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- PDB-4olq: Crystal Structure of a Putative enoyl-CoA hydratase/isomerase fam... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4olq
タイトルCrystal Structure of a Putative enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein from Hyphomonas neptunium
要素Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
キーワードLYASE / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC / enoyl-CoA hydratase / isomerase
機能・相同性
機能・相同性情報


hydro-lyase activity / fatty acid beta-oxidation / isomerase activity
類似検索 - 分子機能
Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily ...Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-MALATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Unknown ligand / Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Hyphomonas neptunium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Szlachta, K. / Cooper, D.R. / Chapman, H.C. / Cymborowski, M.T. / Stead, M. / Hillerich, B. / Ahmed, M. / Bonanno, J.B. / Seidel, R. / Almo, S.C. ...Szlachta, K. / Cooper, D.R. / Chapman, H.C. / Cymborowski, M.T. / Stead, M. / Hillerich, B. / Ahmed, M. / Bonanno, J.B. / Seidel, R. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of a Putative enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein from Hyphomonas neptunium
著者: Szlachta, K. / Cooper, D.R. / Chapman, H.C. / Cymborowski, M.T. / Stead, M. / Hillerich, B. / Ahmed, M. / Bonanno, J.B. / Seidel, R. / Almo, S.C. / Minor, W.
履歴
登録2014年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
B: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
C: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
D: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
E: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
F: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,59520
ポリマ-181,4016
非ポリマー1,19314
1,00956
1
A: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
B: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
C: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,3119
ポリマ-90,7013
非ポリマー6116
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9780 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area29600 Å2
手法PISA
2
D: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
E: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
F: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,28311
ポリマ-90,7013
非ポリマー5838
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9840 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area31100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.595, 122.390, 210.232
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16B
26C
17B
27D
18B
28E
19B
29F
110C
210D
111C
211E
112C
212F
113D
213E
114D
214F
115E
215F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A0 - 259
2010B0 - 259
1020A3 - 259
2020C3 - 259
1030A-11 - 260
2030D-11 - 260
1040A-11 - 260
2040E-11 - 260
1050A-1 - 259
2050F-1 - 259
1060B3 - 259
2060C3 - 259
1070B0 - 259
2070D0 - 259
1080B0 - 259
2080E0 - 259
1090B0 - 259
2090F0 - 259
10100C3 - 259
20100D3 - 259
10110C3 - 259
20110E3 - 259
10120C3 - 259
20120F3 - 259
10130D-11 - 260
20130E-11 - 260
10140D-1 - 259
20140F-1 - 259
10150E-1 - 259
20150F-1 - 259

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
詳細two trimers are in the asymmetric unit

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein


分子量: 30233.537 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hyphomonas neptunium (バクテリア)
: ATCC 15444 / 遺伝子: HNE_1107 / プラスミド: pSGC-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: Q0C365, enoyl-CoA hydratase

