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万見
- PDB-4ole: Crystal structure of a neighbor of BRCA1 gene 1 (NBR1) from Homo ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ole
タイトルCrystal structure of a neighbor of BRCA1 gene 1 (NBR1) from Homo sapiens at 2.52 A resolution
要素Next to BRCA1 gene 1 protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Ig-like domain from next to BRCA1 gene / PF16158 family / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of bone mineralization / phagophore assembly site / M band / mitogen-activated protein kinase binding / peroxisomal membrane / regulation of stress-activated MAPK cascade / negative regulation of osteoblast differentiation / autophagosome / Pexophagy / ubiquitin binding ...regulation of bone mineralization / phagophore assembly site / M band / mitogen-activated protein kinase binding / peroxisomal membrane / regulation of stress-activated MAPK cascade / negative regulation of osteoblast differentiation / autophagosome / Pexophagy / ubiquitin binding / macroautophagy / mitochondrial intermembrane space / late endosome / lysosome / receptor complex / nuclear body / intracellular membrane-bounded organelle / zinc ion binding / nucleoplasm / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
NBR1, PB1 domain / Next to BRCA1, central domain / Ig-like domain from next to BRCA1 gene / PB1 domain / PB1 domain / PB1 domain / : / PB1 domain profile. / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. ...NBR1, PB1 domain / Next to BRCA1, central domain / Ig-like domain from next to BRCA1 gene / PB1 domain / PB1 domain / PB1 domain / : / PB1 domain profile. / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / UBA-like superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Next to BRCA1 gene 1 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.52 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a neighbor of BRCA1 gene 1 (NBR1) from Homo sapiens at 2.52 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2014年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Next to BRCA1 gene 1 protein
B: Next to BRCA1 gene 1 protein
C: Next to BRCA1 gene 1 protein
D: Next to BRCA1 gene 1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,32020
ポリマ－55,0894
非ポリマー1,23116
水10,449580
1
A: Next to BRCA1 gene 1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2477
ポリマ－13,7721
非ポリマー4746
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Next to BRCA1 gene 1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0264
ポリマ－13,7721
非ポリマー2543
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Next to BRCA1 gene 1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9584
ポリマ－13,7721
非ポリマー1863
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Next to BRCA1 gene 1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0885
ポリマ－13,7721
非ポリマー3164
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
D: Next to BRCA1 gene 1 protein
ヘテロ分子

D: Next to BRCA1 gene 1 protein
ヘテロ分子

D: Next to BRCA1 gene 1 protein
ヘテロ分子

D: Next to BRCA1 gene 1 protein
ヘテロ分子

A: Next to BRCA1 gene 1 protein
B: Next to BRCA1 gene 1 protein
C: Next to BRCA1 gene 1 protein
ヘテロ分子

A: Next to BRCA1 gene 1 protein
B: Next to BRCA1 gene 1 protein
C: Next to BRCA1 gene 1 protein
ヘテロ分子

A: Next to BRCA1 gene 1 protein
B: Next to BRCA1 gene 1 protein
C: Next to BRCA1 gene 1 protein
ヘテロ分子

A: Next to BRCA1 gene 1 protein
B: Next to BRCA1 gene 1 protein
C: Next to BRCA1 gene 1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,28080
ポリマ－220,35616
非ポリマー4,92464
水28816
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation3_555-y+1/2,x+1/2,z+1/21
crystal symmetry operation4_555y+1/2,-x+1/2,z+1/21
crystal symmetry operation5_555-x+1/2,y+1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation6_555x+1/2,-y+1/2,-z+1/21
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation8_666-y+1,-x+1,-z+11
Buried area34290 Å2
ΔGint-402 kcal/mol
Surface area88950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.457, 111.457, 230.607
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質
Next to BRCA1 gene 1 protein / Cell migration-inducing gene 19 protein / Membrane component chromosome 17 surface marker 2 / ...Cell migration-inducing gene 19 protein / Membrane component chromosome 17 surface marker 2 / Neighbor of BRCA1 gene 1 protein / Protein 1A1-3B


分子量: 13772.229 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 365-485 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: 1A13B, BC009808, KIAA0049, M17S2, MIG19, NBR1 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PB1 / 参照: UniProt: Q14596
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 580 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE CONSTRUCT (365-485) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...THE CONSTRUCT (365-485) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 6.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 81.08 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.33
詳細: 2.35M ammonium sulfate, 0.1M TRIS pH 8.33, 0.01M Adenosine-5'-triphosphate disodium salt hydrate, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97891,0.97949,0.91837
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月27日
詳細: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
放射モノクロメーター: single crystal Si(111) bent / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978911
20.979491
30.918371
反射解像度: 2.52→48.72 Å / Num. obs: 50067 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.76 % / Biso Wilson estimate: 61.165 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 15.26
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.52-2.619.011.2222.0944101489499.9
2.61-2.710.862.9418224723100
2.71-2.840.5953.9425785188100
2.84-2.990.4045.945565494299.9
2.99-3.170.2668.5435344778100
3.17-3.420.1513.8457075072100
3.42-3.760.09319.6411394950100
3.76-4.30.06427.8462795029100
4.3-5.40.05631.243207505699.8
5.4-48.720.0563444593543599.3

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SHELX位相決定
SHARP位相決定
XSCALEデータスケーリング
BUSTER-TNT2.10.0精密化
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.52→48.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9329 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9389 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED ...詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 3. THE MAD PHASES WERE USED AS RESTRAINTS DURING REFINEMENT. 4. NCS RESTRAINTS WERE APPLIED USING BUSTER'S LSSR RESTRAINT REPRESENTATION (-AUTONCS). 5. SULFATE (SO4) AND ETHYLENE GLYCOL (EDO) MODELED WERE PRESENT IN CRYSTALLIZATION/CRYO CONDITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1882 2532 5.07 %RANDOM
Rwork0.1729 ---
obs0.1737 49908 99.94 %-
原子変位パラメータBiso max: 165.53 Å2 / Biso mean: 51.4814 Å2 / Biso min: 24.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.0385 Å20 Å20 Å2
2---3.0385 Å20 Å2
3---6.077 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.52→48.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3731 0 71 580 4382
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1811SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes72HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes591HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4113HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion523SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4699SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4113HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5595HARMONIC21.06
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.48
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.34
LS精密化 シェル解像度: 2.52→2.58 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2494 191 5.27 %
Rwork0.2226 3431 -
all0.2241 3622 -
obs--99.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.29120.0917-0.55992.2628-1.35922.1541-0.1096-0.2479-0.07620.1344-0.0488-0.33340.14020.28640.15850.029-0.0473-0.0054-0.04980.0106-0.089122.232111.245682.8426
21.09942.2871-1.92683.177-2.46582.19760.1660.05120.16370.26190.10980.3721-0.199-0.2224-0.2758-0.0387-0.00030.0605-0.02470.0649-0.002824.934443.499162.3249
30.0048-0.02570.860.4853-1.16785.4548-0.1729-0.33430.11850.27840.03160.003-0.5425-0.40860.14130.05650.0603-0.02930.0479-0.0563-0.17675.154622.4306101.295
43.2389-1.82650.59162.204-0.43310.9294-0.13020.25070.4677-0.0666-0.0287-0.1418-0.18790.03930.1589-0.0136-0.0103-0.0486-0.08870.0362-0.0269-4.687818.412560.2134
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|0 - 485}A0 - 485
2X-RAY DIFFRACTION2{B|0 - 483}B0 - 483
3X-RAY DIFFRACTION3{C|0 - 482}C0 - 482
4X-RAY DIFFRACTION4{D|0 - 482}D0 - 482

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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