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万見
- PDB-4ol9: Crystal Structure of putative 2-dehydropantoate 2-reductase PanE ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ol9
タイトルCrystal Structure of putative 2-dehydropantoate 2-reductase PanE from Mycobacterium tuberculosis complexed with NADP and oxamate
要素Putative 2-dehydropantoate 2-reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / ketopantoate reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


2-dehydropantoate 2-reductase / 2-dehydropantoate 2-reductase activity / pantothenate biosynthetic process / NADP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Ketopantoate reductase ApbA/PanE / Ketopantoate reductase, C-terminal domain / Ketopantoate reductase PanE/ApbA C terminal / Ketopantoate reductase, N-terminal domain / Ketopantoate reductase PanE/ApbA / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily ...: / Ketopantoate reductase ApbA/PanE / Ketopantoate reductase, C-terminal domain / Ketopantoate reductase PanE/ApbA C terminal / Ketopantoate reductase, N-terminal domain / Ketopantoate reductase PanE/ApbA / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / OXAMIC ACID / 2-dehydropantoate 2-reductase / 2-dehydropantoate 2-reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of putative 2-dehydropantoate 2-reductase PanE from Mycobacterium tuberculosis complexed with NADP and oxamate
著者: Dranow, D.M. / Wernimont, A.K. / Abendroth, A. / Pierce, P.G. / Bullen, J. / Edwards, T.E. / Lorimer, D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
履歴
登録2014年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32025年10月22日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative 2-dehydropantoate 2-reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2326
ポリマ－32,2131
非ポリマー1,0195
水5,098283
1
A: Putative 2-dehydropantoate 2-reductase
ヘテロ分子

A: Putative 2-dehydropantoate 2-reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,46412
ポリマ－64,4262
非ポリマー2,03810
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area6870 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area23310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.590, 108.520, 47.290
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-674-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Putative 2-dehydropantoate 2-reductase / Ketopantoate reductase / KPA reductase / KPR


分子量: 32212.980 Da / 分子数: 1 / 断片: MytuD.18678.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: Rv2573, MT2649, MTCY227.28c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q50648, UniProt: P9WIL1*PLUS, 2-dehydropantoate 2-reductase

-
非ポリマー , 6種, 288分子

#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-OXM / OXAMIC ACID


分子量: 89.050 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3NO3
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.19 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein incubated with 4mM NADP for ~5min, then added 1 to 1 with Morpheus(g5): 10% PEG-20,0000, 20% PEG-MME-550, 0.1M MOPS/HEPES-Na, pH=7.5, 0.02M each sodium formate, ammonium acetate, ...詳細: Protein incubated with 4mM NADP for ~5min, then added 1 to 1 with Morpheus(g5): 10% PEG-20,0000, 20% PEG-MME-550, 0.1M MOPS/HEPES-Na, pH=7.5, 0.02M each sodium formate, ammonium acetate, trisodium citrate, sodium potassium L-tartarate, sodium oxamate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月13日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→55.5 Å / Num. all: 29148 / Num. obs: 29066 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 25.385 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 14.26
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.85-1.90.5373.4113966214699.9
1.9-1.950.4364.28132852051100
1.95-2.010.3435.27129531998100
2.01-2.070.2796.44126291944100
2.07-2.140.2257.7812360190799.9
2.14-2.210.1918.97119201834100
2.21-2.290.1819.8411442178199.8
2.29-2.390.14611.7311051170799.8
2.39-2.490.12413.410759165899.9
2.49-2.620.11414.6610049155799.9
2.62-2.760.116.289733150999.9
2.76-2.930.08718.429092142099.6
2.93-3.130.0721.568460133499.9
3.13-3.380.0625.247904126899.5
3.38-3.70.05528.526959114099.1
3.7-4.140.04930.216305103999
4.14-4.780.04631.45563395499.4
4.78-5.850.04430.3486480699.1
5.85-8.270.04229.67382163298.6
8.270.03333.55207338197.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3G17

3g17


解像度: 1.85→55.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / WRfactor Rfree: 0.1665 / WRfactor Rwork: 0.1342 / FOM work R set: 0.8908 / SU B: 3.973 / SU ML: 0.066 / SU R Cruickshank DPI: 0.1053 / SU Rfree: 0.1011 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1765 1475 5.1 %RANDOM
Rwork0.1458 ---
obs0.1473 29066 99.7 %-
all-30541 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 61.15 Å2 / Biso mean: 20.119 Å2 / Biso min: 6.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6 Å2-0 Å20 Å2
2---1.04 Å20 Å2
3---0.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→55.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2170 0 65 283 2518
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0192315
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022236
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4962.0013181
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.78835111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.115304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.65722.35385
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.44715333
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8791524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2377
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212646
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02505
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8221.1231208
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8221.1211206
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3851.6761514
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 123 -
Rwork0.194 2017 -
all-2140 -
obs--99.72 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2968-0.1548-0.17621.2013-0.26811.2408-0.02130.0831-0.0433-0.0804-0.0024-0.0861-0.00780.0780.02370.0479-0.01660.01910.06250.00120.041956.726216.2592-11.3791
21.2911-0.05550.07750.5445-0.16841.1429-0.0338-0.0567-0.06480.00780.0076-0.07850.01760.01110.02620.0513-0.0088-0.00460.04170.00240.058754.152415.274-1.2615
30.46530.2299-0.18910.4228-0.20670.32790.0206-0.07440.00870.0037-0.03840.0212-0.05370.04170.01780.0718-0.0119-0.00850.0688-0.00110.05343.280417.02349.195
40.64990.01290.05680.72260.12170.7325-0.04160.0023-0.05560.0133-0.0006-0.06020.0050.00980.04220.0545-0.0102-0.0030.05710.00590.049639.78976.78017.588
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 87
2X-RAY DIFFRACTION2A88 - 140
3X-RAY DIFFRACTION3A141 - 225
4X-RAY DIFFRACTION4A226 - 295

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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