-
非ポリマー , 6種, 70分子

#2: 化合物
ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 8 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物 ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C4H6O5
#4: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.59 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.15 M Malic acid, 20% w/v PEG 3350, equilibrated against 1.5 M NaCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月16日 / 詳細: beryllium lenses
放射モノクロメーター: diamond[111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.56→50 Å / Num. obs: 52687 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.142 / Χ2: 2.111 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.56-2.64.40.9525500.769196.5
2.6-2.654.725341.096198.8
2.65-2.74.90.81525657.821198.1
2.7-2.765.10.81125790.754199.1
2.76-2.825.10.66725920.751199.3
2.82-2.885.30.62925820.772199.3
2.88-2.965.20.49526140.822199.7
2.96-3.045.30.44726020.873199.7
3.04-3.125.30.37126420.89199.8
3.12-3.235.40.2825770.959199.9
3.23-3.345.40.22526491.0411100
3.34-3.475.40.28126332.4271100
3.47-3.635.50.15726301.3151100
3.63-3.825.50.18226382.3781100
3.82-4.065.40.15926572.7591100
4.06-4.385.40.08526661.959199.8
4.38-4.825.40.07926662.297199.9
4.82-5.515.40.08526902.327199.9
5.51-6.945.30.07727422.3551100
6.94-5050.05428797.77199.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
MD2データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / WRfactor Rfree: 0.2329 / WRfactor Rwork: 0.2026 / FOM work R set: 0.688 / SU B: 40.798 / SU ML: 0.36 / SU Rfree: 0.374 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.374 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2613 2282 5.1 %RANDOM
Rwork0.23 ---
obs0.2316 45118 99.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 100.61 Å2 / Biso mean: 14.735 Å2 / Biso min: 2.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.14 Å20 Å20 Å2
2--0.15 Å20 Å2
3---4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11456 0 73 56 11585
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01911717
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.0211318
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4961.96915901
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.258325896
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.61551591
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.2723.65400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.953151741
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.31574
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.21856
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02113462
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.022518
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8131.4476382
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8131.4476381
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3782.177967
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRms dev position (Å)
11A138350.08
12B138350.08
21A137110.09
22C137110.09
31A148640.05
32D148640.05
41A145580.09
42E145580.09
51A136190.09
52F136190.09
61B138300.08
62C138300.08
71B139290.08
72D139290.08
81B142730.06
82E142730.06
91B136550.08
92F136550.08
101C138450.09
102D138450.09
111C140620.09
112E140620.09
121C142410.06
122F142410.06
131D145540.09
132E145540.09
141D137080.09
142F137080.09
151E139810.08
152F139810.08
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.428 171 -
Rwork0.348 3081 -
all-3252 -
obs--99.21 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
125.75146.7362-0.84684.02921.17110.89110.01340.7873-0.35940.4936-0.15230.09810.2323-0.24460.13880.7098-0.0271-0.03891.00520.0180.158419.078-24.581.016
21.63050.0036-0.40842.02780.66991.1780.0070.1129-0.0723-0.08780.0797-0.1244-0.01440.2275-0.08680.2871-0.00330.02791.03460.00280.0186-3.046-25.711.617
32.01211.02691.02761.94250.38511.49440.05490.0660.14960.0142-0.08110.0886-0.16620.15260.02630.2750.0270.02730.91650.01270.0214-12.818-17.03315.629
44.99421.6628-0.35277.2676-6.043813.74170.53370.2106-0.31431.03630.123-0.6148-0.0770.2467-0.65660.40780.1394-0.1250.8845-0.12830.276-3.553-10.66336.074
55.3349-7.1113-2.344924.97674.52411.61510.45390.34570.3686-1.0522-0.451-0.1394-0.2165-0.0601-0.00290.2421-0.15660.01650.75440.13770.27491.2395.83825.863
638.881829.257847.769622.050135.961158.7025-0.0734-0.38630.2939-0.113-0.40210.4141-0.0608-0.51510.47550.64010.074-0.19331.1068-0.17441.4806-52.548-40.84224.966
73.0232-0.1992-0.89443.334-0.94093.3198-0.26830.1122-0.5336-0.08250.13040.26790.2923-0.38760.13780.36-0.10780.02730.88410.0440.1531-45.138-37.40624.933
