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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4oku | ||||||
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タイトル | Structure of Toxoplasma gondii proMIC2 | ||||||
![]() | Micronemal protein MIC2 | ||||||
![]() | CELL ADHESION / VWA / integrin I domain / TSR domain / Adhesin / gliding motility | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Song, G. / Springer, T.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of the Toxoplasma gliding motility adhesin. 著者: Song, G. / Springer, T.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 193.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 159.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 464.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 467.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33849.133 Da / 分子数: 2 / 断片: proMIC2 (unp residues 30-337) / 変異: S158A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: TGVEG_201780 / 発現宿主: ![]() #2: 糖 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.11 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.7 詳細: 0.2 M (NH4)2SO4 and 20% PEG 3350, pH 3.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年6月29日 |
放射 | モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→45.4 Å / Num. all: 10125 / Num. obs: 8867 / % possible obs: 87.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.26 Å / % possible all: 65.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→45.39 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -13.1906 Å / Origin y: 38.8039 Å / Origin z: -10.8478 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |