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- PDB-4olo: Ligand-free structure of the GrpU microcompartment shell protein ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4olo
タイトルLigand-free structure of the GrpU microcompartment shell protein from Clostridiales bacterium 1_7_47FAA
要素BMC domain protein
キーワードELECTRON TRANSPORT / bacterial microcompartment / glycyl-radical propanediol / BMC shell protein / iron-sulfur cluster
機能・相同性BMC (bacterial microcompartment) domain / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / BMC / CcmK-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / BMC domain protein
機能・相同性情報
生物種Clostridiales bacterium 1_7_47FAA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Thompson, M.C. / Ahmed, H. / McCarty, K.N. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Identification of a unique fe-s cluster binding site in a glycyl-radical type microcompartment shell protein.
著者: Thompson, M.C. / Wheatley, N.M. / Jorda, J. / Sawaya, M.R. / Gidaniyan, S.D. / Ahmed, H. / Yang, Z. / McCarty, K.N. / Whitelegge, J.P. / Yeates, T.O.
履歴
登録2014年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月20日Group: Database references
改定 1.22014年9月17日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BMC domain protein
B: BMC domain protein
C: BMC domain protein
D: BMC domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5714
ポリマ－47,5714
非ポリマー00
水1,44180
1
A: BMC domain protein
B: BMC domain protein

A: BMC domain protein
B: BMC domain protein

A: BMC domain protein
B: BMC domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,3566
ポリマ－71,3566
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area8660 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area24600 Å2
手法PISA
2
C: BMC domain protein
D: BMC domain protein

C: BMC domain protein
D: BMC domain protein

C: BMC domain protein
D: BMC domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,3566
ポリマ－71,3566
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area8990 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area24860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.100, 130.100, 130.100
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number198
Space group name H-MP213

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要素

#1: タンパク質
BMC domain protein


分子量: 11892.642 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridiales bacterium 1_7_47FAA (バクテリア)
遺伝子: CBFG_00659 / プラスミド: pET22b+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: C5EE96
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.11 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1M sodium acetate, 2.0M ammonium sulfate, pH 4.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月27日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→19.84 Å / Num. obs: 25255 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 80.94 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 17.55
反射 シェル

Rmerge(I) obs: 0.015 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Mean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.5-2.571.067817189299.8
2.57-2.641.497664181499.8
2.64-2.711.937518178499.8
2.71-2.83.057192171899.9
2.8-2.893.916961167599.9
2.89-2.995.186667162499.9
2.99-3.17.396322158599.9
3.1-3.2311.035540150399.2
3.23-3.3714.735837143299.4
3.37-3.5417.945872137199.3
3.54-3.7322.915597132299.5
3.73-3.9529.695205123998.9
3.95-4.2335.774764116898.2
4.23-4.5642.684218106097.2
4.56-543.5368298996.3
5-5.5943.64385890696.4
5.59-6.4640.22322877195.2
6.46-7.9149.39271465092.1
7.91-11.1853.42194151691.7
11.1857.27100723671.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→19.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9544 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9389 / SU R Cruickshank DPI: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2207 2523 9.99 %RANDOM
Rwork0.1901 ---
obs0.1931 25254 98.6 %-
原子変位パラメータBiso max: 188.88 Å2 / Biso mean: 87.07 Å2 / Biso min: 54.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.379 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2483 0 0 80 2563
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1024SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes67HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes354HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2546HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion374SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3048SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2546HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3411HARMONIC21.26
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.98
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.69
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2717 286 9.92 %
Rwork0.2288 2598 -
all0.2329 2884 -
obs--98.6 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.2326-4.46180.88548.4929-0.91182.83690.10110.42930.0446-0.48990.0399-0.0695-0.0817-0.0238-0.141-0.09080.0751-0.0085-0.0016-0.0078-0.166722.952319.6666-6.5466
25.5053-1.6403-0.22533.67550.09184.8647-0.1372-0.07460.0324-0.109-0.0150.14270.11420.22610.1522-0.1540.0174-0.1258-0.0730.0466-0.03134.097131.1681.2821
38.3191-3.0199-3.55454.77861.24583.22220.0559-0.01290.3886-0.2987-0.0439-0.1893-0.41070.1028-0.012-0.06960.04110.1528-0.17530.0972-0.02632.663445.060612.6128
43.6821-0.833-0.2455.1105-2.01683.3496-0.0289-0.2276-0.00140.18710.24490.0318-0.18870.0223-0.2161-0.1554-0.02780.133-0.00650.0495-0.061147.35926.660215.3304
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1 - 102
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B1 - 102
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C1 - 102
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D1 - 104

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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