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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ol9 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of putative 2-dehydropantoate 2-reductase PanE from Mycobacterium tuberculosis complexed with NADP and oxamate | ||||||
要素 | Putative 2-dehydropantoate 2-reductase2-デヒドロパントイン酸-2-レダクターゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases (アメリカ国立アレルギー・感染症研究所) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / ketopantoate reductase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 2-デヒドロパントイン酸-2-レダクターゼ / 2-dehydropantoate 2-reductase activity / pantothenate biosynthetic process / NADP binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of putative 2-dehydropantoate 2-reductase PanE from Mycobacterium tuberculosis complexed with NADP and oxamate 著者: Dranow, D.M. / Wernimont, A.K. / Abendroth, A. / Pierce, P.G. / Bullen, J. / Edwards, T.E. / Lorimer, D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ol9.cif.gz | 131.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ol9.ent.gz | 99.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ol9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/4ol9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/4ol9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3g17S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 32212.980 Da / 分子数: 1 / 断片: MytuD.18678.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: Rv2573, MT2649, MTCY227.28c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q50648, UniProt: P9WIL1*PLUS, 2-デヒドロパントイン酸-2-レダクターゼ |
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-非ポリマー , 6種, 288分子
#2: 化合物 | ChemComp-NAP / |
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#3: 化合物 | ChemComp-OXM / |
#4: 化合物 | ChemComp-ACT / |
#5: 化合物 | ChemComp-CL / |
#6: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#7: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.19 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Protein incubated with 4mM NADP for ~5min, then added 1 to 1 with Morpheus(g5): 10% PEG-20,0000, 20% PEG-MME-550, 0.1M MOPS/HEPES-Na, pH=7.5, 0.02M each sodium formate, ammonium acetate, ...詳細: Protein incubated with 4mM NADP for ~5min, then added 1 to 1 with Morpheus(g5): 10% PEG-20,0000, 20% PEG-MME-550, 0.1M MOPS/HEPES-Na, pH=7.5, 0.02M each sodium formate, ammonium acetate, trisodium citrate, sodium potassium L-tartarate, sodium oxamate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97857 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月13日 / 詳細: Beryllium Lenses | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97857 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.85→55.5 Å / Num. all: 29148 / Num. obs: 29066 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 25.385 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 14.26 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3G17 解像度: 1.85→55.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / WRfactor Rfree: 0.1665 / WRfactor Rwork: 0.1342 / FOM work R set: 0.8908 / SU B: 3.973 / SU ML: 0.066 / SU R Cruickshank DPI: 0.1053 / SU Rfree: 0.1011 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 61.15 Å2 / Biso mean: 20.119 Å2 / Biso min: 6.32 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→55.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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