[日本語] English
万見
- PDB-6tgf: Pantoea stewartii WceF is a glycan biofilm modifying enzyme with ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tgf
タイトルPantoea stewartii WceF is a glycan biofilm modifying enzyme with a bacteriophage tailspike-like parallel beta-helix fold
要素Exopolysaccharide biosynthesis protein
キーワードHYDROLASE / WceF / beta-helix / tailspike-like
機能・相同性Bacteriophage P22 tailspike, N-terminal / Phage P22 tailspike-like, N-terminal domain superfamily / Head binding / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / Exopolysaccharide biosynthesis protein
機能・相同性情報
生物種Pantoea stewartii subsp. stewartii DC283 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Irmscher, T. / Roske, Y. / Gayk, I. / Heinemann, U. / Barbirz, S.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)BA 4046/1-2 ドイツ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Pantoea stewartii WceF is a glycan biofilm-modifying enzyme with a bacteriophage tailspike-like fold.
著者: Irmscher, T. / Roske, Y. / Gayk, I. / Dunsing, V. / Chiantia, S. / Heinemann, U. / Barbirz, S.
履歴
登録2019年11月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年7月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
F: Exopolysaccharide biosynthesis protein
D: Exopolysaccharide biosynthesis protein
E: Exopolysaccharide biosynthesis protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)244,52847
ポリマ－241,5333
非ポリマー2,99544
水11,133618
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.179, 97.196, 128.949
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.400, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11D
21F
31E

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114D10 - 710
2114F10 - 710
3114E10 - 710

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.212676, -0.609493, -0.763732), (0.628417, -0.513208, 0.584559), (-0.748238, -0.604264, 0.273869)-18.772499, 34.292839, -17.66748
3given(0.214924, 0.635201, -0.741841), (-0.622207, -0.496424, -0.605327), (-0.752772, 0.591678, 0.288533)-30.510151, -4.51891, -29.20952

-
要素

#1: タンパク質 Exopolysaccharide biosynthesis protein


分子量: 80510.883 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pantoea stewartii subsp. stewartii DC283 (バクテリア)
遺伝子: wceF, CKS_2251 / プラスミド: pET23a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: H3REJ8
#2: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 618 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 20% PEG3350, 0.2M Di-NH4-hydrogen-citrate pH 5.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→48.6 Å / Num. obs: 74949 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 3.82 % / CC1/2: 0.985 / Rrim(I) all: 0.0231 / Net I/σ(I): 6.77
反射 シェル解像度: 2.55→2.7 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.02 / Num. unique obs: 10202 / CC1/2: 0.36 / Rrim(I) all: 0.1281 / % possible all: 81.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.55→48.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 31.724 / SU ML: 0.325 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.966 / ESU R Free: 0.339 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2725 2100 2.8 %RANDOM
Rwork0.227 ---
obs0.2283 72847 96.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 797.42 Å2 / Biso mean: 44.855 Å2 / Biso min: 16.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.35 Å20 Å21.24 Å2
2--0.05 Å2-0 Å2
3----0.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.55→48.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15820 0 194 618 16632
Biso mean--79.7 38.08 -
残基数----2042
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.01316385
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01714628
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1811.63922171
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0631.57533977
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.64352042
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.2322.899897
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.907152538
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.88715100
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0330.22073
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0218669
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023539
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 9511 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1DMEDIUM POSITIONAL0.610.5
2FMEDIUM POSITIONAL0.820.5
3EMEDIUM POSITIONAL0.70.5
1DMEDIUM THERMAL10.452
2FMEDIUM THERMAL5.72
3EMEDIUM THERMAL15.452
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.615 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 121 -
Rwork0.355 4223 -
obs--76.25 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2428-0.0972-0.36460.05720.13320.5601-0.0141-0.00160.0145-0.00570.015-0.01070.0278-0.0074-0.0010.1213-0.019-0.00970.0117-0.00360.0854-14.775220.3444-14.2543
20.7401-0.0517-0.4760.03510.02690.3245-0.052-0.02990.0243-0.02720.0220.01140.04740.01020.030.0726-0.0124-0.01530.0129-0.01070.1351-23.90736.2609-22.5107
30.30380.1217-0.41980.1319-0.0920.65530.00150.00870.00060.0276-0.0025-0.02110.035-0.01510.0010.0716-0.0196-0.0110.01640.03770.1172-9.5643.3414-10.3845
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1F38 - 736
2X-RAY DIFFRACTION2D34 - 736
3X-RAY DIFFRACTION3E46 - 735

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る