PDB-4om5: Crystal structure of CTX A4 from Taiwan Cobra (Naja naja atra)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4om5

タイトル

Crystal structure of CTX A4 from Taiwan Cobra (Naja naja atra)

要素

Cytotoxin 4

キーワード

TOXIN / Five beta sheets / three functional loops / endocytosis / heparin / heparan sulfate

機能・相同性

機能・相同性情報

other organism cell membrane / protein kinase inhibitor activity / toxin activity / killing of cells of another organism / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Naja atra (タイワンコブラ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Lin, C.C. / Chang, C.I. / Wu, W.G.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Endocytotic Routes of Cobra Cardiotoxins Depend on Spatial Distribution of Positively Charged and Hydrophobic Domains to Target Distinct Types of Sulfated Glycoconjugates on Cell Surface.
著者: Lee, S.C. / Lin, C.C. / Wang, C.H. / Wu, P.L. / Huang, H.W. / Chang, C.I. / Wu, W.G.

履歴

登録	2014年1月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年7月2日	Group: Database references
改定 1.2	2014年7月30日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4om5.cif.gz	106.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4om5.ent.gz	85.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4om5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/4om5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/om/4om5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4om4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5hv7-d 2r2u-d 5wwq-2 3ckd-3 5htp-d 5htv-d 1l97-d 5jy5-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (3) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Cytotoxin 4

B: Cytotoxin 4

C: Cytotoxin 4

D: Cytotoxin 4

27.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.933, 72.933, 249.422
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-123- HOH
2	1	C-119- HOH

詳細

The biological assembly is an oligomer.

#1: タンパク質	Cytotoxin 4 / Cardiotoxin analog IV / CTX IV / Cardiotoxin-A4 / CTX-4 / CTX-A4 分子量: 6804.278 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 22-81 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Naja atra (タイワンコブラ) / Secretion: venom / 参照: UniProt: P01443
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.04 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 1.3 M ammonium sulfate, 100 mM Tris-HCl, 200 mM lithium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 200 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月4日

放射

モノクロメーター: Fixed exit double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.55→50 Å / Num. all: 13697 / Num. obs: 13697 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 41.1 % / R_merge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 6.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.55-2.64	41.8	0.906	1	100
2.64-2.75	42.6	0.637	1	100
2.75-2.87	42.5	0.482	1	100
2.87-3.02	42.6	0.333	1	100
3.02-3.21	42.5	0.234	1	100
3.21-3.46	42.3	0.161	1	100
3.46-3.81	41.9	0.117	1	100
3.81-4.36	41.2	0.099	1	100
4.36-5.49	39	0.1	1	100
5.49-50	35.5	0.072	1	99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.7.0032	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.55→31.05 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.903 / SU B: 17.426 / SU ML: 0.174 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.343 / ESU R Free: 0.264 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26235	675	5 %	RANDOM
R_work	0.21492	-	-	-
obs	0.21724	12947	99.89 %	-
all	-	13638	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.246 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.15 Å²	0.15 Å²	0 Å²
2-	-	0.15 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→31.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1872	0	0	75	1947

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.02	1920
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	1952
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.907	1.997	2596
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.866	3.014	4472
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.888	5	236
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	22.157	23.125	64
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.967	15	368
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.228	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	296
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	2072
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	404
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.559	1.957	956
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.558	1.956	955
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.608	2.931	1188
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.931	2.058	963
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.552→2.618 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.513	44	-
R_work	0.298	932	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2606	0.6267	0.1166	0.9621	0.5851	2.5087	0.1605	-0.0118	-0.0535	0.1568	-0.2605	-0.0486	0.106	0.2117	0.1	0.3037	-0.0589	0.0079	0.1918	0.0029	0.1548	25.2702	2.1708	16.3539
2	0.8423	-0.1731	0.8581	2.4196	1.6287	2.436	-0.1077	0.0323	-0.0047	-0.3336	0.0649	-0.0076	-0.3864	0.2889	0.0428	0.4088	-0.1475	0.0219	0.2292	0.0336	0.0986	30.4936	22.0318	4.2796
3	0.9869	0.1083	-0.0153	0.9426	0.4685	2.152	0.2514	0.0505	-0.1413	0.09	-0.07	0.0728	0.1998	-0.1401	-0.1814	0.2635	-0.0415	-0.043	0.1538	0.0121	0.213	7.7772	-7.8923	1.985
4	1.6118	-0.3655	1.273	1.8846	1.1587	2.3344	0.1419	-0.2434	-0.0563	-0.0476	-0.2727	0.414	0.1421	-0.2491	0.1308	0.1827	-0.0893	-0.028	0.2855	-0.1558	0.3896	12.6016	25.6784	22.629

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 60
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 60
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 60
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 60

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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