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- PDB-4ojo: Crystal Structure of Putative Tailspike Protein (TSP1, orf210) fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ojo
タイトルCrystal Structure of Putative Tailspike Protein (TSP1, orf210) from Escherichia coli O157:H7 Bacteriohage CBA120 in Complex with Lactose
要素Tailspike protein
キーワードVIRAL PROTEIN / parallel beta helix / putative endo-glycosidase / bacterial polysaccharide / phage baseplate / phage tail
機能・相同性
機能・相同性情報


biological process involved in interaction with host / viral life cycle / virion component / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Pectate Lyase C-like - #130 / Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) - #80 / NE0471 N-terminal domain-like - #50 / NE0471 N-terminal domain-like / Tail spike TSP1/Gp66, N-terminal domain / Tail spike TSP1/Gp66 receptor binding N-terminal domain / Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) / Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like / Pectate Lyase C-like / Pectin lyase fold ...Pectate Lyase C-like - #130 / Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) - #80 / NE0471 N-terminal domain-like - #50 / NE0471 N-terminal domain-like / Tail spike TSP1/Gp66, N-terminal domain / Tail spike TSP1/Gp66 receptor binding N-terminal domain / Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) / Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like / Pectate Lyase C-like / Pectin lyase fold / 3 Solenoid / Ribbon / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-lactose / Tailspike protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia phage Cba120 (ファージ)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2 Å
データ登録者Chen, C. / Herzberg, O.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of ORF210 from E. coli O157:H1 phage CBA120 (TSP1), a putative tailspike protein.
著者: Chen, C. / Bales, P. / Greenfield, J. / Heselpoth, R.D. / Nelson, D.C. / Herzberg, O.
履歴
登録2014年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月8日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _struct_asym.entity_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年2月28日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tailspike protein
B: Tailspike protein
C: Tailspike protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)249,6587
ポリマ－248,5653
非ポリマー1,0924
水40,9842275
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23390 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area71570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.411, 152.881, 171.713
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Tailspike protein


分子量: 82855.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia phage Cba120 (ファージ)
遺伝子: orf210 / プラスミド: pBAD24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: G3M189
#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-lactose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-lactose
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.25 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M Tris pH 7.0-7.6, 20% PEG-1000. Soaked in mother liquor containing 37% saturated lactose, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→76 Å / Num. all: 218460 / Num. obs: 211941 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 1.49 / Observed criterion σ(I): 2.2 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.404 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 16023 / Rsym value: 0.404 / % possible all: 93.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: SeMet Tailspike structure

解像度: 2→76 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.49 / 位相誤差: 21.17 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.214 1879 0.89 %random
Rwork0.177 ---
obs0.177 211516 96.82 %-
all-218463 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17007 0 70 2275 19352
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00717391
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.41123650
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0026238
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0922766
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053052
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.05410.30221370.271915339X-RAY DIFFRACTION93
2.0541-2.11450.32641390.263215542X-RAY DIFFRACTION94
2.1145-2.18280.29831410.2515718X-RAY DIFFRACTION95
2.1828-2.26080.27141430.237715931X-RAY DIFFRACTION96
2.2608-2.35130.27361440.220616010X-RAY DIFFRACTION97
2.3513-2.45830.21871440.208116068X-RAY DIFFRACTION97
2.4583-2.5880.26631450.195316172X-RAY DIFFRACTION98
2.588-2.75010.21961450.181216275X-RAY DIFFRACTION98
2.7501-2.96250.20921480.177916351X-RAY DIFFRACTION98
2.9625-3.26060.20511470.173516464X-RAY DIFFRACTION99
3.2606-3.73240.19331480.154516523X-RAY DIFFRACTION99
3.7324-4.70230.16091490.128316571X-RAY DIFFRACTION98
4.7023-76.49640.17571490.142516673X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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