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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4olo | ||||||
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タイトル | Ligand-free structure of the GrpU microcompartment shell protein from Clostridiales bacterium 1_7_47FAA | ||||||
要素 | BMC domain protein | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT / bacterial microcompartment / glycyl-radical propanediol / BMC shell protein / iron-sulfur cluster | ||||||
機能・相同性 | BMC (bacterial microcompartment) domain / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / CcmK-like superfamily / BMC / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / BMC domain protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Clostridiales bacterium 1_7_47FAA (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Thompson, M.C. / Ahmed, H. / McCarty, K.N. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014 タイトル: Identification of a unique fe-s cluster binding site in a glycyl-radical type microcompartment shell protein. 著者: Thompson, M.C. / Wheatley, N.M. / Jorda, J. / Sawaya, M.R. / Gidaniyan, S.D. / Ahmed, H. / Yang, Z. / McCarty, K.N. / Whitelegge, J.P. / Yeates, T.O. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4olo.cif.gz | 142.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4olo.ent.gz | 113.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4olo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/4olo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/4olo | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11892.642 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Clostridiales bacterium 1_7_47FAA (バクテリア) 遺伝子: CBFG_00659 / プラスミド: pET22b+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: C5EE96 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.11 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1M sodium acetate, 2.0M ammonium sulfate, pH 4.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 296K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月27日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.5→19.84 Å / Num. obs: 25255 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 80.94 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 17.55 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Rmerge(I) obs: 0.015 / Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→19.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9544 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9389 / SU R Cruickshank DPI: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso max: 188.88 Å2 / Biso mean: 87.07 Å2 / Biso min: 54.88 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.379 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.84 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.6 Å / Total num. of bins used: 13
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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