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- PDB-4okk: Crystal structure of RNase AS from M tuberculosis in complex with UMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4okk
タイトルCrystal structure of RNase AS from M tuberculosis in complex with UMP
要素3'-5' exoribonuclease Rv2179c/MT2234.1
キーワードHYDROLASE / alpha/beta fold / exoribonuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA exonuclease activity / 3'-5' exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / nucleic acid binding / magnesium ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
3-5 exoribonuclease, actinobacteria / 3'-5' exoribonuclease Rv2179c-like domain / 3'-5' exoribonuclease Rv2179c-like domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / 3'-5' exoribonuclease MT2234.1 / 3'-5' exoribonuclease Rv2179c
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Romano, M. / van de Weerd, R. / Brouwer, F.C.C. / Roviello, G.N. / Lacroix, R. / Sparrius, M. / van den Brink-van Stempvoort, G. / Maaskant, J.J. / van der Sar, A.M. / Appelmelk, B.J. ...Romano, M. / van de Weerd, R. / Brouwer, F.C.C. / Roviello, G.N. / Lacroix, R. / Sparrius, M. / van den Brink-van Stempvoort, G. / Maaskant, J.J. / van der Sar, A.M. / Appelmelk, B.J. / Geurtsen, J.J. / Berisio, R.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Structure and Function of RNase AS, a Polyadenylate-Specific Exoribonuclease Affecting Mycobacterial Virulence In Vivo
著者: Romano, M. / van de Weerd, R. / Brouwer, F.C.C. / Roviello, G.N. / Lacroix, R. / Sparrius, M. / van den Brink-van Stempvoort, G. / Maaskant, J.J. / van der Sar, A.M. / Appelmelk, B.J. / ...著者: Romano, M. / van de Weerd, R. / Brouwer, F.C.C. / Roviello, G.N. / Lacroix, R. / Sparrius, M. / van den Brink-van Stempvoort, G. / Maaskant, J.J. / van der Sar, A.M. / Appelmelk, B.J. / Geurtsen, J.J. / Berisio, R.
履歴
登録2014年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3'-5' exoribonuclease Rv2179c/MT2234.1
B: 3'-5' exoribonuclease Rv2179c/MT2234.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,82210
ポリマ－39,0282
非ポリマー7948
水6,089338
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4250 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area15170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.489, 76.848, 105.244
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 3'-5' exoribonuclease Rv2179c/MT2234.1 / RNase AS


分子量: 19513.994 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: Rv2179c, MT2234.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: L7N5T0, UniProt: P9WJ73*PLUS, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-U5P / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / UMP


分子量: 324.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N2O9P
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 338 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES, 10%(w/v) polyethylene glycol 8000, 8%(v/v) ethylene glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月9日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 18041 / Num. obs: 18023 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.21→14.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 7.239 / SU ML: 0.181 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.379 / ESU R Free: 0.262 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25876 848 5.1 %RANDOM
Rwork0.17951 ---
all0.1834 17050 --
obs0.1834 15731 92.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.21→14.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2633 0 46 338 3017
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0222761
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.731.9693770
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7345317
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.52821.806144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.4215431
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4151538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2402
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212168
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1431.51603
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.07122613
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.78731158
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5374.51157
LS精密化 シェル解像度: 2.205→2.261 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 71 -
Rwork0.261 1135 -
obs--93.42 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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