R1FPL7, UniProt: Q84AR1*PLUS, methionine gamma-lyase

-
非ポリマー , 5種, 272分子

#2: 化合物 ChemComp-LCS / [5-hydroxy-6-methyl-4-({[(4E)-3-oxo-1,2-oxazolidin-4-ylidene]amino}methyl)pyridin-3-yl]methyl dihydrogen phosphate


分子量: 331.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H14N3O7P
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.74 %
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 5% PEG2000 MME, 50 mM Tris-HCl, 0.2 mM PLP, 0.25% DTT, pH 8.5, soaked in 50 mM L-cycloserine for 7 minutes, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.843 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年11月11日
放射モノクロメーター: sagitally focused Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.843 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→15 Å / Num. all: 55080 / Num. obs: 55080 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 26.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 17.28
反射 シェル解像度: 1.6→1.65 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.396 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 4606 / % possible all: 94.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
PROCESSデータ削減
PROCESSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2RFV

2rfv


解像度: 1.6→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 7.606 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.081 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.197 2893 5.1 %RANDOM
Rwork0.139 ---
all0.142 53896 --
obs0.142 53896 97.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.688 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.51 Å2-0 Å2-0 Å2
2---2.81 Å20 Å2
3----2.7 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.206 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2993 0 57 266 3316
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0193177
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023066
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9431.9854314
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0143.0047060
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.355414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.69624.308130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.97915532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4271518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1440.2495
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213592
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02683
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.7572.5961609
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.7382.5921605
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.9933.9122014
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.963.912013
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.3763.0231566
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.3743.0251567
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.3644.372290
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.55522.7073784
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.24822.2043676
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr7.2636240
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free48.856564
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded22.14956381
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 200 -
Rwork0.275 3808 -
obs-4008 94.28 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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