81.3840.3196-0.70050.30040.01971.4569-0.2678-0.0972-0.2974-0.00720.11080.0320.0312-0.16290.1570.4369-0.05460.03931.06410.05010.1304-40.648-30.94528.315
90.80630.69440.32170.7408-0.42753.8219-0.0644-0.02690.0070.01480.04090.0027-0.23810.0060.02360.2897-0.0098-0.00120.90850.00910.0038-35.088-18.23928.969
103.8792-1.11630.56141.1158-0.62061.2457-0.23090.048-0.4839-0.135-0.0435-0.06070.01660.11370.27440.3628-0.01330.07990.85740.06570.172-21.347-39.09316.318
114.39092.2337-0.73342.7594-0.11251.06030.2131-0.05350.1441-0.0649-0.0289-0.003-0.4593-0.0529-0.18430.39340.00270.03720.7576-0.03870.0553-26.1435.34542.966
126.44673.12874.59741.62941.80516.5370.10610.7857-0.53260.2270.2154-0.3008-0.29910.8284-0.32150.5306-0.0159-0.04151.0502-0.0430.2148-11.7241.28541.784
131.92640.3006-0.84111.2944-0.45620.9416-0.00820.35170.1333-0.03330.0347-0.0131-0.1302-0.1893-0.02650.4035-0.025-0.0471.00710.01060.0161-23.583-3.98130.329
148.04772.7535-4.17887.4733-5.542911.53010.3891-0.88560.03060.1192-0.1428-0.0207-0.0770.6319-0.24640.2345-0.0097-0.05640.7532-0.00860.0305-29.009-23.10644.156
1518.74843.12422.56771.67641.35093.6354-0.0684-0.6995-0.0910.0604-0.18350.4937-0.2181-0.3350.25180.29030.03210.05370.85040.00310.2376-50.097-15.8447.125
163.1839-0.2008-1.76680.03490.24622.01940.1522-0.53640.0915-0.0012-0.051-0.0014-0.02590.2148-0.10120.3705-0.05810.05291.291-0.11810.1667-56.229-22.508100.561
172.98790.86410.0315.1574-0.23410.05830.095-0.2485-0.0768-0.0996-0.08920.17450.0497-0.203-0.00580.2629-0.01870.02721.1587-0.02530.0241-46.455-29.294.016
182.9391-0.33460.28771.93470.16770.23560.0494-0.18830.21460.1483-0.1294-0.130.0324-0.16370.07990.3502-0.02030.01041.2138-0.08760.0492-34.29-23.2591.423
194.74231.15731.21133.9943.18148.5057-0.1305-0.08960.1554-0.02350.1840.42710.6297-0.3579-0.05360.29470.0215-0.12780.87010.020.125-42.449-13.02374.406
204.8813-0.6996-4.996110.62995.4448.36360.019-0.09720.8357-0.48290.60830.369-0.37830.0386-0.62730.19750.1292-0.16490.9563-0.0650.3632-48.70.34174.066
216.2477-8.00895.279312.6159-12.091316.55490.19840.5120.1323-0.3556-0.6549-0.29940.48190.3790.45660.43690.03750.00630.9085-0.06680.25279.615-48.96985.428
222.832-0.0647-1.31630.35480.71871.9692-0.1416-0.0431-0.438-0.03180.0213-0.03740.0053-0.05240.12040.37130.05010.02921.0653-0.06620.0797-2.193-36.02977.152
230.4844-0.3257-0.65111.5854-0.69221.8637-0.0289-0.018-0.04680.0011-0.00760.05730.02680.26130.03650.30550.0186-0.01681.116-0.05240.0105-10.099-23.90478.003
243.66351.31481.98291.90631.69542.29530.1152-0.0163-0.1838-0.1097-0.29910.050.2104-0.12780.18380.4258-0.00730.04451.0512-0.08260.1078-25.91-38.4184.444
258.9467-2.0854-2.81047.6526-3.35494.415-0.3771-1.0384-1.20710.66870.01330.90260.63150.38290.36380.6492-0.06520.27081.034-0.0250.391-29.376-47.15799.032
267.201142.16610.1858247.6631.13240.04210.149-0.12041.1177-0.1387-0.33226.5375-0.07670.10650.18321.464-0.0656-0.19362.1332-0.09410.9681-23.39516.2859.657
276.449-2.1966-1.44113.06361.5572.5275-0.0843-0.15860.34580.1265-0.0311-0.0351-0.26830.11250.11550.40580.0172-0.04510.7111-0.08260.0517-21.1035.01463.116
2862.790332.337919.355623.083214.367316.6543-0.2937-3.6303-0.5219-0.734-0.41270.09391.1537-0.88930.70630.61850.08330.07031.30050.04260.1658-41.5966.74865.971
292.69060.70470.09520.35720.16771.4621-0.1716-0.32080.2076-0.04960.06270.0827-0.1244-0.01680.1090.36580.0832-0.03921.0093-0.11330.0389-27.391-3.61473.522
305.96742.3071-0.30572.8134-1.14552.84880.02870.2046-0.0094-0.0483-0.0117-0.1141-0.0762-0.0284-0.01690.28640.0251-0.01660.8479-0.08260.0202-7.806-17.94259.911
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-11 - 2
2X-RAY DIFFRACTION2A3 - 145
3X-RAY DIFFRACTION3A146 - 213
4X-RAY DIFFRACTION4A214 - 244
5X-RAY DIFFRACTION5A245 - 260
6X-RAY DIFFRACTION6B0 - 5
7X-RAY DIFFRACTION7B6 - 42
8X-RAY DIFFRACTION8B43 - 135
9X-RAY DIFFRACTION9B136 - 184
10X-RAY DIFFRACTION10B185 - 260
11X-RAY DIFFRACTION11C2 - 56
12X-RAY DIFFRACTION12C57 - 98
13X-RAY DIFFRACTION13C99 - 212
14X-RAY DIFFRACTION14C213 - 236
15X-RAY DIFFRACTION15C237 - 260
16X-RAY DIFFRACTION16D-11 - 23
17X-RAY DIFFRACTION17D24 - 83
18X-RAY DIFFRACTION18D84 - 197
19X-RAY DIFFRACTION19D198 - 230
20X-RAY DIFFRACTION20D231 - 260
21X-RAY DIFFRACTION21E-11 - 4
22X-RAY DIFFRACTION22E5 - 83
23X-RAY DIFFRACTION23E84 - 190
24X-RAY DIFFRACTION24E191 - 240
25X-RAY DIFFRACTION25E241 - 260
26X-RAY DIFFRACTION26F-1 - 4
27X-RAY DIFFRACTION27F5 - 62
28X-RAY DIFFRACTION28F63 - 75
29X-RAY DIFFRACTION29F76 - 198
30X-RAY DIFFRACTION30F199 - 260

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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