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- PDB-4olp: Ligand-free structure of the GrpU microcompartment shell protein ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4olp
タイトルLigand-free structure of the GrpU microcompartment shell protein from Pectobacterium wasabiae
要素GrpU microcompartment shell protein
キーワードELECTRON TRANSPORT / bacterial microcompartment / glycyl-radical propanediol / BMC shell protein / iron-sulfur cluster
機能・相同性BMC (bacterial microcompartment) domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / :
機能・相同性情報
生物種Pectobacterium wasabiae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Wheatley, N.M. / Thompson, M.C. / Gidaniyan, S.D. / Sawaya, M.R. / Jorda, J. / Yeates, T.O.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Identification of a unique fe-s cluster binding site in a glycyl-radical type microcompartment shell protein.
著者: Thompson, M.C. / Wheatley, N.M. / Jorda, J. / Sawaya, M.R. / Gidaniyan, S.D. / Ahmed, H. / Yang, Z. / McCarty, K.N. / Whitelegge, J.P. / Yeates, T.O.
履歴
登録2014年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月20日Group: Database references
改定 1.22014年9月17日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GrpU microcompartment shell protein
B: GrpU microcompartment shell protein
C: GrpU microcompartment shell protein
D: GrpU microcompartment shell protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4884
ポリマ－48,4884
非ポリマー00
水724
1
A: GrpU microcompartment shell protein
B: GrpU microcompartment shell protein

A: GrpU microcompartment shell protein
B: GrpU microcompartment shell protein

A: GrpU microcompartment shell protein
B: GrpU microcompartment shell protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,7326
ポリマ－72,7326
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area10060 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area23980 Å2
手法PISA
2
C: GrpU microcompartment shell protein
D: GrpU microcompartment shell protein

C: GrpU microcompartment shell protein
D: GrpU microcompartment shell protein

C: GrpU microcompartment shell protein
D: GrpU microcompartment shell protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,7326
ポリマ－72,7326
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area9120 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area23440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.845, 117.845, 76.023
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 94 / Label seq-ID: 2 - 94

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
GrpU microcompartment shell protein


分子量: 12122.048 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pectobacterium wasabiae (バクテリア)
株: WPP163 / 遺伝子: Pecwa_4094 / プラスミド: pET22b+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: D0KBF1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.29 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1M sodium/potassium phosphate, 30% 2-methyl-2,4-pentanediol, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 296K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月23日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→100 Å / Num. obs: 9715 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 12.9 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Χ2: 2.005 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.79-2.96.10.6029371.284197.5
2.9-3.0270.4869911.081199.9
3.02-3.156.70.3459741.046198.9
3.15-3.3290.2549591.1771100
3.32-3.5317.70.2489681.1751100
3.53-3.817.40.1469961.222199.9
3.8-4.1815.60.0999548.391199.6
4.18-4.7917.20.0739851.0971100
4.79-6.0316.30.079861.0911100
6.03-10015.60.0699651.021199

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.79→60.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / WRfactor Rfree: 0.2933 / WRfactor Rwork: 0.2392 / FOM work R set: 0.7014 / SU B: 49.587 / SU ML: 0.422 / SU R Cruickshank DPI: 0.3454 / SU Rfree: 0.406 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.406 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2671 468 4.8 %RANDOM
Rwork0.2154 ---
obs0.2178 9710 99.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 161.72 Å2 / Biso mean: 99.336 Å2 / Biso min: 41.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.65 Å2-1.83 Å20 Å2
2---3.65 Å20 Å2
3---11.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.79→60.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2637 0 0 4 2641
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0192668
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.022727
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6021.9863592
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.44636249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.675327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.61122.936109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.28115502
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7411526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2433
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212877
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02559
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.5067.1931338
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.5057.1931337
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.94710.7531655
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: INTERATOMIC DISTANCE / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A44700.16
12B44700.16
21A44980.15
22C44980.15
31A41640.17
32D41640.17
41B49430.17
42C49430.17
51B44890.16
52D44890.16
61C44240.16
62D44240.16
LS精密化 シェル解像度: 2.79→2.863 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.375 33 -
Rwork0.366 633 -
all-666 -
obs--95.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.23263.19660.85144.68151.18270.3033-0.07090.02520.6335-0.0906-0.09820.5105-0.0305-0.03850.16910.19160.0044-0.130.2053-0.00430.222-17.451214.445719.5561
22.6136-1.3192-1.13845.34231.26850.7029-0.10020.1005-0.2709-0.2849-0.03680.1986-0.16060.01590.13710.3069-0.0958-0.05890.17060.12690.17183.890223.527520.0585
36.29051.8385-0.29271.48740.3870.25990.20570.11210.54760.3706-0.14130.12380.1363-0.0439-0.06430.2152-0.0179-0.01110.2741-0.08160.08896.625822.5933-22.4456
44.45471.89510.38280.83460.20570.2178-0.0076-0.13680.3030.01040.03290.08720.12580.1157-0.02530.21520.06650.08780.2841-0.11710.1726-16.012216.9113-21.4349
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 94
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 94
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 94
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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